三島詣

On 2016/12/25 日曜日, in book, hypoxia reseacrh, Net Watch in Science, twitter, by bodyhacker

日当直です。残り12時間くらい。

Dry解析

最近Dry解析に取り組んでいます。

基本的なところは「次世代シークエンサーDRY解析教本 」で学んで天皇誕生日を利用してうちの部門の教員・院生と3人で三島詣をしてきました。

最後に追加した項目-329 最後に追加した項目-330

前日勤務のあと新幹線で向かったのですが火災で一時間半ほど足止めをくらいました。

最後に追加した項目-338

 

@bonohuさんに6時間ほどみっちりとぼくらの疑問というか躓いた点について個別に解説してもらい解析のfine tuningのやり方など教えてもらうことができてとても有意義な訪問となりました。

今書いている論文に早速活かしたいと思っています。

 

Dry解析教本すごく丁寧です。

今回解ったのですがこれは隅から隅まで一度は通読するとかなり役に立つ本です。

Macの選びからから解説してくれているのですが実はここはすごく重要です。MacBook Airでも「できる」としても16GBのメモリをつんだMacBook Pro だとやっぱりスムーズだったりします。

またごく初期に躓いたのは職場での解析時に設定されたproxy serverをどうやって克服するかでした。

「システム環境設定」-「ネットワーク」でproxy serverを指定してもterminalやRではその設定は無効ですので何らかの方法でここをクリアしておく必要がありました。

結局ググって解決したのですがここら辺は特に職場で解析をする人には重要なポイントだと思います。

とはいえ適切な指導者というか,質問に我慢強く(ここが重要)付き合ってくれる伴走者は必須かもしれません。

 

最後に追加した項目-340

 

いわゆwetな解析つまり普通の生物学の実験というのはさまざまな要因(単に実験者の無知・手抜きに帰結する場合や人間がコントロールできないものまで)故に定量的に100%は再現できない,場合に寄っては定性的にも再現できない場合もあるのですが,dry解析は解析条件が一定なら100%の再現ができます。というより無惨にも再現できてしまいます。解析途中でエラーが吐き出されるとしてそのエラーも100%再現されます。エラーコードを参照して解決する必要があります。

あたり前といえばあたり前なのでしょうが改めてそれを認識しました。

 

だれでもバイオインフォマティシャン」というのは研究者の身だしなみとしてちょっとした解析は自分でできた方がよいよという意味を越えて,wet研究者はdry解析についての基本的な理解が必要なのだと思うようになりました。 wet実験をどのように構築するかなどにもdry解析のノウハウが必要です。

大学院生の研究がきっかけで始めたdry解析ですがしばらく続けていこうと思っています。

@bonohuさんありがとうございました。

最後に追加した項目-352


読んだ


矢野山脈

観ました。(参照)

矢野顕子さんの1976年の”JAPANESE GIRL”からもう40年。 坂本美雨さんと原田郁子さんをナビゲーターに”JAPANESE GIRL”の一曲一曲を解題しながらゲストのコメントなどでつなぐ一時間番組でした。 最後に細野晴臣さんが「100%の天才」と評していましたが「天才」という言葉が彼女ほど似合う人はあまりいません。

自身も”JAPANESE GIRL”は20世紀の最高傑作の一つでスミソニアンで収録したらいいのにと話していました。

40周年を記念して「矢野山脈」が出てます。ぼくは「完全限定盤」ゲットしました。

 


「今年の本 2016」 予告

門川さんのベスト~本~も出たのでぼくもそろそろ準備始めました。

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