*生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる! 研究がはかどる定番18選 *がメディカルサイエンスインターナショナル 社から出版されます (amazonでは現在絶賛予約受付中です）。
一足先に入手して読んでこれはと思ったので推薦文を書いてみます。
1500を越える統合TVの「番組」から18番組を厳選して紹介している本です。
つまり
章の数は18を数えた。武士が習得すべき武技の総称として「武芸十八般」という言葉もあるが,本書で紹介するさまざまなデータベースやウェブツールの使い方に習熟し,研究者にとっての「十八般」を会得してほしい。また,それらを自分の「十八番(おはこ)」と自負できるほど究めることができれば,研究サイクルの加速化・効率化は間違いないだろう。生命科学研究に携わる多くの人にとって,本書がその一助となれば,監修者として望外の喜びである。
18番組が4つのパートに分かれています。
- Part 1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツール
- Part 2 「 仮説・実験・解析・出版」の研究サイクルを加速させる便利なツール
- Part 3 生命科学系データ解析の現場で，押さえておきたい「鉄板」ツール
- Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース
18番組は以下の通りです。
- 1章 PubMed で論文を効率的に検索する
- 2章 PowerPoint で欲しいイラストを描く
- 3章 Google のサービスを活用する
- 4章 BLAST で遺伝子の配列類似性検索をする
- 5章 PCR プライマーを設計する－ Primer3Plus とPrimer-BLAST
- 6 章 ImageJ で画像ファイルを操作する
- 7 章 ゲノムブラウザを使って遺伝子を知る─ UCSC Genome Browser など
- 8 章 英語表現や略語をすばやく検索する─ inMeXes とAllie
- 9 章 最新知見を日本語で知る・読む・学ぶ─新着論文レビューと領域融合レビュー
- 10 章 MEGAで系統樹を作成する
- 11 章 RefEx とChip-Atlas で公共の遺伝子発現データを快適に検索する
- 12 章 Metascapeでエンリッチメント解析をして自分の持つ遺伝子リストを解釈する
- 13 章 TCGAで各がん種の公開データのダウンロードや解析を行う
- 14 章 COSMIC でがん遺伝子の体細胞変異を調べる
- 15 章 GWAS Catalog で形質とバリアントの関連について検索する
- 16 章 ClinVar で疾患に関連するバリアントを検索する
- 17 章 gnomAD でヒトのエキソームやゲノムのデータから変異を探す
- 18 章 GTEx Portal でヒトの各組織での遺伝子発現量や影響するeQTL を調べる
第一章から第12章までのツールは日頃使っています。
特に、DBCLS謹製のRefEx 、Chip-Atlasとmetascapseはぼくにとっては研究になくてはならないtoolとなっています。
Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース の第14章以降はぼくにとっては今現在「普段使い」とは言えないtoolなのですが「「十八番(おはこ)」と自負できるほど究め」てみようと思います。
もっと分厚い本を想像していました。記述は結構あっさりしています。
考えたらこれはTV番組の解説なのだということに気づきました。
この本を開きながら-スクリーンショットが載っています-番組を視て本に残したメモを見ながら実際に手を動かすような使い方が考えられます。
大学院の学生さんにもとにかくこの18のツールは使い込んで自家薬籠中の物としてもらいたいですね。本を提示して番組を時間のあるときに視聴してもらうことで大学院の講義を聴くより大きな効果が期待できると思います。
付録とコラムも面白いです。
統合TVの書籍化ということで、付録として、動画や静止画、講習会動画、YouTubeLive配信のノウハウを余すところなく書き下ろしました。どうやっているのか気になっていたという統合TVファン(!?)のみなさん必見です。 #togotv18 pic.twitter.com/EBHe8fBHET
— Hiromasa ONO (@h_ono)
統合TVといえばぼくにとっては統合牧場を思い出します。「牧場」構想をお聞きしたときはこれは一種の発明だなと思いました。 統合TVもこの牧場の収穫物として「放送」がはじまったという風に記憶しています。
出版にまつわるエピソードや監修者のお一人である坊農さんの考えは以下からお読み頂けます。
“「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」。本日メタデータ更新” 統合TV本章立て公開！ #togotv18 / “ぼうのブログ” https://t.co/612KtJlvsF
— 統合大社分生祭＠横浜みなとみらい (@bonohu)
“「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」” 統合TV本の表紙ならびに目次が公開されました #togotv18 / “ぼうのブログ” https://t.co/612KtJlvsF
— 統合大社分生祭＠横浜みなとみらい (@bonohu)
“そして、統合TV本とは?” #togotv18 / “ぼうのブログ” https://t.co/oyxQgDHQQ8
— 統合大社分生祭＠横浜みなとみらい (@bonohu)
“そして、統合TV本（生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選）とは?” この本を出版したわけ #togotv18 / “ぼうのブログ” https://t.co/oyxQgDHQQ8
— 統合大社分生祭＠横浜みなとみらい (@bonohu)
“But #togotv18 is unofficial. / しかし、統合TV本は非公式” / “ぼうのブログ” https://t.co/mD6BAtnFB6
— 統合大社分生祭＠横浜みなとみらい (@bonohu)
だから、twitterで #togotv18 を盛り上げよう “「生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選」に関して出版した経緯と公式ではないことを書いた” / “ぼうのブログ” https://t.co/N584D4Ehkd
— 統合大社分生祭＠横浜みなとみらい (@bonohu)
“#togotv18 for whom? 誰のための統合TV本?” / “ぼうのブログ” https://t.co/0Ewv50PJjK
— 統合大社分生祭＠横浜みなとみらい (@bonohu)
現在横浜で開催中の分子生物学会で先行販売(10%引き）中だそうです。
分子生物学会の会場で製本された #togotv18 本の実物を見ることができました。ぜひお手に取って中身をご覧ください。会期中10%offで購入できます！ pic.twitter.com/ZPH61af9eH
— Hiromasa ONO (@h_ono)
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