2019年のベスト本をやってみたいと思います。
ノンフィクション本はたくさん読みましたがフィクションは文庫本を中心に読むので新刊の単行本はすごく少量しか読んでいません。
ノンフィクション
まずノンフィクションを5冊紹介しようと思います。
野球の野村克也氏の本。
「世紀の悪妻」と呼ばれた沙知代夫人へ生きている間にいえなかった「ありがとう」をいま伝えたいというベタな内容。
しかし妙に身につまされます。
郡司ペギオ幸夫氏の知能論!?。
知能を人工・自然・天然の三つに分類して語ります。
自然知能が「自然科学が規定する知能」とする一方 天然知能は、「ただ世界を、受け容れるだけ」のものだとします。
人工知能は知覚できたデータだけを問題にするのに対し、「見えないものに興奮するのは、天然知能だけの特権」なのだとします。
表紙がイワシなのには意味があってイワシの章があるからです。
結構評判になった綿野恵太氏のデビュー作です。
差別に関する騒動、ポリコレとそれへの反発をめぐる言説を考察した 反差別は「アイデンティティ」と「シティズンシップ」の2つの論理に分けられるというあたりが面白い。
一読を強くお勧めします。
数学者の加藤 文元氏の著作
以前このブログでも紹介しました。
京都大学の望月新一さんが証明したというABC予想の解説とも言えます。
極上の知的体験ができます。
ゲンロンカフェ発 伝説の白熱講義を完全収録！ われわれの認知を、コミュニケーションを、政治行動を、テクノロジーはどのように規定しているのか。インターフェイスに囲まれて生きる現代人の必携・必読の書
この人たちってホント頭いいですよね。
｢記憶術全史｣とか｢独ソ戦｣ もおもしろかった。
フィクション
フィクションは書名だけで済ませます
「The Dark Forest」 ここまでフォローして挫折しました。
「神前酔狂宴」 も読みました。
映画
ついでに映画。
映画は家内と一緒でしか映画館では観ないのでそんなに観てません。
ぼくは山下美月さんが好きなのですが、この映画をみて堀未央奈さんが好きになりました。 家内には趣味が最悪と言われます。
ぼくは映画を観て泣くとかは滅多にないのですが泣きそうになりました。
「ホットギミック ガールミーツボーイ」、「運び屋」、「芳華 -Youth-」はすでにネット配信されてます。 正月休みにいかがですか。
東海大学の熊本キャンパスでの講演会が終わりました
東海大学の熊本キャンパスで講演をさせいただきました。
大学時代からの友人が教授をしていています。
東海大学 九州キャンパス主催 公開学術講演会 ｢低酸素応答の過去・現在・未来｣
東海大学・熊本校舎・本館5 階・視聴覚教室
日時:12/06(金曜日) 午後5時20分~午後7時
講演会には大勢の皆さんに参加していただきました。 東海大学の伊勢原キャンパス(医学部がある)にも同時中継されて10人ほどの参加者がいらっしゃいました(こっちから向こうが見えていました)｡
東海大学は九州には二つのキャンパスがあります。 阿蘇と熊本です。この二つをまとめて九州キャンパスという括りにする場合もあるようです。
先の地震で阿蘇キャンパスが機能が止まり現在熊本キャンパスに間借り中と言うことで現時点ですごく多様な研究が行われてるようです。
講演後は友人が卒業研究を担当している4年生の学生さん10人くらいと食事に出かけました｡
みなさんすでに進路が決まっているようです｡やっぱり好景気なのですね｡
ノーベル賞講演会
ノーベル賞の講演会が開かれてネット上に公開されています｡ 生理学･医学賞の講演も行われたようです｡ Semenza氏の所だけ視聴しました｡
はじめのほう無茶苦茶ド緊張していましたね｡
また最後の最後でウルウルしてました｡
Watch the emotional moment Medicine Laureate Gregg Semenza thanked his family for all the support they’d given him on his journey to the Nobel Prize. pic.twitter.com/M7C43CaI9F
— The Nobel Prize (@NobelPrize)
医学部の講義のような解りやすい講義でした｡
ぼくが関わったFIH-1, Chuvash polycythemia,HIF-1aの持続活性化型アデノウイスルベクターの仕事にも言及してもらいぼくは大満足でした｡
大学院生の楠先生の論文が公刊されました
大学院生の楠先生の論文が公刊されました｡
Kusunoki M, Hayashi M, Shoji T, Uba T, Tanaka H, Sumi C, Matsuo Y, Hirota K. 2019.
PeerJ 7:e8157
http://doi.org/10.7717/peerj.8157
Figureが8つあってsupplementary figureも8つある大作です｡
dataが多すぎて麻酔の専門誌では載せてくれるところがありません｡
大学院生の正司先生の論文がScientific Reportsにアクセプトされました
大学院生の正司先生の論文がScientific Reportsにアクセプトされました｡
polysulfideがインスリンの分泌に及ぼす影響を解析した研究結果です｡
こっちもfigureが8つあってsupplementary figureも8つあります｡
低酸素遺伝子応答のメタアナリシスの結果をbioRxivに発表しました
低酸素遺伝子応答のメタアナリシスの結果をbioRxivに発表しました｡
DBCLSの坊農さんとの共著です｡
Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases doi: https://doi.org/10.1101/267310
The version 2 of our manuscript entitled “Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases” has been archived in #bioRxiv . The manuscript has been revised to include meta-analysis of ChIP-seq.
https://t.co/ITiQ812hdn— ぼうのう ひでまさ (@bonohu)
共著論文がアクセプトされました
共著論文がアクセプトされたのですが詳細はここでは発表しません｡
本の紹介
実験医学別冊 RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ
今時RNA-Seqは誰でもすなる研究手法でweb上でも出版物でもどこでも見掛けます。
それ故無数の微妙に異なる方法が並立して初学者には一体どれを使えばいいのか迷ってしまう問題があります。
遺伝子の発現解析に限ればこの本をまず通読すると見通しがすごくよくなると思います｡
“COLUMN”の内容も有用です｡
Chapter7は1細胞RNA-Seqがテーマとなっている章ですが､｢多数のサンプル間の類似度を比較する｣という考え方はconventinalなRNA-Seqでも必要な考え方でありこれらが学べます｡
一家に一冊そろえて通読すべき本だと思います｡
ぼくらの論文のdataも教材として取り上げられています｡
- Chapter1 まずはこれだけ！解析環境を整える〜Mac＋Biocondaを中心に【安水良明】
- Chapter2 データを入手する
- （1）RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど【木本舞】
- COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】
- （2）公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析【坊農秀雅】
- Chapter3 転写産物の発現を定量する
- （1）リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie【安藤美波，粕川雄也】
- （2）リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM【上樂明也】
- COLUMN Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する【田中英夫】
- （3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】
- （4）転写開始点を解析する方法〜CAGE【森岡勝樹】
- COLUMN 各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】
- Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】
- Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】
- Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析【仲里猛留】
- COLUMN Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する【執筆／Stuart Tugendreich，Jean-Noel Billaud，訳／國田竜太】
- COLUMN アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire【坊農秀雅】
- Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
- （1）次元削減と可視化【佐藤建太，二階堂愛】
- （2）類似度の計算とクラスタリング【佐藤建太，二階堂愛】
- COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向【佐藤建太，二階堂愛】
- Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP【上坂一馬】
- Chapter9 論文投稿に必須！データを登録・公開する〜DRA，GEA【児玉悠一】
- COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】
｢次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 ｣
岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門の清水厚志さんとライフサイエンス統合データベースセンターの坊農秀雅さんが編集した｢次世代シークエンサーDRY解析教本｣の改定第2版｢次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 ｣が分子生物学会で先行販売されています｡
ぼくも一部担当させて頂きました｡
