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”Figure1″

On 2017/7/21 金曜日, in anesthesia & critical care medicine, book, books, hypoxia reseacrh, Thus Spoke Dr. Hypoxia, twitter, by bodyhacker

がんとハイポキシア研究会の世話人をやっています。

がんとハイポキシア研究会のページがリニューアルしましたhttps://t.co/whe1HhZkQz
第15回研究会の情報もご覧頂けますhttps://t.co/1Z2LFc0GnW

— がんとハイポキシア研究会 (@cancer_hypoxia)

2017年7月20日

バイオストレス研究会の世話人もやっています。

第一回バイオストレス研究会が開催されます。
日時:平成29年7月22日(土)14時00分～17時00分
場所:天理医療大学 B棟4階大教室Bhttps://t.co/be3KPRxwUw

— バイオストレス研究会 (@biostress1)

2017年7月20日

“Figure1”

Harvard大学にDr. William G. Kaelin Jr.という研究者がいます。

腎癌とか副腎腫瘍の研究ですごく有名人ですがその研究から細胞の低酸素感知機構の分野の研究に展開してこの分野での貢献が認められ他の二名の研究者とともに昨年のAlbert Lasker賞を授賞しました。このようなエラい人なのですが，一度某meetingで吠えていたのを目撃して以来なんか怖い人ではないかという先入観をぼくは持っていました。ちなみに，日本から彼のlabに留学した人は結構多いです。

最近啓蒙活動をしているらしく “Common pitfalls in preclinical cancer target validation” なども最近出版していました。

今日紹介するのは Nature誌に発表された Publish houses of brick, not mansions of strawという論説です。

Papers need to include fewer claims and more proof to make the scientific literature more reliableという主張が展開されています。

最近科学論文特に生命科学分野の論文の再現性が大きな問題となっています。捏造とか改竄は置いておくとしてもある論文の結果を定性的かつ定量的に再現することができないという事態がそこここで起こっているわけです。

そもそも高価な測定機器や特殊な遺伝子改変マウスを用いた研究は機器・マウスを利用できない環境にある研究者は再現を試みることもできません。

そうこうしているうちに，Like the proverbial boiled frog that failed to leap from a slowly warming pot of water, biomedical researchers are stuck in a system in which the amount of data and number of claims in individual papers has gradually risen over decades という事態に陥っていると主張しています。

つまりこの事態は The danger is that papers are increasingly like grand mansions of straw, rather than sturdy houses of brick. だというわけです。

Kaelin氏はLasker賞を授賞する位ですから，細胞の低酸素感知機構研究の分野で大きな仕事をいくつもしています。

Negative regulation of hypoxia-inducible genes by the von Hippel-Lindau protein. O. Iliopoulos et al. Proc. Natl Acad. Sci. USA 93,10595–10599; 1996とHIFalpha targeted for VHL-mediated destruction by proline hydroxylation: implications for O2 sensing. M. Ivan et al. Science 292, 464–468; 2001は今でも読み継がれているこの分野の正典です。読んでいない奴はモグリだという様な意味です。

しかしこの二つの論文もあわやrejectという状況だったのだそうです。

前者は，” failing to include a clear mechanism and animal experiments”という理由で後者は”because we hadn’t identified the enzyme responsible”という理由で。

しかし”Fortunately, an experienced editor intervened, arguing that publication would open the search for the enzyme to other groups”という事で日の目を見たのですが “such reprieves seem less common today”だと。

そうですよね。結構おもしろくとも純粋な現象の報告はいわゆるprestagiousな雑誌に掲載されることはありません。

という訳でKaelin氏は論文とは”Figure1″で提示されるobservationを強固に補強するようなものであるべきだと主張します。この”Figure1″という言い方というか概念は，大学院生だったときに指導してくれた先生にも何度もいわれた概念です。現在の査読制度では，主主張から解離した些末な追加実験などが要求されすぎているという訳です。

一昔前は例えば “an entire paper could consist of the detection of two proteins that bound to one another and the follow-up experiments to establish that binding occurred in living cells”なのにしかし今や”Figure1″どころかSupplemental Figure1まで繰り出さないと収まらないほどのdata量が要求される時代になってしまいました。

今回おもしろいと思った点はもう一つあります。Kaelin氏のような臨床出身（彼は泌尿器科医だったはずです）の研究者が，”We need to stop telling basic scientists, especially trainees, that their work’s value lies in its translatability“と述べていることです。” We must return to more careful examination of research papers for originality, experimental design and data quality, and adopt more humility about predicting impact, which can truly be known only in retrospect.” だということです。これはぼくのもう一人の師匠から随分といわれた事です。

「あなたの研究が臨床に役に立つとか人を救うとかそんなことをあんたのような頭の悪い人間が考える必要はないのだ。そんなことよりとにかくよいサイエンスを行いなさい」というアドバイスです。

よい論文は他人に引用されていつか世界を変える世界は変わらなくとも他人の世界観を変えるはずたという訳です。

彼の文章は The main question when reviewing a paper should be whether its conclusions are likely to be correct, not whether it would be important if it were true. Real advances are built with bricks, not straw.

と結ばれています。

ちょっと勇気つけられました。

Powers of Two

「かくて行動経済学は生まれり」という本が出版されました。

これは，“The Undoing Project: A Friendship That Changed Our Minds”の邦訳です。多分一年経っていません。

内容は，書評を参照してください。

心理学者ダニエル・カーネマンと共同研究者エイモス・トベルスキーの評伝です。エイモス・トベルスキーはすでに無くなってしまったのでノーベル賞を受賞できませんでした。

ぼくは邦訳を読んでいませんがとてもおもしろくて感動的な物語です。

「 POWERS OF TWO　二人で一人の天才」という本もありこの二人も取り上げられています。

Tagged with: Kaelin • 森健次郎 • 淀井淳司

Apple TVを研究室に導入しました

On 2017/7/3 月曜日, in book, books, Lifehacking, twitter, by bodyhacker

生きています

しばらくエントリーの投稿をさぼっていましたが生きています。

最近出た論文の作業なんかをしていました。

結構集中するのでぼくの大脳のキャパシティーでは余計な事はあまりできなくなります。

いろいろと出ました

論文がでました。

当部門の岡本先生の論文がScientific Reports誌に掲載されました。
論文は以下からお読み頂けます。https://t.co/MhEnR86NnX

— 侵襲反応制御部門@KMU (@hss_kmu)

2017年6月19日

これからもせっせと手持ちのデータを大学院生と共同して論文にしていきます。

雑文もでました。

医学書院のPR誌「医学界新聞」の特集医学生・研修医に薦めたいベッドサイド・ライブラリー就寝前の30分間が医師人生を切り開くでぼくも三冊紹介しました。

医歯薬出版社の雑誌「医学のあゆみ」にもエッセイを載せてもらいました。

フォーラムはじめの一歩を押し出されて踏み出してみる……広田喜一(参照）

島岡さんの最近の著作をネタにしたエッセイです。以前ここでも取り上げたことがありました。

こちらは現時点では，購読権がないと全文を読むことはできません。すみません。

Apple TVの話

今週研究室に55Vのテレビというかチューナー内蔵のディスプレイを導入しました。

ジャーナルクラブやプログレスレポートの時に使います。

先日訪問させていただいた某研究室(三島の方）でAppleTV経由で大画面TVを使っていたの見せていただき感動して同時にAppleTVも導入しました。

簡単にセットアップできると高をくくっていたらできませんでした。

少し調べてApple Configurator2を使ってMacからAppleTVにprofile fileを送り込んで解決。結局proxyの設定がApple TVとモニタだけではできなかったのです。

無事にmacからAirPlayの出力先として55Vのテレビを選択できるようになりました。全部で12万円くらいでこの環境なので安いです。

ケーブル無しで簡単につなげるのでこれは便利です。

ストロベリーナイト

先日ある映画をAmazon Primeで観ました。2013年に公開された，「ストロベリーナイト」です。

誉田哲也さんの警察小説シリーズ「姫川玲子シリーズ」の一作品『インビジブルレイン』の映画化です。

すごくはまってしまい，映画化の前後にテレビドラマとして放映されたものと小説として発表されているものを全て観て，読みました。フジテレビで放送されたドラマは

・第1回シンメトリー

・第2回右では殴らない

・第3回右では殴らない(2)

・第4回過ぎた正義

・第5回選ばれた殺意〜過ぎた正義

・第6回感染遊戯

・第7回悪しき実

・第8回悪しき実〜嗚咽

・第9回ソウルケイジ

・第10回檻に閉じ込められた親子〜ソウルケイジ

・第11回こんなにも人を愛した殺人者がいただろうか〜ソウルケイジ

です。

これに先だって，小説「ストロベリーナイト」の内容をドラマ化した特番があります。また「ストロベリーミッドナイト」「アフター・ザ・インビジブルレイン」という続編もあります。

小説は

が今まで出版されています。

ドラマは原作をほぼ忠実になぞっているのですがドラマの方が圧倒的におもしろいです。

絶対的な主人公は，姫川玲子という名前の警部補です。警部補昇進は27歳の時で，第一作の「ストロベリーナイト」では29歳。27歳で警視庁捜査一課殺人犯捜査十係の主任警部補というのは警察では異例の出世・抜擢。170cmの長身で7cmのハイヒールを何足も履き潰しているという設定です。

この姫川班は，玲子さんの他に，菊田和男巡査部長，石倉保巡査部長，湯田康平巡査長，葉山則之巡査長で構成されています。

実は大塚真二巡査長が第一作の「ストロベリーナイト」が班員だったのですが第一作の「ストロベリーナイト」であえなく殉職してしまうのです。ドラマ・映画ともキャストは同じで，姫川玲子は竹内結子さん，菊田和男は西島秀俊さん，石倉保は宇梶剛士さん，湯田康平は丸山隆平さんで葉山則之はなんと今をときめく小出恵介さんが演じていました。

玲子のドラマ・映画での口癖は「このヤマ，絶対とるわよ」(このセリフはドラマ・映画で頻繁に出てくるのですが小説ではほんどでてきません）でこのかけ声のもと4人の刑事は頑張ってしまうわけです。

この人たちちょっと変わっています。担当の事件が無い場合，刑事は「在庁」という一種の待機状態になるのだそうですが，在庁のまま退勤時間が近づくと「今日も何もなかった」ということになるのですが電話がかかると「キター!!」という感じで皆嬉々として現場に駆けつけるのです。姫川班では捜査会議の後皆で飲み屋（なぜが女将さんが中村静香）で反省会を開きます。

玲子は，所轄の交通課勤務だったのを現在の上司である警視庁捜査一課殺人犯捜査十係係長である今泉春男警部に抜擢されて捜査一課入りをした経緯があるのですが，これは彼女の天性の直感に基づくプロファイリングの能力を評価してのことだったのです。

玲子は，自分の筋を読み，点と点をいきなり結んで捜査を進めていくという手法を採る場合が多いのです。そしてその手法により実積を残してきたのです。

これと対照的なのが捜査一課殺人犯捜査十係の主任警部補である日下守(遠藤憲一)です。彼は若いときのある失敗をきっかけに緻密で客観的な捜査手法を取り玲子さんの捜査手法を危ういと評価しています。予断を許さない操作法は捜査会議での発表でも遺憾なく発揮されて皆を辟易させるほどです。玲子の天敵ですがその理由は捜査方法の相違だけでは無いのですが… もう1人主任警部補がいるのですが彼は，捜査一課殺人犯捜査五係の所属です。勝俣健作(あだ名はガンテツ)。ドラマ・映画では武田鉄矢さんが演じていました。ガンテツは玲子さんだけでなく日下の天敵でもあります。

捜査手法が研究手法と通じるとこがあるなということです。

研究手法に，玲子式と日下式があるとすればぼくは断然玲子式です。

ぶらぶら道を歩いている。棒にあたる。これが意味のあることだと思って筋を読む。あたった棒に意味があるとすれば理論的に起こるはずの現象を確認でき点と点が結びつけば，論文になるという手法です。

基本的な戦略は「線でつなぐ」なので日下式のローラー作戦と比較すると弱い側面があります。

危うい場合もあり日下の玲子への批判の根拠でもあります。実際姫川は単なる思いつきを重視した捜査のせいで何度も失敗も重ねるのです。

ぼくは遺伝子改変マウスなどを用いた実験を基本的には行わないので，ぼくらの仕事が今風なprestigiousな雑誌に掲載されることは最近ではほとんどチャンスは非常に低くなっています。

つまり15年前とは状況が完全に「時代」が違うのです。

古典的な手法で思いつきで点と点を結んで発表した論文でも20年経った今でも年に20回くらい引用される論文もありますからこれ以上は求めても仕方ない，と思っています。

ガンテツによれば玲子は犯人の気持ちがわかるのだそうです。実際に玲子は高校生の時にある事件に遭遇してそれがきっかけで警察官になったのですがその犯人を殺したいと思っているというか心の中で何度も殺していてそれ故殺人犯の気持ちになって犯行の筋を読むことができるのです。

細胞の気持ちになって筋を読めるのであればそういう研究者になりたいと思います。ファウスト博士のように魂を売り払ってでも。

麻見和史さんが作者の女性刑事シリーズがもう一つあります。如月塔子シリーズです。

塔子は，警視庁殺人分析班警視庁捜査一課十一係の部長刑事（刑事部長でかつ刑事）です。殉職した警察官だった父親を背負って頑張るのですが玲子さんとはちがい未だ巡査部長です。身長も152.8cmといわゆるチビです。

今までドラマ化されたのは石の繭と水晶の鼓動の二作です。両方観ました。堪能できます。

小説は8冊出ています。文庫化されているのは6冊で，これは全部読みました。

東北大学の五十嵐先生のtweetです。

淀井先生の独創性に関するエッセイと仲間からのコメント、「大河の源流はただじめじめした水源」免疫学会のホームページから。そういえば当時話題になっていました。https://t.co/22AkzdJRAf

流れになるのか、流れをつくれるのか、そこの判断が未だに難しいです。

— Kazuhiko Igarashi (@kazuigarashi)

2017年7月1日

ぼくは淀井さんの弟子でこの文章も折りに触れて読み返しています。本人からもこれと同じ話を耳にたこができるまで聞かされました。ぼくはATL研究は日本医学が世界に誇る一大金字塔だと思っています。