学位講演会

1/19(木曜日)の夕方に研究室の岡本くんの「学位申請者公開講演会」が開かれました。 ディフェンスです。

某先生の引っかけに引っかからず何とか満足のいく質疑応答ができていたと思います。

講演会も審査委員とケンカできると上出来なのですけど。審査員が絶対的に正しいということはありません。「専門」以外は結構あやふやです。

あまりにも基本的な事項について正面切って聞かれると戸惑ってしまいます。

 

学生が話すのを聴いているのはすごく緊張します。ホント精神衛生上の観点からは寿命が一ヶ月くらい縮んでいる感じです。

 

とにかく,3年間で博士課程を終えることができました。これからも研究続けてください。

残った人たちもこれに続いて欲しいと思います。


研究結果の再現性の検証

生命科学の分野で研究結果の再現性が低く過ぎるのではないかという問題があります。 (「医学生物学論文の70%以上が、再現できない!」 とか「「再現性」の記述「ほぼすべてに欠陥」な記事があります)  

 

2013年位に”The Reproducibility Project”というプロジェクトが立ち上がって雑誌”eLife“でその検証結果が発表されているのに気づきました。

 

以下の論文が対象となっていたようです。

  • BET bromodomain inhibition as a therapeutic strategy to target c-Myc Cell
  • Coadministration of a tumor-penetrating peptide enhances the efficacy of cancer drugs Science
  • Discovery and preclinical validation of drug indications using compendia of public gene expression data Science Translational Medicine
  • The CD47-signal regulated protein alpha (SIRPa) interaction is a therapeutic target for human solid tumors PNAS
  • Melanoma genome sequencing reveals frequent PREX2 mutations Nature

新聞やテレビは上記を含むprestigiousな雑誌に研究が掲載されると大々的に報道しますが再現性が無いというか不完全な場合もあるわけです。

再現性がないからウソだという訳ではないのですが再現性のない研究結果はやっぱり困るよね。

ここまでやっているのを目の辺りにするとやっぱり考えさせられます。

というか一つ検証実験を計画しています。


「昭和元禄落語心中」

Amazon Prime会員なのですが映画とかTV番組とかをタダ(というかそれ込みの会員料なのだろうけど)で見せてくれるということに気づきました。

「昭和元禄落語心中」のアニメ版を全部観ました。 今度コミックも買って読もうと思っています。

これ名作ですよ。

 

ついでに「クズの本懐」も観てます。


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研究の再現性

On 2015/9/6 日曜日, in hypoxia reseacrh, by bodyhacker

昨日麻酔科学会の関西支部学術集会に参加してきました。

たぶん座長をした「お駄賃」としてある本を会長の横野先生よりいただきました。(手術室の安全医学講座)

帰りの電車で読んだのですが知識のアップデートに有用と思いました。読者は麻酔科医の医者を想定していると思いますが研修医くんや看護師さんも良い読者になると思います。

手術室の安全といってもすごくスコープが広く確かにここまで考える必要があるよねということに気づかされます。

各項目は1-2ページでまとまられていますので時間を見つけてどんどん読み進めることができます。

NO.132は「あの先生、ちょっとおかしい??」です。内容は読んでのお楽しみということで。

 

手術室の安全医学講座

 


研究の再現性

ここ数週間、研究の再現性についての記事をネット上でいくつも読みました。

きっかけは

で紹介されている”Science”に掲載された論文だろうと思います。(Estimating the reproducibility of psychological science)

FiveThirtyEightにも関連の面白い記事が出ていました。

実験結果を不正に操作しようという意図がなくともいわゆる複雑な”p-hacking”をしているうちに他の研究者はおろか自分にも再現できない結果が得られそれを出版してしまうという事があるようです。

にはp-hackingのsimulatorが提示されていて面白かったです。

ここだけみてみるだけで十分価値があると思います。

 

このtweetのリンク先

米国・細胞生物学会の研究再現性問題への対策:2015年7月15日 も研究の再現性についての論考ですがこれも一読の価値があります。

 

明らかにデータの操作を行ったと思われる論文の存在を指摘しても知らんぷりの某学会の英文雑誌の対応と全く違いますね。そもそもなんであんなデータを提示している論文を採択するのかまったく訳が解りません。字面を読んでp<0.05だとそれでOKって感じなんでしょうね。自分でWestern blotとかしたこと無いんですよたぶん、査読者は。


人の死

ある書評サイト人はいかにして蘇るようになったのか: 蘇生科学がもたらす新しい世界紹介されていました。

Erasing Death: The Science That Is Rewriting the Boundaries Between Life and Death“の邦訳です。

ぼくは英語版で二年前に読みました。(参照)  英語版の章立ては以下の通りです。

  1. Amazing things are happening here
  2. One small step for man, One giant leap for mankind
  3. The formula of life
  4. Reversing death
  5. The orphan
  6. What it’s like to die
  7. The elepahnt in the dark
  8. Understanding the self: Brain, Soul and the Consiciousness
  9. The Afterlife We Know
  10. The AWARE study
  11. What does it all means ?

となっていて第5章までは蘇生学の解説となっていますがそれ以降は著者の考えが展開されていきます。これがかなり独自で面白いのです。

著者の一人Sam Parnia氏は医者です。 臨死体験や蘇生中の患者の意識状態についての研究を展開していてちょっとした有名人です。論文もあります

AWARE-AWAreness during REsuscitation studyという研究を率いていて論文もいくつも出版されています。 例えばこれ 

何をもってヒトが死んだと判断するかは基礎医学的・生物学的にはそうそう簡単な問題ではありません。

鎌倉時代に九相図という仏教画で人が死んで朽ちていく過程が描かれました。

  • 脹相(ちょうそう) – 死体が腐敗によるガスの発生で内部から膨張する。
  • 壊相(えそう) – 死体の腐乱が進み皮膚が破れ壊れはじめる。
  • 血塗相(けちずそう) – 死体の腐敗による損壊がさらに進み、溶解した脂肪・血液・体液が体外に滲みだす。
  • 膿爛相(のうらんそう) – 死体自体が腐敗により溶解する。
  • 青瘀相(しょうおそう) – 死体が青黒くなる。
  • 噉相(たんそう) – 死体に虫がわき、鳥獣に食い荒らされる。
  • 散相(さんそう) – 以上の結果、死体の部位が散乱する。
  • 骨相(こつそう) – 血肉や皮脂がなくなり骨だけになる。
  • 焼相(しょうそう) – 骨が焼かれ灰だけになる。

こうなると死は誰の目にも明かなのですが現代では脳死一つとってみても少なくとも日本では普遍的な人の死ではありません。

この本は専門家向けというより一般啓蒙書として書かれていますので興味を持った人は邦訳を読むといろんな蘊蓄とか小ネタを得る事ができると思います。

著者による解説もあります。

Erasing Death: The Science That Is Rewriting the Boundaries Between Life and Death 人はいかにして蘇るようになったのか: 蘇生科学がもたらす新しい世界

 

満屋裕明先生 

以前、満屋裕明先生について書いたことがありました。(参照)

昨日本屋で満屋先生の評伝が文庫本で出ているのを発見しました。(エイズ治療薬を発見した男 満屋裕明)

満屋さんって村上龍さんと同窓で一年先輩なのですね。

 

 


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「キャパの十字架」がNHKで

少し前に雑誌文藝春秋に掲載された沢木耕太郎氏の「キャパの十字架」を紹介しました。(参照)

単行本化されるようです。(参照)早速予約しました。

2/3の日曜日にNHKでこれをテーマとしたドキュメンタリーが放送されるようです。

沢木耕太郎 推理ドキュメント 運命の一枚 ~”戦場”写真 最大の謎に挑む~

これは期待できます。沢木氏自身が例によって登場です。

問題は「観てから読むか,読んでから観るか」という事ですね。ぼくはもう読んでしまったのでどうしようもないのです。

比較するのはどうかと思いますが「イカ」よりおもしろいと思うのです。


Societyの成熟

体罰,暴行ってなんで今頃問題になっているんでしょう。日本の社会がある程度成熟してきたということなんでしょうか。それとも皆が何かをあげつらうような社会に日本がなりつつあるということなのでしょうか。

その割りにscientific societyはいまだに成熟度がいまいちなような気もします。

相変わらず論文はバンバンretractされるしだからといって何かが変わるでも無し。

再現性のない論文を平気で投稿する人がいると思えばそれを平気で採択してしまう雑誌がある。少なくとも自分たちのグループ内での再現性は必要最低限だと思いますけどね。そもそも他人にほとんど顧みられない論文だがらかそれはそれでよいのかな。確かに誰も追試しないのであれば「再現性」が問題になることはないですよね…

 


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