Dr. Bonoの生命科学データ解析-読書会 @大阪 参加者募集中です。

昨日丸一日、日当直でした。

夕ご飯食べてシャワー浴びてから働きました。


論文がアクセプト

大学院生の先生の論文がアクセプトされました。

「箸の上げ下ろし」まで指導してくれるある意味妙に親切ーそれでいで一切の追加実験を要求しないーなreviewersだったので書き換え作業をしただけなのですがそれでも二回もrevisionをさせられました。

最初に投稿した雑誌のreviewerにはこれが本当ならこの業界の常識が変わるのだからお前らの主張を簡単には受け入れられないとまでいわれた-Thus, proposing such a paradigm change or new mechanism must be accompanied by evidence demonstrating that …-のでとにかく皆が知っている雑誌に通してしまいたいという気持ちが強くて最終的にはPLOS ONEに採ってもらいました。

皆に受け入れてもらえる様にdataの出し方も工夫したしまあよかったと思います。

figureが8つでsupplementaryが9つで学位審査で全部説明していたら二時間くらいかかるかもしれません。

よかったです。


「教科書が読めない」

AI vs. 教科書が読めない子どもたち

AI, AI技術の解説書なのですが格好の例(東ロボくん)を用いているのでとても分かりやすいというか分かった気にさせられました。

医療の世界では、AIとかAI技術の導入より前に日本ではもっと規制緩和をすすめる必要はあると思います。「電子カルテ」もひどい。診療録や画像の共有だってまだまだだし。遠隔診療もいいけどここら辺をまず進めたらいいと思います。

 

第3章と第4章がこの本のキモだと思うのですがぼくの個人に戻って考えてみるとすでに手遅れですね。

 

入学試験のミスが発覚してちょっとした議論を呼んでいます。

新聞ではこんな論説も見つかります(参照1), (参照2)

そうであれば、試験実施後、できるだけ早く問題と模範となる解答例を公表すべきだろう。

というのですが、国語とか英語の論述問題では逆に大きな混乱を呼ぶような気もします。そもそもこのような問題がどのように採点されてるのかの実態を無視している議論と思います。


生駒さんが「卒業」

乃木坂46の生駒里奈さんが「卒業」だそうです。 彼女自身以下の様に語っています。(参照)

20歳になった頃から、大人として一人で生きていくためにはどうしたらいいのか、具体的に自分のこれからを考えた時に私はこのままでは足りないなと、プラスで自分を高めないといけない。 ここだけじゃ足りないと思う様になりました。

ぼくも

50歳になった頃から、ピークをすぎた老研究者として生きていくためにはどうしらいいのか、 具体的に自分のこれからを考えた時に私はこのままではやりすぎなので、 もう自分を高めようというような無駄な努力やめようと思う様になりました。

結構やったしもう多分ホームランとか三塁打-被引用回数が500回を超えるは打てないだろうという気もしているわけです。研究を止めた知り合いも何人もいるし。

とはいえ研究をしている犬も歩けば棒に当たるという具合で何かを見つけたりするのでなかなか「卒業」できません。

恩師には、研究は牛の涎みたいにキリががないからほどほどにしろといわれました。 でも、その「ほどほどが」わからないのです。 その恩師とて、定年で退職する少し前からしきりに自分が行けー院長としてですけどーと言われている病院は普通の病院だからもう研究ができなくなるのだもっと時間があればいろんなことができるはずなのに悔しいとぼくに語っていました。

時々先生の魂がまだ漂っているような気もするし。


PubMedCommonsが閉鎖

だそうです。

やっぱり匿名でないと「談論風発」しないのでしょうか。


研究室でどう集中力を持続するか

研究室ではこんなメガネを使っています。(JINS MEME)

朝出勤するとこれに着替えます。

なんか強制的に集中モードに誘われる感じがしてこのメガネをしている間は一種の戦闘モードになります。

今日は今まで

深い集中:1:45

集中:3:15

です。


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昨年出版され米国でロングセラーとなっているThe Immortal Life of Henrietta Lacksの日本語訳が出版されるようです。以前紹介しました (参照1参照2
Amazon.comのkindle eBookもいまだにかなり売れているようです-$9.83です-。確かに読み応えのあるnon-fiction作品です。実験でHeLa細胞を使っているような人であればかなり面白いと感じると思います。邦訳がどの程度のできなのかは読んでいないので解りませんが最近は悪い翻訳本は随分と減ってきました。
あるとすれば大きな教科書を何人もの医者が訳しているというような場合に限られてきているのではないでしょうか(具体的に名指しをするのは差し控えますが,ぼくらの領域にも何冊かあります)。

不死細胞ヒーラ  ヘンリエッタ・ラックスの永遠なる人生

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生物学の研究において独創性とはどのように定義されるかというのはすごく昔から議論されてきた問題です。
生命科学まで間口を拡げればiPS cellの研究などは発明だし,創薬などについては独創という概念は比較的に適応しやすいと思いますが基礎的な生物学は生物が生物たる構造や機能の解明が目的である以上,また生物はそこにあり生きている以上,その仕組みを人間が”創造”するということはあり得ないとぼくは考えています。蛋白質や遺伝子のクローニングなどもその最たる例でしょう。対象となった蛋白質,遺伝子は研究者が見つける以前に存在しています。研究者はそれを「発見」しただけです。
発見法に新奇性はあったとしても蛋白質,遺伝子自体を「創造」したわけではありません。
そういう状況の中でまったくのconventionalな手法である性質を持つ蛋白質を同定して解析するという手法は健在です。
MCM Proteins Are Negative Regulators of Hypoxia-Inducible Factor 1

Molecular Cell, Volume 42, Issue 5, 700-712, 10 June 2011

GLS研ではこの手法で過去にいくつもの論文を報告しています。質量分析計を利用するようになりプロセスが高速化しているだけです。
そもそもHIF-1自体も考えられるもっとも正攻法を用いて単離された転写因子です。彼の方法論の根底にこれらを可能にする何かあるのだと思います。二年半彼といてかなり解ったと思ったのですがまだまだです。
同じ号のMolecular Cellに
A HIF-1 Target, ATIA, Protects Cells from Apoptosis by Modulating the Mitochondrial Thioredoxin, TRX2

Molecular Cell, Volume 42, Issue 5, 597-609, 10 June 2011

も掲載されていました。これはなかり興味深い論文です。
TRXとHIFっていろんな経路で深いつながりを持っています。その一端ですですね。
そうそう「細胞を創る」というような研究も最近あります。

平野啓一郎さんの小説「決壊」が文庫本になったようです。
以前に紹介したことがあります(参照)。

決壊〈上〉 (新潮文庫)

決壊〈下〉 (新潮文庫)

上・下合わせて1360円。タダみたいな値段ですね。

月曜日に投稿していた院生のKさんの論文の審査結果が帰ってきました。
初回は6人のreviewerにいろんな事を言われたのですが今回は3人まで減ってコメントもほとんど些末な事項になっていました。でも,一つだけ言っていることがよく理解できないコメントがありここ二日づっと悩んでいました。共著者のH田さんにアドバイスを求めたところナイスな指摘をしていただき疑問氷解です。よく考えたら初めの時のコメントもこのことを主に問題にしていたんですよ,reviewer1は。
というわけで追加実験無しでrevisionを終える決心がつきましたしこれで落とされることもないと確信しました。
久々ですねこんなにスカッーとしたのは。

ホントこうなると他人の論文を暢気に査読している場合ではありません。とっと問題点を挙げて残り一つをかたづけてしまおう。査読は一種の義務とはいえいくらやっても誰もほめてくれませんしね。自分たちの論文にはいろんな意味で人生がかかっているんだよ。

村上春樹の”What I Talk About When I Talk About Running”から

Pain is inevitable. Suffering is optional. Say you’re running and you start to think, Man this hurts, I can’t take it anymore. The hurt part is an unavoidable reality, but whether or not you can stand any more is up to the runner himself. This pretty much sums up the most important aspect of marathon running.

ほんと良いこと言いますよね。文学者の責任とかいって妙な政治的な発言などしなくて良いのに。
ぼく,中学生の時は陸上部でタダひたすら走らされていました。しんどいときに唱える言葉というか歌というか思い出すある情景がありました。研究でも臨床でも”しんどい”時に唱える「マントラ」って誰にでもあるのです。

The Immortal Life of Henrietta Lacks


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気持ちのよい弦月でしたね。

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全然わかりませんけど

研究室の歓迎会を開きました。
3人の院生を迎えることができました。
場所は亀甲屋というお店でした。
最初,店の名前を聞いたときどっきとしました。幹事のD先生の趣味かなと一瞬考えました。
だって「亀甲」って亀甲でしょう。

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The role of spreading depression, spreading depolarization and spreading ischemia in neurological disease

Nat Med. 2011 Apr;17(4):439-47. Epub 2011 Apr 7.

これってかなりよい総説だと思いました。

ホリエモンのブログに
「技術の継承とは」というエントリーがアップされていました。
これっていわゆる赤の女王の言葉通りです。
つまり,

ここでは、よいな、同じところにとどまっていたければ、力のかぎり走らねばならぬ。どこかにゆきつこうと思えば、その二倍の速さで走らねばならぬ

日曜日は日・当直だったのですがエライ目に遭いました。何時まで保つんでしょうか,ぼくは。「力のかぎり走る」のもつらいですよ。
というわけで書類作成完成したので帰って寝ます。


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