PLoS OneとPeerJに立て続けに論文がアクセプトされて一息つきました。 いくつかばらまいてあるものが年内に何とかなることを祈っています。

最近は広く皆に読んでもらえるならどの雑誌でもいいという程度の「悟り」というか「諦観」を身につけました。 やりたいことを自分の身の丈で継続できるという環境は素晴らしいと思っています。

 

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こういうon-line journalは分量の制約がゆるいまたはないのでいっぱいデータを持っている場合全部突っ込めるのですごくありがたいです。

PeerJは始まったばかりですがPLoS Oneに至っては日本ではこれでプレスリリースを行う研究者や新聞が取り上げたりもして実際にあのImpact Factorも予想に反して結構高めとなってきています。 さまざまなMetricのtoolもあって自分たちの論文がどれくらいの反響があるのかもある程度リアルタイムにつかむことができて大変助かっています。

未来永劫とはいえないけどここ数年の流れになっていくと思っています。

 

雑誌の従来の「権威」で個々の論文の信憑性が担保されるというような考えは昨今の状況を考慮すればすでにタダの「幻想」となっていると思います。基礎的な論文であっても臨床の論文のようなmeta-analysis的なものをかいくぐって初めて真正性が認められるというような時代がやってくると思います。

論文の追試というのは大それた論文であればあるほど世界中で一斉に始まります。製薬会社などには追試を専門にしている部署があるのではないでしょうか。”Science”誌のエッセイによれば追試できない結果を含んだ論文というのはいわゆる一流誌でもすごい数あるようです。(参照)

柳田先生はブログでこのような辛辣な意見を述べておられます。(参照

論文投稿の研究室が高い名声と信用を勝ち得ていると,論文データ中に捏造データがあるなどと思えないものです。最初から疑いの眼でみることはまずありえません。しかしご承知のとおり夢にも思わなかったような人々が捏造データ作成に手を染めていることがいまやはっきりしてくると、この阪急のケースなども同根の病から生じたものではないか、と思いたくなるのです。

まず関西でいうええかっこし、これが行きつくところまでいくと,内容がない癖にいい方で相手を信用させ騙す。見かけがなによりも大切。つまりNCSとかいう頭文字の雑誌の論文があれば見かけは最高になる、だから生きる目的のすべてがそこに向かう。 次ぎにおかしいことがばれたら、誤りであったと言い抜ける。相手をあざむく気はまったくなかったと言い張る。悪気はまったくなかったし、こういう表現がいけないと言うことも気づかなかった。いつもはとかなんべんかはちゃんとしたものを提供しました、などといいぬける。これも研究の世界ではすぐ使えそうな気がします。

捏造研究の現場も日本は国内トップの研究費の非常に潤沢なところで横行しているのですから、なにか同根の問題があるのでしょう。

つまり国内トップといってもたいしたものではないというところでしょうか。

表面を飾り立てることにきゅうきゅうとしている職場の雰囲気がたぶん同根なのでしょう。

 

こんなことならいっそ査読なんて要らないといことにならんかなと思ってしまいます。 

そもそも研究成果の発表の手段は査読付きの論文として発表するだけに限定された訳ではありません。

数学や物理学にはpreprintを収録するarchiveが存在します。 例えば”arxiv“。 形式上の一定の基準を満たせば査読無しに収録してくれます。 研究者が自由にアクセスできます。

ロシア人数学者グリゴリー・ペレルマンはポアンカレ予想を証明したと主張する論文をプレプリント投稿サイトとして著名なarXivに投稿しその後の検討でこの主張は正しいつまりポアンカレ予想は彼によって証明されたと考えられるようになっています。

すごく健全だと思うのですがどうでしょうか。

 

生物学の領域ではいままでこのようなpreprint serverはなかったのですがPeerJのpreprint serverやCold Spring Harbor Laboratoryが運営する”bioRxiv“などが稼働し始めました。

bioRxiv (pronounced “bio-archive”) is a free online archive and distribution service for unpublished preprints in the life sciences.

Articles are not peer-reviewed, edited, or typeset before being posted online. However, all articles undergo a basic screening process for offensive and/or non-scientific content. No endorsement of an article’s methods, assumptions, conclusions, or scientific quality by Cold Spring Harbor Laboratory is implied by its appearance in bioRxiv. An article may be posted prior to, or concurrently with, submission to a journal but should not be posted if it has already been published.

以上の様な条件があります。つまり、preprint serverに託しておいた研究を査読誌に投稿するというようなことも条件付きでは可能の様です。

Many research journals, including all Cold Spring Harbor Laboratory Press titles (Genome Research, Genes & Development, and Learning & Memory), EMBO Journal, Nature journals, Science, eLife, and all PLOS journals allow posting on preprint servers such as bioRxiv prior to publication.

こう書いてありますから早晩ほとんど全ての査読誌はこういった方向性を受け容れることになるのだと思います。

逆に特徴の無い査読誌は消えてしまうと思います。存在意義がなくなりますよね。

今後どうなっていくか関心があります。

 

PeerJのpreprint serverは臨床医学の症例報告も収録してくれます。実はすでにぼくの分も上げてあります。

症例報告なんて別に査読を受けなくともどんどんこういったpreprint serverに投稿して世界中の人に自由に読んでもらえる方がいいと思います。

こんな症例報告を業績にするつもりもないのですが煩雑なやりとりを強いられたり字数制限を考慮したりするのはこりごりです。

 

以前に書いたことがありますがそもそも論文って「意見広告」なんですよ。 (参照)

査読といっても数人多くの場合は二人くらいの研究者が読むだけです。現在の査読システムには問題が多すぎるのです。 (参照:”Are We Refereeing Ourselves to Death? The Peer-Review System at Its Limit“)

 

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昨日の帰宅時に「キレイゴトぬきの農業論」という本を読みました。 脱サラして農園の経営に飛び込んだ久松達央さんが著者です。

調べてみるといくつかの書評がすでに出ているようです。 例えばここではとてもうまくこの本が紹介されています。

これを医療の世界に適応してみてもなかなか面白い示唆が得られると思います。 普通の医療の世界に「天才」とか「神の手」みたいな人は本来必要ありませんというよりこういう人がいるとたぶんとても迷惑する場合もあります。 医療は普通の人間が普通の論理に従って普通に行う事がもっともうまくいくための方策なのだと思っています。

先日医学部の学生くんと研修医くんと25年前の麻酔について話していました。

ぼくが麻酔を始めた頃はpulse oximeterは何でも自由に買ってもらえるK大病院でも一台くらいしか存在せず、人工呼吸が内蔵された麻酔器も数台しかありませんでした。自動血圧計なんて便利なものもありませんでした。

仕方ないので10時間でも手動で人工呼吸をしながら5分おきに手動で血圧を測定するといく局面が何度もありました。なので麻酔中に居眠りなどできません。

もちろん一人で二つの麻酔を掛け持ちするということはこの体制では原理的に不可能だったのです。

今は違います。

 

医療の分野は「キレイごと」抜きで考えるともっと良くなる分野だと思います。

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よい「査読」を行うために

On 2013/8/23 金曜日, in Thus Spoke Dr. Hypoxia, by bodyhacker

他の人がどのように論文を作成しているかには興味があります。

自分の方法論はある程度確立しているとは思っているのですがより効率的な方法があれば「まね」したいといつも思っています。 指南書は書店でも何冊も並んでいますしamazonでもすごい数見つかります。

読んでみると当たり前の事が書いてあることも多いのですがそれでも通読すればいくつか教訓的なことは学ぶことができます。

このような指南書は大きく二系統に分類できます。

一つは,科学論文とはかくあるべきでありその為に論文はこういう風に書いていくのだという事に重点をおくもの。 もう一つは、内容より技術的なことに重点を置いたものです。

前者については研究分野が異なるとほとんどまったく役に立たなくなることがあるのですが後者はどんな分野であっても他人の”hack”を見せてもらったという感じで満足できる場合が多いように思えます。

後者の代表は、梅棹 忠夫 さんの「知的生産の技術」でしょう。 1969年に出版された岩波新書の一冊ですが今日性は十分あります。「知的生産」という言葉がクールです。先日,本を整理していたら出てきたので読み返しました。

諏訪邦夫先生の「医科学者のための知的活動の技法」も後者の代表の一冊です。 いわゆる座右の書-文字通り机の上に30冊くらい積んである本と云う意味です-です。 技術論なのですが不思議と今日性を失いません。

逆にこう書く「べき」系の本は時間が経つと古くさい感じがしてきます。

先日,紀伊國屋で二冊の本を立ち読みしました。

基礎から学ぶ楽しい学会発表・論文執筆」 「査読者が教える 採用される医学論文の書き方

いくつか「論文を仕上げて投稿して」のサイクルを繰り返していけば自分の方法論は確立されていくのだと思いますが初めての人はこういった指南書にあたってだまされたつもりでやってみるのも手だと思います。 でもこういった指南書を自分一人で読んで論文の投稿をおこなわないといけないような環境にいるとすればそれは不幸なことかも知れません。

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紀伊國屋で

ビジュアル図解 科研費のしくみと獲得法がわかる: 応募の方法から、申請書の書き方・仕上げ方まで

科研費獲得の方法とコツ 改訂第3版~実例とポイントでわかる申請書の書き方と応募戦略

を見かけました。

後者はすでに改訂第3版ということで相当売れているようです。

目を通してみましたが始めて科学研究費申請をする人には大変役立つと思います。

申請書も書いて採択されるという過程を繰り返していると勘所が解ってくるという側面はありますがこういった本を参照して時々自分の方法論を批判的に振り返るのは悪い事ではありませんし無駄にはならないと思います。科研費のシステムには大きな問題があると思っていますが,現行の「ゲームのルール」には従う必要がありそのルールの理解にはこういった指南書が有用です。

 

科学研究費は研究機関に3割の間接経費が入ります。そう大きくない大学でも年間総額5億円だとすれば一億5千万円の間接経費が入ることになります。専任の職員を複数雇っても十分おつりが来ることになります。各大学でシニアな研究者が申請の全てに目を通して添削するなど行ったりしているようです。大学のサポートを受けることができやすい環境は整ってきています。

論文執筆でも科学研究費でもそれでは著者がどれくらい論文を発表しているのかとか科学研究費を獲得しているのかというのは重要な情報だと思います。いまはそれを簡単に検索できてしまいます。内容は優れていても…という指南書はいくらでもあります。今回紹介した4冊でも様々ですね。


あるtweetがきっかけで「査読のためのガイド」を読みました。

査読の仕方を学ぶ機会はそう多くありません。自分が投稿して査読者のコメントを読む。そのやりとりを通じて査読コメントの書き方などを学んでいくのだと思いますが大学院を終わって直ぐくらいであれば年間に10回もやりとりするという研究者は多くなくそれ故学ぶ機会も増えません。雑誌によっては最終的に採択された論文についてそれまでのやりとりを公開しているものがあります。参考にはなると思いますがちょっと怖いですね。

さてガイドラインです。 英国生態学会が発行するいくつかの雑誌に投稿されてた論文の査読者に向けて発行したガイドラインです。

最後の方にFAQがいくつか出ていました。

  1. How does an editor make a decision?
  2. Why has the editor disagreed with my evaluation?
  3. Is reviewing a revision different to reviewing the original submission?
  4. Do reviewers need to know whether an article will be published open access?
  5. Can I pass a review request on to one of my students?
  6. Can I review with my supervisor?
  7. Can I ask for advice on a review?
  8. What do I need to know about data archiving?
  9. Do I need to know whether data will be archived?
  10. What do I do with supporting information or supplementary files?
  11. Is reviewing for an open access journal different to reviewing for a subscription journal?
  12. Should I apply different standards when reviewing for different journals?
  13. How much time should I spend on a review?
  14. Do I need to correct the language in an article?
  15. How different should the confidential comments to the editor be from the comments that the authors will see?
  16. What should I do if I have already reviewed the same article for a different journal?

5番、12番、13番の質問に興味を引かれました。

いろんな考えがありますが自分が承けた査読は自分でやるとぼくは決めています。大学院生などに外注したりはしたことはありません。自分達の論文が院生などに査読されていたとしたらそれは悪夢だと思います。分量は多い月で4篇,少なければ1篇くらいでしょうか。今まで何とかしてきました。

雑誌にはやっぱり「格」があると思います。それを考慮せずガチのコメントを書いてみても意味は無いと思っていますが公式にはこういう査読には問題はあるのでしょうか。

査読にどれくらいの時間をかけるかというのは結構重要な問題です。そもそも一篇の論文の査読をするのに文献検索をして基本論文を読み込んで一から勉強をしないといけないとすればそれは自分がその分野の「専門家」では無いということを意味するのだと思います。査読を断った方が良いかもしれません。

赤ペンを持ってまず一回読んで問題点などを書き出して二回目を読んでコメントをまとめていくとどんなに短い論文でも-case reportなどは除く- ぼくの場合はやっぱり3時間くらい掛かってしまいます。その他に英語でコメントを書かないといけないという問題もあります。英語が余りにへたくそだと日本人が書いたコメントだと丸わかりになるのがいやで校正に結構時間を使ってしまします。 もう亡くなった師匠は査読コメントを英文校正してもらっていたそうです。


水曜日に中之島で開かれた 大阪大学社会経済研究所 第10回行動経済学研究センターシンポジウム 『医療現場と行動経済学』(参照)

小説家の久坂部 羊 さんが話しているのを直接聞くことができて満足です。

内容は,カーネマンの「ファスト&スロー: あなたの意思はどのように決まるか?」をネタ本としたものでしたがそれに「おもしろく」話すという観点が加わっていたと思います。

平日の夕方にも関わらずホールは聴衆でいっぱいでした。平均年齢は高く要するに暇な人が集まっていたのだと思います。かくいうぼくも暇だったので参加できたわけです。皆さんよい聴衆で医者の集まりでは確実に滑るだろうなと云うネタにも大きな反応が何度もありました。

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Nature Medicineに

Vessel architectural imaging identifies cancer patient responders to anti-angiogenic therapy“と題する論文が出てました。

これは面白いです。

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こんなtweetがありました。(参照

他学部の博士号がどのようなものかよくわかっていないのですがtweetには一面の真理があると思います。

初期臨床研修が終わった時点で医学博士号を出したらいいのではないかと思っています。法科大学院を終えると「法務博士(専門職)」の称号を与えられるのだそうです。医学も「医療博士(専門職)」を出してこの時点でMDと名乗ってもよいし名刺には「医博」と書いてもよいようにするのです。博士号のために無理矢理大学院に入ったりする必要がなくなるし、グレイな論文博士を産み出すこともなくなります。 昔の医者は博士号を持っている人が多いと思いますが最近は持っていない人もたくさんいます。新しく医者になるひとが全員「医博」になると持っていない人が損をするような気になるかも知れませんが仕方ありません。

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紙の本の"1Q84”

On 2011/11/9 水曜日, in book, hypoxia reseacrh, Kindle, by bodyhacker

ある論文の査読に4時間も費やしてしまいました。ちょっとおろそかにできない感じがしたので気合いを入れました。
眼が痛いです。

HIFネタです。ホント最近すごいですよね。特に”Cell”系の雑誌でのHIFのモテ方は異常なくらいです。
ぼくが研究を始めた頃は年間の論文の数は20−30篇くらいで全然流行っていなかったのですよ。それが今や一日3篇から4篇は出版されるのですから…

Hypoxia-inducible factor 1-mediated human GATA1 induction promotes erythroid differentiation under hypoxic conditions.

J Cell Mol Med. 2011 Nov 3. doi: 10.1111/j.1582-4934.2011.01484.x.

これって結構重要な感じがします。だってGATA1とHIF-1ですよ。

Activation of the HIF Prolyl Hydroxylase by the Iron Chaperones PCBP1 and PCBP2

Cell Metabolism, Volume 14, Issue 5, 647-657,

これには驚きました。執念とも言えるかもしれません。

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amazon.comに注文してた“1Q84”が今日到着しました。送料込みで$21.52です。
Kindle版で読んだのですがやっぱり本がほしかったんです。

装丁がいいです。

1Q84

よくある表紙の写真ですがカバーを外すと

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こうなります。

後ろの表紙は
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こうですがカバーを外すと

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です。

青豆と天吾。

背表紙は
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こうです。
表紙をめくると

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月が二つの1Q84です。

ちなみに,使われているFONTは今回は”Minion”です。ぼくのMacには入っていました。


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