Lacker賞関連の紹介論文

On 2016/9/21 水曜日, in hypoxia reseacrh, by bodyhacker

iMacの話

いったん完全復活と思っていたiMacが二週間後再度初めの症状がすごい頻度で出るようになりました。

またもやAppleに回収してもらい今度は、ロジックボードの交換とチェックで問題が発見されたメモリー交換をしてもらい戻って来ました。 原因はメモリーだったとぼくは決めつけているのですが、また二週間ほどすると再度症状がでるのではという恐怖に苛まれつつ現在問題なく作動しています。

この間iMac無しで何とかなっていたのですがやっぱりあの画面で作業すると落ち着くというか本来こうあるべき感がわいてきて捗りますね。

と書いたところで再度奈落へ突き落とされました。顛末は後ほど。


Lacker賞関連の紹介論文

Lacker賞関連の論文をいくつか紹介します。 いわゆる超一流誌に発表された論文で全てfreeで読むことができます

NEJM

The Hypoxia Response Pathways — Hats Off!

M. Celeste Simon, Ph.D.

 

JAMA

Pathways for Oxygen Regulation and Homeostasis

William G. Kaelin Jr; Peter J. Ratcliffe; Gregg L. Semenza

3人の共著!?論文です。

 

JCIには

William Kaelin, Peter Ratcliffe, and Gregg Semenza receive the 2016 Albert Lasker Basic Medical Research Award

Jillian H. Hurst

 

Cellは豪華版です。

Into Thin Air: How We Sense and Respond to Hypoxia.

Thompson CB.

に加えて

Karen氏とRatcllife氏の対談的インタビュー

Semenza氏のessay

 

今回の,受賞理由は1990年代の研究に基づきます。

HIF-1研究の初期から酸素分圧の低下に依存しないHIF-1の活性化の研究が続いていてこのラインの研究ががん研究とマージしたことがHIF-1の学問がblakeした理由だと理解しています。

PHDのcloningの論文が発表されたときもGreggはアレが本当の低酸素のセンサー分子であるかどうかは解らないという感想を述べていました。

PHD(PHD2)の発現はHIF-1により亢進することが知られていてそのような性質の分子を「センサー」とゥ呼ぶのが適切か解らないという意見です。まあ格好はいいわけですが。

それを割り引いてもHIF-1活性化のbona fide hypoxia senserの実体はいまだ藪の中だとぼくは考えています。

 

またぼくはこの論文この論文をすごく評価しています。

 


を読みました。 15曲は

  • 名もなき詩
  • 私以外は私じゃないの
  • 君の名は希望
  • Story
  • 会いたくて会いたくて
  • 誰かの願いが叶う頃
  • 天体観測
  • キラキラ
  • 閃光少女
  • おしゃかしゃま
  • Dearest
  • A new one for all, All for the new one
  • Believe
  • RPG
  • YELL

です。

 

ぼくはAmazon Prime会員なのですがプライム・ビデオ サービスがついています。

最近旧いテレビドラマ「鈴木先生」にはまっています。

終わりに流れる曲は馬場俊英さんがカバーした「僕が僕であるために」。

尾崎豊の曲をまとめて聴くともう哲学する必要もないくらいストレートでしかも美しい。

 

ところで今日

ホント腹が立ちます。

研究にも無数の段階がありますよね。

 

僕が僕であるために勝ち続けなきゃならない

正しいものは何なのか

それがこの胸に解るまで

ぼくは街にのまれて

心許しながら

この冷たい街の風に歌い続けている

 

明日も頑張ろうっと

 


iPhone7

 

などとつぶやいていたのですがiPhone7にしました。

替えてみると

速い

広い(画面が)

きれい(写真が)

余裕がある(256GB)

 

で大満足状態です。

ちなみにつや消しの黒です。


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朝からどんどん仕事を片付けお昼くらいには次の論文のfinalizeにかかろうと思っていたのですがMacがおかしくなりました。

 

というわけで、恒例となっているMacの故障ネタです。

 

先々週、作業をしていると突然音もなく画面が真っ黒になりました。iMacにつながっているUSB端末への電気の供給も途絶えているようです。 しばらく様子をみても何も起こらないことを確認して電源を再投入しても何も起こりません。電気系統がやられたのだと思いました。 とにかく完全に電気供給を一回絶とうと思いコンセントを抜きしばらくして再接続してiMac後ろのスイッチを押すと何に事も無かったかのように再起動できました。 その後一週間ほぼ何の問題もなく使うことができていました。

先週の水曜日に、同じ症状が発生。 さすがにこれはおかしいとググるとありました

 

水曜日には症状が二時間もすると再現するようになってしまいした。 今日も起動を始めて4時間後に真っ黒になりました。

ネットの情報の通りです。

 

枚方駅前のT-SiteにApple authorized dealerの「カメラのキタムラ」がある事に気づき電話してみましたが持ち込まれても困ります的な塩対応。

仕方ないのでAppleに電話しました。ぼくとしては回収の日取りなど決めてもらえばよかったのですが彼曰く、最後の手段としてOSのクリーンインストールをお薦めします的なマニュアルをそのまま読んだだろう的な「アドバイス」をもらいました。 修理には5万円超かかると言うことを言われたので、それもそうだなとおもったのが運の尽きでした。

command+Rで立ち上げてdishの初期化を行う過程でfusion driveの統合が壊れてしまいました。”Core Storage論理ボリュームが削除できない”のです。

これはいつか来た道じゃないかと思って自力ででいろいろやってみようと思ったのですが再度Appleに電話して前回と同様テクニカルのお姉さんにつないでもらいました。

親切に導いてくれるのですが結局今回は問題の解決に失敗。 向こうが匙を投げました。

「ご提案なのですがiMacをこちら(Appleのこと)で預からせて頂きdiskの不具合をfixさせていただけませんか」と言われました。同意して結局disk問題を解決の後電源の不具合の有無を検討してもらうということになりました。

小一時間時間を使いすごく疲弊しました。

 

この母艦のiMacがないと論文のfigureを作る作業を中心に効率が下がってしまいます。もう3年と5ヶ月雨の日も風の日も使い続けたのですから壊れても仕方ないだろうと思ってしまいいっそ新しいiMacを買ってしまおうかなどとも思ったのですがふみとどまりました。 revision二つの作業が終わっていたのが不幸中の幸いです。

 

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たぶんこの影響で土曜日の朝、妙な夢をみました。夢なので脈絡はまったくありません。

 

ある学会に参加していて山の尾根を散歩していると霧が急に出てきました。

にもかかわらず歩き続けると崖から転げ落ちました。落ちた先は煉獄でした。それも研究者が落ちる煉獄で実際たくさんの研究者がひしめいていました。

ここからどうやって抜け出すのかが真剣に議論されていたのですがある噂を耳にしてあることを思い出しました。Endnoteの設定をmacで直すと娑婆に戻れるのです。ぼくは過去にも煉獄から娑婆に戻ったことがあったことを想いだしたのです。つまりぼくはやり方を知っている。

「これは!!」と思ったのですが肝心のMacがありません。前回はMacを持ったままだったようなのですが今回はMacは持っていなかったのです。

煉獄でもMacが売っていることが解ったのですが値段が500万円 !!。 無理 !!、というところで目が覚めました。

 

iMacの不調故みた夢だと思っています。


 

先日、紀伊国屋で なぜあなたの研究は進まないのか?」という本を見つけました。

佐藤雅昭先生の著作です。佐藤先生を存じ上げていたのですこし読んでみました。どんなこと書いてあるのだろうという興味で。

内容はタイトルとは異なり佐藤さんの研究に対する姿勢を綴った文章です。(出版社のページ) 

ぼくなどここで展開されている論考からすすともしかしたら対極にある研究者かもしれません。

例えば、

Q40 人一倍勉強しているか?”で某K大のD先生が年に「数百篇」の論文を読むと書かれています。

論文を「読む」とはどういう意味かと言うこともあるけど「数百篇」も読むから碌な研究ができないのでは、などと思ってしまいました。

済みません。 (ぼくが「読んだ」と見なす論文はここで書いてあるような基準を満たす論文です。)

 

ぼくとは随分異なった考え方だと思いましたが、刺激を受けてやる気を出す人もいるかもしれません。 研究がどんどん進んで行くマニュアルのようなものはないのだから、読んで何かヒントを得る事ができればそれで十分おつりがくるだろうとは思っています。

 

 

研究の進捗はぼくの場合、院生の実験時間と相関しています。それだけともいえます。なぜ「進まないか」というより「進むか」を考えているだけです。

 

調べてみると 「なぜあなたは論文が書けないのか?」 という著作も同時に出ているようです。紀伊国屋では置いてなかったので立ち読みできませんでした。

ぼくの場合論文が書けない理由は単純です。英語が下手だからです。

 

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Apple Musicで「世界には愛しかない」が配信されていました。 アイドルグループの新譜です。

聴いたらすごくよくできていてびっくりしました。さっそく前作も聴きました。こっちもよいのでは。

山手線」「渋谷川」名曲だですね。

 

これらを聴いて、大人に操られているのだと思うのか内容をそのままうけいるのは受け取る側の問題かも知れません。

勢いで「徳山大五郎を誰が殺したか?」も見てしまいました。

 

たぶんぼくもこんなこと考えて研究してますよ。


オリンピックです。

昨日ニュースを見ていたら、卓球の三人娘 (娘というには愛ちゃんは歳をとっているのかも知れませんが) がインタビューを受けていました。15歳が、「先輩2人を手ぶらで帰らせるわけにいかない」ので団体戦は頑張るみたいなことを発言して、先輩二人にあきれられて、「てへっ」で感じになっていました。

普通これはメダルを獲った後に言うことだと思うのですが、でも頑張って欲しいです。

彼女らのチームランクは世界2位だそうですから順当に行けば「手ぶら」ということにならないはずだとおもいますけど。

今日準決勝でドイツに負けたそうです。でもぼくはいいと思います。

今日準決勝でドイツに負けたそうです。でもぼくはいいと思います。

 

【追記】 

 15歳、最後は自分で決めて先輩二人に銅メダルをもたらしたようです。大したものです。

 

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Patient H.M.: A Story of Memory, Madness, and Family Secrets 読み始めました。

有名な症例H.M.にまつわる物語です。


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恒例ですので今年も「ハイポキシア生物学の2015年を振り返って」をやります。


~メトリクス~

pubmedで”HIF[TIAB] and 2015[DP]” (2015 12/28)と検索窓にと検索窓に入力すると1712篇の論文があると返ってきます。HIF[TIAB] and 2014[DP]では1705篇です。

“hypoxia[TIAB] and 2014[DP]” では6081篇だったのが”hypoxia[TIAB] and 2015[DP] “(2015 12/28)では6207篇です。毎年これだけの論文が安定的に出ているという事に驚きます。

ちなみにコントロールの”iPS[TIAB] and 2014[DP]”では728篇で”iPS[TIAB] and 2015[DP]” (2015 12/28)では724篇でした。

 


~注目論文~

論文のチェックを毎週行っています。 まずタイトルを読んでこれはと思うとアブストラクトまで読みます。そこから図までチェックする論文は毎週20篇くらいはあると思います。 そこから論文を印刷して赤ペンでチェックしながら全部読んで引用文献もチェックした論文にはPapersで★を五つの満点をつけます。

数が多くなってはシグナルとしての効果が薄くなるのであまりたくさんの論文には★★★★★をつけません。

以下★★★★★の論文の一部を列挙してみます。

 

#1 Hypoxia Signaling Cascade for Erythropoietin Production in Hepatocytes. MCB 鈴木さんの研究室からの論文。

#2 Glutathione and thioredoxin antioxidant pathways synergize to drive cancer initiation and progression. Cancer Cell 一種のリバイバルですね

#3 Insulator dysfunction and oncogene activation in IDH mutant gliomas Nature


ミトコンドリア関連

#4 Supporting Aspartate Biosynthesis Is an Essential Function of Respiration in Proliferating Cells Cell

#5 An Essential Role of the Mitochondrial Electron Transport Chain in Cell Proliferation Is to Enable Aspartate Synthesis. Cell

#6 Metabolic rescue in pluripotent cells from patients with mtDNA disease. Nature

#7 Mitochondrial reticulum for cellular energy distribution in muscle. Nature

#3 “にはちょっと驚きました。

“#4″ ,”#5″ は最近のぼくの研究の興味もあって興味をもって精読しました。

 

#8 A lactate-induced response to hypoxia. Cell 

#9 Ferritin-Mediated Iron Sequestration Stabilizes Hypoxia-Inducible Factor-1α upon LPS Activation in the Presence of Ample Oxygen. Cell Reports 

ちょっとホントかねとも思いましたがおもしろいことにはおもしろい。

 

最後に

#10 Hypoxia fate mapping identifies cycling cardiomyocytes in the adult heart. Nature

#11 Integrated molecular analysis of adult T cell leukemia/lymphoma. Nature Genetics

以下の二つとくに#11 “には脱帽です。


今年一年ぼくたちのjournal clubで読んだ論文をまとめて見ました。

http://togetter.com/li/912111

 

もう死んでしまった師匠は研究はウシの涎の様なものだ、つまりキリがないのだと常々話していました。

ぼくは低酸素研究の以前にはthioredoxinという小さいー分子量が小さいという意味ですー蛋白質の研究をしていました。今まで細々としか続けてこなかったthioredoxin研究をぼくのメインテーマに据えて行こうと思っています。

 

2016年もしばらくはこのブログは続けるつもりです。

 

最後に

<blockquote class=”twitter-tweet” lang=”ja”><p lang=”ja” dir=”ltr”>なんだかんだいって、学位論文を出すことが大学院生に課せられているものです。これは何を意味するかというと、「オリジナル」を生み出せ、ということです。自分の専門分野については、指導教授よりも詳しくなれということ。大学院の様相はもの凄い勢いで変転していますが、この根幹は変わりません。</p>&mdash; 丸島和洋 (@kazumaru_cf) <a href=”https://twitter.com/kazumaru_cf/status/682257610892955649″>2015, 12 30</a></blockquote>

<script async src=”//platform.twitter.com/widgets.js” charset=”utf-8″></script>

だってさ。


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