カニの仕草 ” “

On 2016/9/1 木曜日, in hypoxia reseacrh, by bodyhacker

iMac

iMacが無事稼働しはじめました。二週間ぶりですね。

一連の騒動で HDDと電源ユニットの交換となりました。(参照1, 参照2)

一ヶ月ほど前のトラブルがまったくなかった時期にとったTime Machine backup file (10.11.5)から「復元」しすぐさま、10.11.6にupgaredeしたのちいくつかのfileを個別に二週間ほど前の最新のものに「復元」してほぼ元通りとなりました。

その間作成したfileなどはdropbox経由で同期しました。

今回の教訓

  • Fusion Driveは一度コケると厄介
  • システム自体がトラブルの原因である可能性があるのでトラブルを含むback upを「復元」する場合は要注意
  • Time Machineでとったback upを「復元」したり「移行アシスタント」を使って移行する場合、Thunderboltで接続されたHDDから行わないとバカみたいに時間がかかる
  • Time Capsule以外にもThunderboltで接続されたHDDにもback upをとっておきべきである
  • Proxy Serverを経由するネット接続ではOS X インターネット復元ができない
  • USBインストールディスクは、それを作ったMacに専用となる
  • Appleの テクニシャンは圧倒的に女性が多い

またAppleは基本的にぼくの見方であるという信念も強くしました。3年半前に買ったiMacなのですが1円も払っていません。

 

 

やっぱり27 inchモニターだと捗ります

 

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9月

8月中はまだ8月だという感じでしたが9月になってみるとしないといけないことだらけでいくら時間があっても足りない感じでヒイヒイいいながら作業しています。

もう今月は査読は全部断ろうと思います。

 

科研費の季節がやって来ました。 公募要領をみていたら

科学研究費助成事業は、研究者個人の独創的・先駆的な研究に対する助成 を行うことを目的とした競争的資金制度ですので、研究計画調書の内容は応 募する研究者独自のものでなければなりません。 研究計画調書の作成に当たっては、他人の研究内容の剽窃、盗用は行って はならないことであり、応募する研究者におかれては、研究者倫理を遵守す ることが求められます

と冒頭に太字で書いてあってのけぞりました。 計画調書の全文データベース作ってチェックしたら一発で解るのになと思います。

 

挑戦的研究では、「応募者の研究遂行能力」という項目がありました。しかしこれってあたり前だろうとは思いますが何かハードル上げられた感はあります。

 挑戦的(開拓)では丸々1ページで

応募者の研究遂行能力 本欄には応募者の研究遂行能力を示すため、これまでの研究活動とその成果の具体的な内容について記述してください。本欄は応募者の挑戦的研究遂行能力を多様な視点から確認するためのものであるため、必要に応じて今回の研究構想に直接関係しないものを含めても構いません。

を記載しないといけません。

 

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House. MD

もう随分前からAmazon Primeの会員だったのですがPrime Videoのサービスを使うことがありませんでした。 日曜日にふっと思いついて調べてみたら結構ありますね。 House M.D.がまるまるリスト入っていてはまってしまいました。

Season 3までは見終わっていたのでSeason 4から始めています。

最後に追加した項目-410

 


カニの仕草

カニの仕草で引用を表現する人

これぼくの留学先のGLS さんがよくやっていて面白がってまねしていたら癖になった経験があります。

 

東大 医学論文、不正疑惑 4研究室対象、本部が予備調査

という記事があってまだこんなことやっている人がいるのかと思ったら俎上に上がっているのは結構以前の論文のもふくまれているようですね。

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よい「査読」を行うために

On 2013/8/23 金曜日, in Thus Spoke Dr. Hypoxia, by bodyhacker

他の人がどのように論文を作成しているかには興味があります。

自分の方法論はある程度確立しているとは思っているのですがより効率的な方法があれば「まね」したいといつも思っています。 指南書は書店でも何冊も並んでいますしamazonでもすごい数見つかります。

読んでみると当たり前の事が書いてあることも多いのですがそれでも通読すればいくつか教訓的なことは学ぶことができます。

このような指南書は大きく二系統に分類できます。

一つは,科学論文とはかくあるべきでありその為に論文はこういう風に書いていくのだという事に重点をおくもの。 もう一つは、内容より技術的なことに重点を置いたものです。

前者については研究分野が異なるとほとんどまったく役に立たなくなることがあるのですが後者はどんな分野であっても他人の”hack”を見せてもらったという感じで満足できる場合が多いように思えます。

後者の代表は、梅棹 忠夫 さんの「知的生産の技術」でしょう。 1969年に出版された岩波新書の一冊ですが今日性は十分あります。「知的生産」という言葉がクールです。先日,本を整理していたら出てきたので読み返しました。

諏訪邦夫先生の「医科学者のための知的活動の技法」も後者の代表の一冊です。 いわゆる座右の書-文字通り机の上に30冊くらい積んである本と云う意味です-です。 技術論なのですが不思議と今日性を失いません。

逆にこう書く「べき」系の本は時間が経つと古くさい感じがしてきます。

先日,紀伊國屋で二冊の本を立ち読みしました。

基礎から学ぶ楽しい学会発表・論文執筆」 「査読者が教える 採用される医学論文の書き方

いくつか「論文を仕上げて投稿して」のサイクルを繰り返していけば自分の方法論は確立されていくのだと思いますが初めての人はこういった指南書にあたってだまされたつもりでやってみるのも手だと思います。 でもこういった指南書を自分一人で読んで論文の投稿をおこなわないといけないような環境にいるとすればそれは不幸なことかも知れません。

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紀伊國屋で

ビジュアル図解 科研費のしくみと獲得法がわかる: 応募の方法から、申請書の書き方・仕上げ方まで

科研費獲得の方法とコツ 改訂第3版~実例とポイントでわかる申請書の書き方と応募戦略

を見かけました。

後者はすでに改訂第3版ということで相当売れているようです。

目を通してみましたが始めて科学研究費申請をする人には大変役立つと思います。

申請書も書いて採択されるという過程を繰り返していると勘所が解ってくるという側面はありますがこういった本を参照して時々自分の方法論を批判的に振り返るのは悪い事ではありませんし無駄にはならないと思います。科研費のシステムには大きな問題があると思っていますが,現行の「ゲームのルール」には従う必要がありそのルールの理解にはこういった指南書が有用です。

 

科学研究費は研究機関に3割の間接経費が入ります。そう大きくない大学でも年間総額5億円だとすれば一億5千万円の間接経費が入ることになります。専任の職員を複数雇っても十分おつりが来ることになります。各大学でシニアな研究者が申請の全てに目を通して添削するなど行ったりしているようです。大学のサポートを受けることができやすい環境は整ってきています。

論文執筆でも科学研究費でもそれでは著者がどれくらい論文を発表しているのかとか科学研究費を獲得しているのかというのは重要な情報だと思います。いまはそれを簡単に検索できてしまいます。内容は優れていても…という指南書はいくらでもあります。今回紹介した4冊でも様々ですね。


あるtweetがきっかけで「査読のためのガイド」を読みました。

査読の仕方を学ぶ機会はそう多くありません。自分が投稿して査読者のコメントを読む。そのやりとりを通じて査読コメントの書き方などを学んでいくのだと思いますが大学院を終わって直ぐくらいであれば年間に10回もやりとりするという研究者は多くなくそれ故学ぶ機会も増えません。雑誌によっては最終的に採択された論文についてそれまでのやりとりを公開しているものがあります。参考にはなると思いますがちょっと怖いですね。

さてガイドラインです。 英国生態学会が発行するいくつかの雑誌に投稿されてた論文の査読者に向けて発行したガイドラインです。

最後の方にFAQがいくつか出ていました。

  1. How does an editor make a decision?
  2. Why has the editor disagreed with my evaluation?
  3. Is reviewing a revision different to reviewing the original submission?
  4. Do reviewers need to know whether an article will be published open access?
  5. Can I pass a review request on to one of my students?
  6. Can I review with my supervisor?
  7. Can I ask for advice on a review?
  8. What do I need to know about data archiving?
  9. Do I need to know whether data will be archived?
  10. What do I do with supporting information or supplementary files?
  11. Is reviewing for an open access journal different to reviewing for a subscription journal?
  12. Should I apply different standards when reviewing for different journals?
  13. How much time should I spend on a review?
  14. Do I need to correct the language in an article?
  15. How different should the confidential comments to the editor be from the comments that the authors will see?
  16. What should I do if I have already reviewed the same article for a different journal?

5番、12番、13番の質問に興味を引かれました。

いろんな考えがありますが自分が承けた査読は自分でやるとぼくは決めています。大学院生などに外注したりはしたことはありません。自分達の論文が院生などに査読されていたとしたらそれは悪夢だと思います。分量は多い月で4篇,少なければ1篇くらいでしょうか。今まで何とかしてきました。

雑誌にはやっぱり「格」があると思います。それを考慮せずガチのコメントを書いてみても意味は無いと思っていますが公式にはこういう査読には問題はあるのでしょうか。

査読にどれくらいの時間をかけるかというのは結構重要な問題です。そもそも一篇の論文の査読をするのに文献検索をして基本論文を読み込んで一から勉強をしないといけないとすればそれは自分がその分野の「専門家」では無いということを意味するのだと思います。査読を断った方が良いかもしれません。

赤ペンを持ってまず一回読んで問題点などを書き出して二回目を読んでコメントをまとめていくとどんなに短い論文でも-case reportなどは除く- ぼくの場合はやっぱり3時間くらい掛かってしまいます。その他に英語でコメントを書かないといけないという問題もあります。英語が余りにへたくそだと日本人が書いたコメントだと丸わかりになるのがいやで校正に結構時間を使ってしまします。 もう亡くなった師匠は査読コメントを英文校正してもらっていたそうです。


水曜日に中之島で開かれた 大阪大学社会経済研究所 第10回行動経済学研究センターシンポジウム 『医療現場と行動経済学』(参照)

小説家の久坂部 羊 さんが話しているのを直接聞くことができて満足です。

内容は,カーネマンの「ファスト&スロー: あなたの意思はどのように決まるか?」をネタ本としたものでしたがそれに「おもしろく」話すという観点が加わっていたと思います。

平日の夕方にも関わらずホールは聴衆でいっぱいでした。平均年齢は高く要するに暇な人が集まっていたのだと思います。かくいうぼくも暇だったので参加できたわけです。皆さんよい聴衆で医者の集まりでは確実に滑るだろうなと云うネタにも大きな反応が何度もありました。

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Nature Medicineに

Vessel architectural imaging identifies cancer patient responders to anti-angiogenic therapy“と題する論文が出てました。

これは面白いです。

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こんなtweetがありました。(参照

他学部の博士号がどのようなものかよくわかっていないのですがtweetには一面の真理があると思います。

初期臨床研修が終わった時点で医学博士号を出したらいいのではないかと思っています。法科大学院を終えると「法務博士(専門職)」の称号を与えられるのだそうです。医学も「医療博士(専門職)」を出してこの時点でMDと名乗ってもよいし名刺には「医博」と書いてもよいようにするのです。博士号のために無理矢理大学院に入ったりする必要がなくなるし、グレイな論文博士を産み出すこともなくなります。 昔の医者は博士号を持っている人が多いと思いますが最近は持っていない人もたくさんいます。新しく医者になるひとが全員「医博」になると持っていない人が損をするような気になるかも知れませんが仕方ありません。

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e-radの不具合にもめげず今年も科研費の申請が終わりました。

3年周期である程度大きなものが巡ってきてそこに二年ごとの申請が被っていくという感じで最近はやってきています。

枠を埋めるというかいかに削って枠に入れるかという作業です。あの分量でいろんな事を書けというのは土台無理です。

いっそあの10倍の分量にしたら思いつきで書いてみましたというような申請はなくなり申請の数も減り審査もトコトンできるのでは無いかと思います。

日頃自分の実験計画を枠組みごと考える機会が少ないのでぼくはこの科研費の作業は嫌いではありません。何をテーマにするのかは常々考えてあるのでいくつかの要素を組み立ててすこし大きな話を展開するだけです。実験の詳細はいくらでも詳しく書くことができます。これでもかと言うくらいに詳しく書き出してその後に削除していくだけです。「だけ」といってもここが苦しい局面です。

考慮すべき問題点は審査をするのは分子生物学者でもないし細胞生物学者でもなく麻酔科学者だということです。この厳粛な事実を無視するととんでもない目にあいます。

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iPS森口事件も先週の週刊文春,週刊新潮の記事以来すっかり報道が途絶えています。(しかし週刊新潮のあの写真ちょっとびっくりしましたね。ぼくの部屋より汚いですよ。どこで寝ているんでしょうか実際には。)

森口氏報道の時間的な経緯があるブログエントリー(「報道と森口氏」)によくまとめられていました。

実はぼくは以前の新聞報道で森口氏を彼の名前とiPS細胞という組み合わせのキーワードで知っていたのです。話のすごさの割りには論文が出ていないなと思っていたのですが,この世界は特許の問題などもあり論文は二の次なのかなと呑気に考えていました。なので今回の心臓への移植という報道はもしかしたらと思いました。しかし,同時にまさかこれはないだろうとも考えました。

このようにぼくもだまされかけたのですが理由は解っています。ぼくはiPS細胞とかその臨床応用に興味を本質的に持っていないのです。もし自分の研究分野であったりすればそうそう簡単にはだまされませんし論文も読まずに新聞に発表される「大本営発表」を鵜呑みにすることはありません。

結局はそういうことなのかもしれません。その意味では新聞記者も「科学者」も大した違いはありません。

被害者はES細胞やiPS細胞を用いた治療に望みをかけている患者さんです。報道で一喜一憂するしウソならウソで落胆するし森口氏が一例は行ったと主張する移植が本当ならこれはこれで大問題です。

その意味ではリアルな臨床医学のウソは大事になります。

例えば,非心臓手術の周術期におけるβ遮断薬の使用についてです。

1999年のNew England Journal of Medicine誌で発表された非心臓手術の周術期におけるβ遮断薬の使用の有用性についての論文(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10588963)のlead authorであるDon Poldermansが研究上のmisconductにより勤務先のErasmus Medical Centeを解雇されていたのは知られていましたが最近この件についての最終報告書が所属研究機関から出たようです。(Erasmus Medical Center Releases Final Report On Cardiovascular Research Scandal)

The press statement mentions”serious shortcomings” in obtaining informed consent for patients enrolled in studies and the submissions of “unreliable data” based on “scientifically inaccurate data collection.”

という事で主に形式的な事項での問題点が強調されています。

His defense is that some records were damaged by water and some records disappeared when the hospital itself threw out boxes of documents stored in the archives.

と本人は主張しているようでこれでは研究の内容に踏み込んだ判断ができません。

非心臓手術の周術期におけるβ遮断薬の使用の有用性について報告した別の論文(N Engl J Med 335:1713-1720, 1996)の論文はPoldermans氏らの研究ではありませんが,例えばLancetには2008年にはすでに周術期のβ遮断薬の使用に対して疑義を投げかけるmeta-analysis studyが発表されていますし麻酔科学領域の専門誌でも繰り返しこの問題が取り上げられβ遮断薬の種類,患者背景,手術の種類によっては有効であるとかないとかの歯切れの悪い議論が続いています。 いったい何が本当なのでしょうか?

Poldermans氏らのNEJMの論文は1000回ほどの引用回数のこの分野での基本文献です。

麻酔科の臨床でも術後疼痛やPONVなどは日頃の臨床をしっかりと行っていれば他人がどう言っても自分の臨床を信じていればよいのかも知れませんが比較的に長期の生存率とか心血管イベントの発症率などを念頭に置くと大規模な臨床研究の結果を信用するしか方法がありません。

このようなスキャンダルは即明日からの臨床における大問題となります。

それにしても医学上のevidenceはいとも簡単に覆っていきます。

集中治療領域でも血糖管理に関する言説も先生方もご承知の通りの変遷を経ています。 
N Engl J Med. 2001 Nov 8;345(19):1359-67が発表されてたとき日本でもこの論文や基礎医学的な研究結果を論拠にいろんな学会で厳密な血糖管理の有用性が説かれたことを記憶しています。この時にこの論文の「宣伝」をしていた先生方に現在の見解を聞いてみたいと思います。

研究が対象とした患者群の特徴を理解して解釈して自分の臨床に生かさないといけないというのはその通りと思いますがこのようなある意味単純なものでも数年ごとに方向性が変わっていくという現実には閉口します。

iPS細胞を巡る森口氏の言動が問題にされていますが彼の小さなウソなどこの際どうでもよいような問題で臨床の現場で患者を「だし」にして行われる「研究」にこそメスがしっかりと入れられるべきだと思います。

森口氏は東京大学を懲戒免職とされたそうです。また文部科学省もこの問題についての調査をすると表明したという事です。 東大も文部科学省ももっと重大な問題の解明に力を割いた方がよいと思います。

ここまで書いたところで雑誌Scienceの記者による森口氏への2時間にわたるインタビューを元にした記事を読みました。「Discredited Japanese Stem Cell Researcher Sticks to His Claim

日本で行われている報道って実は間違っているんじゃないかという気もしてきました。日本のマスコミってきちんと彼とこの件について話していないんじゃないでしょうか。

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いよいよiMacの新機種が発表されました。12月になったらてんこ盛りの27inch iMac買います。たぶん飛ぶように速いんだろうな。

と書いていたのですがKindleです。

こっちの方が重要ですよね,当然。

amazon.comとamazon.co.jpのアカウントが統合されるのか否かが目下の問題です。


昨日ぼくが麻酔科の医者をやめるんじゃないかというような妙な誤解をしている先生からmailをいただきました。「その方がよいと思っていた」って…

ハッキリ書いておきますがぼくは麻酔科の医者をやめません。ノーベル賞とったら別ですけど。

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