ずいぶんと間が空きました。

何か春だなと思っていたら昨日から寒くなりました。

1月は中旬までは余裕だったのですがは首が廻らないくらいにやるべき事がたまってきています。

論文のrevisionが二つと新しい論文となんかなんかで…

 


Solid State Survivor YMO 

今週、YMOを集中的に聴いていました。

時間があったので家で正月に放送されていた 名盤ドキュメント「YMO“ソリッド・ステイト・サヴァイヴァー”」細野晴臣「イエローマジックショー2」の録画も観ました。

 名盤ドキュメント「YMO“ソリッド・ステイト・サヴァイヴァー”」

録音に関わったスタッフや、YMOの音楽に衝撃を受けた人びとが魅力を語り尽くす

という内容です。2/17に再放送があるようです。

Solid State Survivorがリリースされた時ぼくは高校生でリアルタイムでYMOを経験したのです。

 

研究もこんな感じのprojectに参加できるとしたら研究者冥利につきますね。

とはいえ文化的雪かきもしていかないと。

やっぱり論文にもいいものもある、悪いものもありますよ。

だから論文出しましょう。


論文出ました

先月の話なのですが

ということでアクセプトされた論文が普通の形で読めるようになっています。

細菌の16S rRNA遺伝子解析を応用し、Oxford Nanopore Technologies社の新規シークエンサーMinIONを用いて迅速細菌同定システムを構築し、検体採取から細菌同定までを2時間で完了することが可能となりました、ということを示した論文です。

初期投資も20万円ほどであっけなくほど簡単にシステムが構築できました。

東海大学の先生方のご協力の賜です。

現在は時間の短縮や臨床検体を用いて検討を行っていて1.5時間までは短縮できることが解りました。


「 FACTFULNESS(ファクトフルネス)」

ファクトフルネスとは――データや事実にもとづき、世界を読み解く習慣。賢い人ほどとらわれる10の思い込みから解放されれば、癒され、世界を正しく見るスキルが身につく。 世界を正しく見る、誰もが身につけておくべき習慣でありスキル、「ファクトフルネス」を解説しよう。

という内容の本です。 冒頭に

質問 世界の1歳児で、なんらかの予防接種を受けている子供はどのくらいいる? ・A 20% ・B 50% ・C 80%

な感じのクイズが13問あってこれをネタに「世界を正しく見るスキル」を説いていくという趣向となっています。

はじめから読み進めて最後までたどりつくと「蒙を啓かれた」感に満たされることを保証します。

すこし長いので学生との読書会では課題図書にしようと思いました。

FACTFULNESS(ファクトフルネス)10の思い込みを乗り越え、データを基に世界を正しく見る習慣

調子に乗って英語版も読みました。


読書会

医学部の学生と隔週でお昼休みに集まって読書会を開いています。

今は、仲野徹先生の「エピジェネティクス――新しい生命像をえがく」(岩波新書)を読んでいます。

次回は、「生きものとは何か 」(ちくまプリマー新書)を予定しています。

学内で参加希望の人は連絡をください。大歓迎です。

エピジェネティクス――新しい生命像をえがく (岩波新書)

生きものとは何か (ちくまプリマー新書)


git

という訳である総説で共同作業を行う必要があり今回は従来のやり方でなくgitを用いた方法でやってみようということになりました。

githubも制約はあるものの無料でプライベートリポジトリを作成できるようになりました。

使い始めると便利ですね。びっくりです。


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最近のこと

On 2018/3/11 日曜日, in anesthesia & critical care medicine, book, books, Kindle, by bodyhacker

前回いつ書いたのかよく覚えていないのですが先日これをちょっと楽しみにしているという人がいると聞いたので書いてみました。

 

先週の日曜日に引き続きさっきまで24時間の日当直をしていました。学徒動員の大学院の先生に引き継ぎました。

24時間も病院にいると出動要請があるものでそれが普通の人間が起きている時間だとそれはそれで問題はないのですが普通の人達が寝ている時間だとやっぱり朝起きてそれなりにしんどいということになります。

日当直の場合、いつ出動要請があるか分からないので途中で中断されるとちょっと困るというような仕事を入れておくと困った事になる場合があるのでそうでない仕事をしている訳ですがそれでも〆切が迫っているというような場合は当直が明けた今のような時間を使うしかないという事になります。

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Dr. Bonoの生命科学データ解析-読書会 @大阪ですがついに満席となりました。

ありがとうございます。

当初席が埋まるかなという心配があったのですが現在「補欠者」5名という事になっています。


 

実は先週の日当直の時にこんな事書いていました。

オリンピックも終わってみればメガネ先輩と金メダル二つのお姉ちゃんの方に完全に話題が持って行かれてしまいましたね。

家内は、NHKがパシュートにfocusした番組を観て完全にはまってしまったようです。

個人的にはジャンプの高梨沙羅さんがとにかく銅メダルとって安心しました。メダルに届かなかったらちょっとやばい感じになるんじゃないかと思っていましたから。

昨日の夕方の麻酔反省会ーただの大阪王将をつまみながら麻酔関連の諸問題を討論する会ですーでも話題になりました。

 

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Nature誌にこんな記事が出ていました

bioRxivに出ているこれが

この論文原稿の記事です。

 

manuscriptsのテキストベースの重複はすでに検出するアルゴリズムが存在していますがfigureの重複も見つけちゃうよという訳です。

figureの画像などを使いまわす人なんているのかなと思うのですがいるんですね。時々manuscripts内での使いまわしもあったりしてバカじゃないのかと思う時もあります。

これを指摘しても無視する雑誌もあってそっちの方がびっくりするのですが。


プレスリリースをしました

詳しくはこちらをどうぞ


勉強の哲学

勉強の哲学のメイキングが出版されました。

「メイキング・オブ・勉強の哲学」

ぼくはしばらく前にkindle版で読みました。

メイキング・オブ・勉強の哲学 (文春e-book)


「勉強の哲学 来たるべきバカのために」 を読んでいるいないに関わらず楽しめる一冊になっています。

研究と勉強は違うのだという言い方もありますがぼくの中では小学生時代からづっと意識的に行ってきた勉強の延長線上に研究があります。

なので研究をする事になんの苦もなくやりたいことをやって給料がもらえるのだからこんな幸福な事はないなという感じなのですが時々「正気に」なって「俺ってなんでこんな事しているのだろう」と思わない事もないのこういう本が出るとやっぱり読んでしまいますね。

 


ぼくの半径200mくらいで盛り上がっていました

なお写真集は買っていません。

 


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「足蹠を残す」

On 2018/2/15 木曜日, in hypoxia reseacrh, iPhone/iPad/Mac, by bodyhacker

Dr. Bonoの生命科学データ解析-読書会 @大阪

参加者募集中です。


研究室でどう集中力を持続するか-2

 

前回「研究室でどう集中力を持続するか」が結構ウケたので今回も。

研究室に入ると靴を脱ぎ基本的には靴下ー夏は素足ーになります。床にはマットが敷いてあり足の裏の感じが良いのです。

本気で集中したい時は、文章を書く必要最小限のアプリしか見えないようなアカウント(Macで別に”ユーザー”を作っておくのです)に変更するなどもします。

そのアカウントでは、web browserのbookmarkも論文の作成に必要なpubmedやライフサイエンス辞書のページしか見えないようにしてあります。

 

mailのチェックもその間はしません。

 

iPhoneでmailを受信しても「通知」をネグレクトできるように机の引き出しとかカバンの中に入れてしまいます。

 

そうして足蹠を残すです。ライフハック大全のHACK077にある「48:12時間分割法とダッシュ法」にある48:12時間分割法を採用しています。

タイマーはHACK009で紹介されているTANITA バイブレーションタイマー 24時間計 クイック ブラック TD370N-BKを使っています。

音でなく振動でタイムアップを知ることができます。マックの画面にタイマーを表示したりはしていません、うざいので。

これで(48+12)が3セットこなせればかなり進むはずなのです。

しかし、(48+12)3セット以上を連続で集中を持続するのは至難です。

 

午後になると集中力は低下していきます。

午後は、ノイズキャンセリング機能のついたヘッドフォンを装着することが多いです。

音楽を聴きながらでなくノイズをカットするためにヘッドフォンを装着するのです。以前に使っていたもの(すでに販売停止)がボロボロになりBOSEに相談したら新品になりました。現在使っているのはこれです

この特異な環境も長くは続かないのでその後はもう集中するのは諦めます。

 

するべき事は無数にあるのでほんとに進めたいときは確実に進むtaskしか実行しない時もあります。


「足蹠を残す」

こんなtweetがありました。

研究も「足蹠を残す」ことが重要だと思っています。

もうimpact factorとか全く考えていません。そんなことはこれから出世したい人が考えれば良いことだと思っています。

ぼくはもうとりあえず多くの人が名前を知っているopen journalなら良いだろうという方針で。

 他人に知らないところで何か言われているかも知れませんが知ったことではありません。


バレンタインデイ

バレンタインデイは日本だけで流行っている習慣ではありません。

米国にもバレンタイン商戦はありますしこの日に各メディアは何かを仕掛けてきます。

雑誌Natureのそのメディアの一つです。

“From proposals to snarks: the messages that scientists sneak into their papers”

論文にはacknowledgementー謝辞ーを記載する欄があって研究に協力していただいた研究者や研究資金を提供してくれた機関に対して謝意を表明したりするのですがこの欄に「こっそりと」プライベートな事項ー結婚のプロポーズとかーを書いたりする研究者がいてこのエッセイはそれをまとめてみましたという趣向です。

“Bonded by science: researchers describe their nerdy proposals”

 

2017年のこの時期にもこんなのがあったみたいです。

“Relationships: Sweethearts in science”

 

ぼくもこんなことをする人生だったらなとは思いました。


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