大学院生の論文を1/18に某雑誌にsubmitしたですが査読に時間がかかって結局先週3ヶ月くらいかかってやっとdecisionをもらいました。
嫌な予感がしていたのですが実際は別になんて事のないコメントばかりでrevisionも済ませてしまいました。
連休の谷間で送り返してしまいます。
すっかりエントリーの更新が途絶えていましたが元気です。
「トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文」
羊土社から最近出版された「トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文〜言語学的Move分析が明かした執筆の武器になるパターンと頻出表現」を紹介します。
英語に限らないのですが論文や科学的な総説をうまく書きたいという希望を持っています。
様々な論文執筆の指南書を出版される度に立ち読みしたり買ったりして読んで少しでも参考になればと努力を重ねている、つもりですがなかなか満足のいくデキにはなりません。
先日梅田の紀伊国屋書店で「トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文」を見かけて買って読みました。
論文を執筆する際には，過去の類似論文を参考にすることが一番のコツで ある
論文には基本的な構成というものがある．決められたセクション分け （Introduction，Methods，Results，Discussion）もその１つだが，決 められていない部分にも一定のパターンがある．それが本書で示す12のMove である．もちろん論文をどのように書くのかは著者の裁量であるが，実際に は論文の型というものに配慮しなければならない．
という思想で論文の型を強調して執筆をしていくという方法が紹介されています。
本書に示す分析に用いたコーパスデータは著者の一人である石井先生が作成したもので 、特徴としては2つあるとのこと。
まず本コーパスデータは医学論文に特化し た特殊コーパスである点である．
また作成するにあたっては，医学論文15編 を分析し12のMoveに 基づいて395編の論文（総語数約140万語）を集めたという二点が売りです。
つまり「データ」に基づいているのです。
ぼくはNature, Cell, Scienceに論文を載っけるという方向で研究をしているわけでなく皆が名前は知っているようなopen journalに自分らの仕事が出れば良いという報告で論文を作成しています。その場合、英語がうまいとかそういったことはそう大きな問題でなくきちんとdataを揃えて論理的に並べればよほどひどい査読者に当たらない限りなんとなるものだと思っています。
なのでコーパスに適った文章が淡々と書くことができれば良いということになります。
型があってそれにははめると形になるという方法は大歓迎です。
通読しましたがぼくでも得るところは多いといえます。
妙な本を読む前にまずこれを読みましょう。
羊土社からは、「ライフサイエンス英語表現使い分け辞典第2版」が出版されています。
基本的な発想は一緒です。 ぼくが机の上に常においている唯一の辞典です。
オンライン版のライフサイエンス辞書を使う場面も多いです。
さらに河本先生はライフサイエンス辞書コーパス活用法というweb pageを運営されています。
目次です。
Part1 論文を書く前に学びたい執筆のテクニック
1医学英語論文の流れとMove分析
1 論文のセクションとMoveとの関係
2 Move の特徴と役割
2 パラグラフ・ライティングの原則と流れのつくり方
1 原則1：パラグラフの基本パターンを構成する3つの要素
2 原則2：one paragraph, one idea の原則と流れのつくり方
3 パラグラフ間につながりを持たせるフックの活用
4 パラグラフの分け方と分量の関係
3 signpostの活用と論理展開の原則
1 signpostとは
2 パラグラフ構成における論理展開の原則
3 signpostとなるつなぎ表現のパターン
4 その他のsignpostとなる表現
4 論文における時制の意味とその重要性
時制の使い分けのポイント
* 5 引用のルール*
復習問題 Part2 医学英語論文の構成パターンと特徴的英語表現
Introduction
構成と書き方
Move構成と英語表現
* Methods*
構成と書き方
Move構成と英語表現
Results
構成と書き方
Move構成と英語表現
Discussion
構成と書き方
Move構成と英語表現
総説でました
意識の高い医者が読むと思われているIntensivistという雑誌があるのですが最新号に寄稿しました。
この雑誌毎回特集が組まれているようで今回は「酸素療法」。
酸素って難しいですというかまともなエビデンスってあるのかな。みんな苦労していると思います。
ぼくの担当した部分は、
低酸素の生物学 : 低酸素誘導性因子の果たす役割 Intensivist Vol10, No2 p259-269 (2018)
今回はこんな感じでまとめました
酸素は生命に必須な分子である。それ故、基礎医学の範疇にとどまらず基礎生物学の重要研究課題であり論文が刊行され続けている。臨床医学の分野でも「酸素」にまつわる様々な研究結果が存在し、読者諸氏もよくご存じの通り、心肺蘇生時の酸素投与ではその有用性を越えて有害性の有無を検討する臨床研究さえ存在する1。集中治療をふくむいわゆるクリティカルケアでは事情はさらに複雑でこのような現状を背景に酸素にまつわる知見の整理をする必要がありこの観点からIntensivistの特集「酸素療法」が企画されたのであろう。 この稿では、基礎生物学的な観点から低酸素応答・酸素代謝に関わる研究の現状を解説して、臨床現場での判断に還元できる応用可能な生体と酸素についてのコンセプトを提示したい。
興味があれば自分は医者でないけどという人でも読んでみてください。
医者特にcritical careに携わる医者は低酸素をこんな観点から理解しようとしているということがわかるかもしれません。
結構高価なムックです。
多くは臨床家向けの総説になっていますので一冊買うのはちょっとと思うかもしれません。
大学に所属している場合は図書館が医学書院と契約していて雑誌がごっそり読める場合がありますし麻酔科とか集中治療に関わる医者に聞いたら「はい」って感じで読ませてもらえるかもしれません。
コンピュータのファイル名
以前にもこのブログで取り上げたことがあるのですが再度書いてみます。
コンピュータのファイル名の件です。
コンピュータのファイルの名前の付け方にもいろんなルールがあります。勝手に名前をつけるとトラブルの元になります。
wikiにも記載があるほどです。 https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E5%90%8D
Apple社も以下の様なことを以前には推奨していました。
ファイルに名前を付けるときは、次の点に注意してください。 コンピュータによっては、ファイル名に特殊文字を使うと問題が発生する場合があります。したがって、ファイル名には、アルファベットの大文字と小文字(A〜Z、a〜z)、数字(0〜9)、およびアンダースコア(_)のみを使用します。 ピリオド(.)はファイル名と拡張子との区切り文字としてのみ使用し、それ以外の場所には使用しないでください。ファイル名の先頭にピリオド(.)を使用することはできません。 ファイル名に拡張子(たとえば「letter.doc」というファイル名の「.doc」や「picture.jpg」の「.jpg」)を付けることによって、どのアプリケーションでファイルを開くかを区別しているコンピュータもあります。この場合、ファイル名に拡張子が付いていなければ、ファイルをダウンロードした人は、どのアプリケーションでファイルを開けばよいかがわかりません。 また、短いファイル名が必要なコンピュータもあります。誰もが共有ファイルを利用できるようにするには、8文字以下(拡張子を含む場合は拡張子を入れて12文字以下)のファイル名を付けてください。
”長さ”に関して言えば、ぼくとのやりとりでは8文字以下にする必要はありません。しかし拡張子は必ずつけてください。
ぼくはファイル名になるべく日本語を使わないようにはしていますが,解りやすくて便利なことがあるので厳密に守っているわけではありません。最近では使う場合が多いともいえます。
しかしファイル名に”ブランク”をつかうことはありません。またファイル名にギリシャ文字などは使いません。妙な事が起こることがあります。
つまり”西野七瀬.doc”はありです。 ”西野 七瀬.doc”は無し(”西野 七瀬.doc”はもっと無しです)で,この場合,”西野七瀬.doc.doc”とします。望ましいのは”nanasenishino.docです。 ”HIF-1α.doc”は無しで”HIF-1a.doc”です。
また以下が大切なのですが、自分の作業履歴はすくなくとも一日の単位で保存してください。
つまり”渡邉理佐.doc”というファイルで暫定的に作業を始めても作業が終われば”20180421渡邉理佐.doc”という風な名前で保存します。二日後にそれに修正を加えれば今度は”20180423渡邉理佐.doc”と名前をつけます。
こうやって投稿して論文がアクセプトされるまですべてのファイルを保存していきます。決して”上書き保存”をしてはいけません。
ぼくが作業をして結果を返すときは,”20180424_渡邉理佐-kh.doc”の様な名前をつけてぼく(kh)が修正を加えたことを明らかにして送り返します。
また”日麻.doc”のような名前のfileを送られても困ります。ぼくはある特定の一人とだけ作業をしているわけではありません。
何度も書きますが最低限日付をfile名に入れるだけでだいぶ違うのです。保存するサンプルには面倒でも日付を入れて保存するのと同じです。
日付ですが”141126″ではなく”20141116″と書くことにしています。
fileの名前の付け方に絶対的なルールはありませんがこれを皆さんにお願いする理由は単純です。ぼくがそうしているからです。
このルールに沿っていない場合はぼくが即座に上記のルールでfile名を変更してしまいます。
もちろん皆さんが自分で独立して研究をするようになったら好きにしてください。
また 半角のカナの使用は絶対に止めてください。 また英数字を全角にするのも止めてください。
今、“Natural Causes: An Epidemic of Wellness, the Certainty of Dying, and Killing Ourselves to Live Longer“を読んでいます。
読み終わったら何か書いてみます。
Dr. Bonoの生命科学データ解析-読書会 @大阪 参加者募集中です。
昨日丸一日、日当直でした。
夕ご飯食べてシャワー浴びてから働きました。
論文がアクセプト
「箸の上げ下ろし」まで指導してくれるある意味妙に親切ーそれでいで一切の追加実験を要求しないーなreviewersだったので書き換え作業をしただけなのですがそれでも二回もrevisionをさせられました。
最初に投稿した雑誌のreviewerにはこれが本当ならこの業界の常識が変わるのだからお前らの主張を簡単には受け入れられないとまでいわれた-Thus, proposing such a paradigm change or new mechanism must be accompanied by evidence demonstrating that …-のでとにかく皆が知っている雑誌に通してしまいたいという気持ちが強くて最終的にはPLOS ONEに採ってもらいました。
皆に受け入れてもらえる様にdataの出し方も工夫したしまあよかったと思います。
figureが8つでsupplementaryが9つで学位審査で全部説明していたら二時間くらいかかるかもしれません。
よかったです。
「教科書が読めない」
AI, AI技術の解説書なのですが格好の例(東ロボくん)を用いているのでとても分かりやすいというか分かった気にさせられました。
医療の世界では、AIとかAI技術の導入より前に日本ではもっと規制緩和をすすめる必要はあると思います。「電子カルテ」もひどい。診療録や画像の共有だってまだまだだし。遠隔診療もいいけどここら辺をまず進めたらいいと思います。
第3章と第4章がこの本のキモだと思うのですがぼくの個人に戻って考えてみるとすでに手遅れですね。
入学試験のミスが発覚してちょっとした議論を呼んでいます。
そうであれば、試験実施後、できるだけ早く問題と模範となる解答例を公表すべきだろう。
というのですが、国語とか英語の論述問題では逆に大きな混乱を呼ぶような気もします。そもそもこのような問題がどのように採点されてるのかの実態を無視している議論と思います。
生駒さんが「卒業」
乃木坂46の生駒里奈さんが「卒業」だそうです。 彼女自身以下の様に語っています。(参照)
20歳になった頃から、大人として一人で生きていくためにはどうしたらいいのか、具体的に自分のこれからを考えた時に私はこのままでは足りないなと、プラスで自分を高めないといけない。 ここだけじゃ足りないと思う様になりました。
ぼくも
50歳になった頃から、ピークをすぎた老研究者として生きていくためにはどうしらいいのか、 具体的に自分のこれからを考えた時に私はこのままではやりすぎなので、 もう自分を高めようというような無駄な努力やめようと思う様になりました。
結構やったしもう多分ホームランとか三塁打-被引用回数が500回を超えるは打てないだろうという気もしているわけです。研究を止めた知り合いも何人もいるし。
とはいえ研究をしている犬も歩けば棒に当たるという具合で何かを見つけたりするのでなかなか「卒業」できません。
恩師には、研究は牛の涎みたいにキリががないからほどほどにしろといわれました。 でも、その「ほどほどが」わからないのです。 その恩師とて、定年で退職する少し前からしきりに自分が行けー院長としてですけどーと言われている病院は普通の病院だからもう研究ができなくなるのだもっと時間があればいろんなことができるはずなのに悔しいとぼくに語っていました。
時々先生の魂がまだ漂っているような気もするし。
PubMedCommonsが閉鎖
PubMed Commons will be closing on February 15, 2018. Many thanks for your support! More details here: https://t.co/toIOaKSmdR
— PubMed Commons (@PubMedCommons)
だそうです。
People are asking why did @PubMedCommons fail. We might know why: https://t.co/ysDIvIagzv https://t.co/5uASPVJZYy
— PubPeer (@PubPeer)
やっぱり匿名でないと「談論風発」しないのでしょうか。
研究室でどう集中力を持続するか
研究室ではこんなメガネを使っています。(JINS MEME)
朝出勤するとこれに着替えます。
なんか強制的に集中モードに誘われる感じがしてこのメガネをしている間は一種の戦闘モードになります。
今日は今まで
深い集中：1:45
集中:3:15
です。
生きています
しばらくエントリーの投稿をさぼっていましたが生きています。
最近出た論文の作業なんかをしていました。
結構集中するのでぼくの大脳のキャパシティーでは余計な事はあまりできなくなります。
いろいろと出ました
論文がでました。
当部門の岡本先生の論文がScientific Reports誌に掲載されました。
論文は以下からお読み頂けます。https://t.co/MhEnR86NnX— 侵襲反応制御部門@KMU (@hss_kmu)
これからもせっせと手持ちのデータを大学院生と共同して論文にしていきます。
雑文もでました。
医学書院のPR誌「医学界新聞」の特集 医学生・研修医に薦めたい ベッドサイド・ライブラリー 就寝前の30分間が医師人生を切り開く でぼくも三冊紹介しました。
医歯薬出版社の雑誌「医学のあゆみ」にもエッセイを載せてもらいました。
フォーラム はじめの一歩を押し出されて踏み出してみる……広田喜一(参照）
島岡さんの最近の著作をネタにしたエッセイです。以前ここでも取り上げたことがありました。
こちらは現時点では，購読権がないと全文を読むことはできません。すみません。
Apple TVの話
今週研究室に55Vのテレビというかチューナー内蔵のディスプレイを導入しました。
ジャーナルクラブやプログレスレポートの時に使います。
先日訪問させていただいた某研究室(三島の方）でAppleTV経由で大画面TVを使っていたの見せていただき感動して同時にAppleTVも導入しました。
簡単にセットアップできると高をくくっていたらできませんでした。
少し調べてApple Configurator2を使ってMacからAppleTVにprofile fileを送り込んで解決。結局proxyの設定がApple TVとモニタだけではできなかったのです。
無事にmacからAirPlayの出力先として55Vのテレビを選択できるようになりました。全部で12万円くらいでこの環境なので安いです。
ケーブル無しで簡単につなげるのでこれは便利です。
ストロベリーナイト
先日ある映画をAmazon Primeで観ました。2013年に公開された，「ストロベリーナイト」です。
誉田哲也さんの警察小説シリーズ「姫川玲子シリーズ」の一作品『インビジブルレイン』の映画化です。
すごくはまってしまい，映画化の前後にテレビドラマとして放映されたものと小説として発表されているものを全て観て，読みました。 フジテレビで放送されたドラマは
・ 第1回 シンメトリー
・第2回 右では殴らない
・第3回 右では殴らない(2)
・第4回 過ぎた正義
・第5回 選ばれた殺意〜過ぎた正義
・第6回 感染遊戯
・第7回 悪しき実
・第8回 悪しき実〜嗚咽
・第9回 ソウルケイジ
・第10回 檻に閉じ込められた親子〜ソウルケイジ
・第11回 こんなにも人を愛した殺人者がいただろうか〜ソウルケイジ
です。
これに先だって，小説「ストロベリーナイト」 の内容をドラマ化した特番があります。 また「ストロベリーミッドナイト」「アフター・ザ・インビジブルレイン」という続編もあります。
小説は
が今まで出版されています。
ドラマは原作をほぼ忠実になぞっているのですがドラマの方が圧倒的におもしろいです。
絶対的な主人公は，姫川玲子という名前の警部補です。警部補昇進は27歳の時で，第一作の「ストロベリーナイト」では29歳。27歳で警視庁捜査一課殺人犯捜査十係の主任警部補というのは警察では異例の出世・抜擢。170cmの長身で7cmのハイヒールを何足も履き潰しているという設定です。
この姫川班は，玲子さんの他に，菊田 和男巡査部長，石倉 保巡査部長，湯田 康平巡査長，葉山 則之巡査長で構成されています。
実は大塚 真二巡査長が第一作の「ストロベリーナイト」が班員だったのですが第一作の「ストロベリーナイト」であえなく殉職してしまうのです。 ドラマ・映画ともキャストは同じで，姫川玲子は竹内結子さん，菊田 和男は西島秀俊さん，石倉 保は宇梶剛士さん，湯田 康平は丸山隆平さんで葉山 則之はなんと今をときめく小出恵介さんが演じていました。
玲子のドラマ・映画での口癖は「このヤマ，絶対とるわよ」(このセリフはドラマ・映画で頻繁に出てくるのですが小説ではほんどでてきません）でこのかけ声のもと4人の刑事は頑張ってしまうわけです。
この人たちちょっと変わっています。担当の事件が無い場合，刑事は「在庁」という一種の待機状態になるのだそうですが，在庁のまま退勤時間が近づくと「今日も何もなかった」ということになるのですが電話がかかると「キター!!」という感じで皆嬉々として現場に駆けつけるのです。 姫川班では捜査会議の後皆で飲み屋（なぜが女将さんが中村静香）で反省会を開きます。
玲子は，所轄の交通課勤務だったのを現在の上司である警視庁捜査一課殺人犯捜査十係係長である今泉 春男警部に抜擢されて捜査一課入りをした経緯があるのですが，これは彼女の天性の直感に基づくプロファイリングの能力を評価してのことだったのです。
玲子は，自分の筋を読み，点と点をいきなり結んで捜査を進めていくという手法を採る場合が多いのです。そしてその手法により実積を残してきたのです。
これと対照的なのが捜査一課殺人犯捜査十係の主任警部補である日下 守(遠藤憲一)です。彼は若いときのある失敗をきっかけに緻密で客観的な捜査手法を取り玲子さんの捜査手法を危ういと評価しています。予断を許さない操作法は捜査会議での発表でも遺憾なく発揮されて皆を辟易させるほどです。玲子の天敵ですがその理由は捜査方法の相違だけでは無いのですが… もう1人主任警部補がいるのですが彼は，捜査一課殺人犯捜査五係の所属です。勝俣 健作(あだ名はガンテツ)。ドラマ・映画では武田鉄矢さんが演じていました。ガンテツは玲子さんだけでなく日下の天敵でもあります。
捜査手法が研究手法と通じるとこがあるなということです。
研究手法に，玲子式と日下式があるとすればぼくは断然玲子式です。
ぶらぶら道を歩いている。棒にあたる。これが意味のあることだと思って筋を読む。あたった棒に意味があるとすれば理論的に起こるはずの現象を確認でき点と点が結びつけば，論文になるという手法です。
基本的な戦略は「線でつなぐ」なので日下式のローラー作戦と比較すると弱い側面があります。
危うい場合もあり日下の玲子への批判の根拠でもあります。実際姫川は単なる思いつきを重視した捜査のせいで何度も失敗も重ねるのです。
ぼくは遺伝子改変マウスなどを用いた実験を基本的には行わないので，ぼくらの仕事が今風なprestigiousな雑誌に掲載されることは最近ではほとんどチャンスは非常に低くなっています。
つまり15年前とは状況が完全に「時代」が違うのです。
古典的な手法で思いつきで点と点を結んで発表した論文でも20年経った今でも年に20回くらい引用される論文もありますからこれ以上は求めても仕方ない，と思っています。
ガンテツによれば玲子は犯人の気持ちがわかるのだそうです。実際に玲子は高校生の時にある事件に遭遇してそれがきっかけで警察官になったのですがその犯人を殺したいと思っているというか心の中で何度も殺していてそれ故殺人犯の気持ちになって犯行の筋を読むことができるのです。
細胞の気持ちになって筋を読めるのであればそういう研究者になりたいと思います。ファウスト博士のように魂を売り払ってでも。
麻見 和史さんが作者の女性刑事シリーズがもう一つあります。如月塔子シリーズです。
塔子は，警視庁殺人分析班 警視庁捜査一課十一係の部長刑事（刑事部長でかつ刑事）です。殉職した警察官だった父親を背負って頑張るのですが玲子さんとはちがい未だ巡査部長です。身長も152.8cmといわゆるチビです。
今までドラマ化されたのは石の繭と水晶の鼓動の二作です。両方観ました。堪能できます。
小説は8冊出ています。文庫化されているのは6冊で，これは全部読みました。
東北大学の五十嵐先生のtweetです。
淀井先生の独創性に関するエッセイと仲間からのコメント、「大河の源流はただじめじめした水源」免疫学会のホームページから。そういえば当時話題になっていました。https://t.co/22AkzdJRAf
流れになるのか、流れをつくれるのか、そこの判断が未だに難しいです。
— Kazuhiko Igarashi (@kazuigarashi)
ぼくは淀井さんの弟子でこの文章も折りに触れて読み返しています。本人からもこれと同じ話を耳にたこができるまで聞かされました。 ぼくはATL研究は日本医学が世界に誇る一大金字塔だと思っています。
そして、本庶先生の「オンリーワンになることが独創性への最も近道」https://t.co/LZfYJj8QYo
— Kazuhiko Igarashi (@kazuigarashi)
これも今読み返してみると予言が成就された感がありすごいと思います。
