最近の事など

On 2018/6/15 金曜日, in book, hypoxia reseacrh, news, twitter, 関西医科大学, by bodyhacker

このところ通勤電車の中でもmacにかじりついて某仕事に掛かっていました。

今週末で締め切りなのでそれをクリアしてしまえば… という所だったのですが無事作業が終わりました。

原著論文の執筆という「通常業務」に戻ります。

今日はゆっくり寝れます。


論文が出版されました

propofolの細胞毒性はHIF-1の活性化によってレスキューされるという実験事実を培養細胞を用いた実験系で示した論文です。

稟議書が回り始めたので勤務先からのプレスリリースは月曜日には出ると思います。

 

ぼくのつもりではこの論文より早く世にでるはずだったのですがぼくの「作戦間違え」で遅れました。 Scientific Reportsに出しなおしてからは安産で前回に続き追加実験無しで悠々と凌ぎました。

とにかく無事世に出て良かったです。

共著者からも

院生さんはもう自分で結構な解析ができるようになりました。


N本師匠が西野七瀬さんが所属するアイドルグループの集会できる事になったとのマウンティグを受けました。


「どもる体」

医学書院から「看護教育」という雑誌が出ています。職場から電子版が読めるので思いつくとまとめ読みをします。 (看護研究というのもあってやはり毎号読んでいます。https://webview.isho.jp/journal/toc/00228370/51/3

マニュアル化して理論を追求することを放棄していように見える麻酔関連の雑誌に比較して理論と実践のバランスがよく結構楽しめます。

「看護教育」で2017年4月から2018年3月まで伊藤 亜紗さんの「連載 リズムとからだ」という連載がありました。

「吃り」「吃音」を題材にからだのリズムを考察した研究結果です。 この連載が本になって医学書院から出版されました。

どもる体」です。

ぼくは中学生くらいの時には「吃音」と「チック」があったのですがそのうちに克服されました。

どもる体 (シリーズ ケアをひらく)


PDF

昨日の朝から連続35時間くらい大学というか研究室にいます。

 

大学院の先生の論文が雑誌”Scientific Reports”-ある程度皆が知っている雑誌ならぼくはどこでも構いません-にアクセプトされました。

麻酔薬propofol関連の研究の成果です。

この論文は、ぼくの頭の中では少し前に出た論文より早く世に出るはずだのですがぼくの戦略のミスで遅れました。

大学院の先生の学位ための講演会は済んでしまったのでどうでもいいといえばどうでもいいのですが論文が通ってスッキリしました。

(学位の講演会はぼくからしたらちょっとヒヤヒヤしたりする局面もあったのですが主査をしていただく先生からは「立派な講演会でした」と言っていただいたので成功だったのだと思います)

掲載料を払えというmailがきたので払おうと思って指定のurlから手続きを試みるのですがerror messageが出て前に進ませてくれません。mailで問い合わせをすると「質問が多すぎて順番に処理しますから」という自動mailが送られてくるだけで進展なし。

なんだ出版が遅れるじゃないかと気を揉んでいたのですが結局無効のシステムのトラブルで解決しました。


麻酔科学会

もう随分前の事になりましたけど横浜に行きました。

麻酔科の学会への参加が主目的。 神戸で開催される時だけに注力したいと思っているのですが今回はするべき事などができてしまいました。

神戸で開催される場合だと自分の出番の時間を目がけて会場に入って終われば会場を抜けるなどできて都合が良いのですが横浜だとそういう訳にもいかないので結局いろんなセッションに参加する事になりました。

初日の朝は、「学術委員会:2017年度開始ピッチコンテスト成果発表」に出ました。

学会が申請を受け付けて研究資金を提供(ほんの僅かですけど)してくれるという制度があるのですがその成果発表学芸会です。

研究成果が上がらない場合お金(僅かなんですけど)を返還する必要があるという結構すごい制度なのです。

というわけで、学会の会長自ら座長をお勤めになるという力の入れようで内容についての質問より「とにかくちゃんと論文にしてください」というコメントを何度もされていました。

ぼくも二つの研究の研究協力者なので参加してみました。 発表は皆さんしっかりとしていました。某優秀演題賞(過去何度も審査員として参加しました)のコンテストを遥かに凌ぐデキと言っても良いのではないでしょうか。 ぼくの30年くらいの麻酔科医人生でこんなレベルの高いセッションは麻酔科学会では初めてでした。 全部論文になるのではないでしょうか (#知らんけど)。

ぼくらはもう論文化していますからどうでも良いのです。

  • 有料参加者合計 10,022名(会員9,308,名誉会員35,非会員679)
  • 無料参加者概算 医学生・研修医(招待),受入れ留学生等:約640名

ということですから盛会だったと思います。最近はとにかくすごく沢山の人が実際に会場にいます。ぼくが参加したセッションは少なくとも麻酔科臨床に関わるものは立ち見が出ていました。

抄録集を眺めたり人にも尋ねたりしたのですが最近のこの業界のトピックスって何なのかよく分からなくなりました。

まさか「無痛分娩」と「女性医師の活用」という訳ではないのでしょうけどどうなのでしょうか。


ラーメンと味噌汁

期間中に大学院時代を一緒に過ごして今は横浜在住の内科医として働いている先生とre-unionしました。 この前会ったのは二年三ヶ月前でした。

高血圧と判ったのでラーメンと味噌汁を絶って降圧に成功したとの事。

ぼくも一年ほど前から降圧薬を服用し始めたのですが3ヶ月ほどして服薬無しに収縮期血圧が130mmHgを越えることがなくなったので服薬をやめていたのですが最近130mmHgを越えるようになり服薬を再開するかなという状況となっていたので間に受けてラーメンと味噌汁断ちをすることにしました。

最後にと思い、天下一品のラーメン大盛りを食べました。少なくとも半年はカップラーメンを含むラーメンを止めます。

一週間ラーメンと味噌汁を断つと確かに血圧は下がりますね。


「一発」とは

髭男爵の山田ルイ53世さんの一発屋芸人列伝読みました。

連載も部分的にフォローしていたのですが単行本としてまとまったという事でまとめて読んでみました。

前評判も高かったので紀伊國屋でももっと大々的に展開していると思いきや結構しょぼい感じだったのですが発売日に読むことができました。

書評も多く出ているので内容を紹介することはしませんが読んで損はありません

「一発屋」の定義ってなんなのかはこの本を読んでいただくとして研究の分野で「一発当てる」ってどんな風な事を言うのかなと考えました。

文化功労賞・文化勲章とかノーベル賞クラスだと「一発屋」という言い方はなじみません。 とは言え文化功労賞・文化勲章とかノーベル賞クラスの皆さんはどこかで最低「一発」出ているのだと思います。その「一発」ってどんなの?という素朴な問です。

出版された初年度で250回5年で500回10年で2000回の日引用回数なら十分「一発」と言えるのかもしれませんが「一発」と分かるまでに5年は掛かります。

少なくとも日引用回数が1000回以下は「一発」とは言わんだろうなとは思います。

 

以前といってもぼくが大学院生の頃、「心とコンピュータ」という本で利根川進さんが

研究者は研究人生で何か一つでも大きな仕事をすればそれで十分評価されるのだから焦るな。そういう分野を持てるまではじっと我慢すればよいのだ。ただ大学院生とかポスドクの時期の仕事はPIの仕事になる場合があるのですごいアイデアを思いついたら独立するまで温存しろ、みたいな話をしていたと記憶しています。

結構間に受けていたのですがその「何か一つでも大きな仕事」というのがどういう仕事なのかが分からず今に至るという感じです。

 

一発屋芸人列伝


PDF

大学院生の論文を1/18に某雑誌にsubmitしたですが査読に時間がかかって結局先週3ヶ月くらいかかってやっとdecisionをもらいました。

嫌な予感がしていたのですが実際は別になんて事のないコメントばかりでrevisionも済ませてしまいました。

連休の谷間で送り返してしまいます。

 

すっかりエントリーの更新が途絶えていましたが元気です。


「トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文」

羊土社から最近出版されたトップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文〜言語学的Move分析が明かした執筆の武器になるパターンと頻出表現を紹介します。

トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文〜言語学的Move分析が明かした執筆の武器になるパターンと頻出表現

英語に限らないのですが論文や科学的な総説をうまく書きたいという希望を持っています。

様々な論文執筆の指南書を出版される度に立ち読みしたり買ったりして読んで少しでも参考になればと努力を重ねている、つもりですがなかなか満足のいくデキにはなりません。

先日梅田の紀伊国屋書店でトップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文を見かけて買って読みました。

論文を執筆する際には,過去の類似論文を参考にすることが一番のコツで ある

論文には基本的な構成というものがある.決められたセクション分け (Introduction,Methods,Results,Discussion)もその1つだが,決 められていない部分にも一定のパターンがある.それが本書で示す12のMove である.もちろん論文をどのように書くのかは著者の裁量であるが,実際に は論文の型というものに配慮しなければならない.

という思想で論文の型を強調して執筆をしていくという方法が紹介されています。

 

本書に示す分析に用いたコーパスデータは著者の一人である石井先生が作成したもので 、特徴としては2つあるとのこと。

まず本コーパスデータは医学論文に特化し た特殊コーパスである点である.

また作成するにあたっては,医学論文15編 を分析し12のMoveに 基づいて395編の論文(総語数約140万語)を集めたという二点が売りです。

 

つまり「データ」に基づいているのです。

ぼくはNature, Cell, Scienceに論文を載っけるという方向で研究をしているわけでなく皆が名前は知っているようなopen journalに自分らの仕事が出れば良いという報告で論文を作成しています。その場合、英語がうまいとかそういったことはそう大きな問題でなくきちんとdataを揃えて論理的に並べればよほどひどい査読者に当たらない限りなんとなるものだと思っています。

なのでコーパスに適った文章が淡々と書くことができれば良いということになります。

型があってそれにははめると形になるという方法は大歓迎です。

 

通読しましたがぼくでも得るところは多いといえます。

 

妙な本を読む前にまずこれを読みましょう。

 

羊土社からは、ライフサイエンス英語表現使い分け辞典第2版が出版されています。

 

基本的な発想は一緒です。 ぼくが机の上に常においている唯一の辞典です。

オンライン版のライフサイエンス辞書を使う場面も多いです。

さらに河本先生はライフサイエンス辞書コーパス活用法というweb pageを運営されています。

ライフサイエンス英語表現使い分け辞典第2版 (ライフサイエンス英語シリーズ)

目次です。

Part1 論文を書く前に学びたい執筆のテクニック

1医学英語論文の流れとMove分析

1 論文のセクションとMoveとの関係

2 Move の特徴と役割

2 パラグラフ・ライティングの原則と流れのつくり方

1 原則1:パラグラフの基本パターンを構成する3つの要素

2 原則2:one paragraph, one idea の原則と流れのつくり方

3 パラグラフ間につながりを持たせるフックの活用

4 パラグラフの分け方と分量の関係

3 signpostの活用と論理展開の原則

1 signpostとは

2 パラグラフ構成における論理展開の原則

3 signpostとなるつなぎ表現のパターン

4 その他のsignpostとなる表現

4 論文における時制の意味とその重要性

時制の使い分けのポイント

* 5 引用のルール*

復習問題 Part2 医学英語論文の構成パターンと特徴的英語表現

Introduction

構成と書き方

Move構成と英語表現

* Methods*

構成と書き方

Move構成と英語表現

Results

構成と書き方

Move構成と英語表現

Discussion

構成と書き方

Move構成と英語表現


総説でました

意識の高い医者が読むと思われているIntensivistという雑誌があるのですが最新号に寄稿しました。

この雑誌毎回特集が組まれているようで今回は「酸素療法」。

酸素って難しいですというかまともなエビデンスってあるのかな。みんな苦労していると思います。

ぼくの担当した部分は、

低酸素の生物学 : 低酸素誘導性因子の果たす役割 Intensivist Vol10, No2 p259-269 (2018)

今回はこんな感じでまとめました

酸素は生命に必須な分子である。それ故、基礎医学の範疇にとどまらず基礎生物学の重要研究課題であり論文が刊行され続けている。臨床医学の分野でも「酸素」にまつわる様々な研究結果が存在し、読者諸氏もよくご存じの通り、心肺蘇生時の酸素投与ではその有用性を越えて有害性の有無を検討する臨床研究さえ存在する1。集中治療をふくむいわゆるクリティカルケアでは事情はさらに複雑でこのような現状を背景に酸素にまつわる知見の整理をする必要がありこの観点からIntensivistの特集「酸素療法」が企画されたのであろう。 この稿では、基礎生物学的な観点から低酸素応答・酸素代謝に関わる研究の現状を解説して、臨床現場での判断に還元できる応用可能な生体と酸素についてのコンセプトを提示したい。

興味があれば自分は医者でないけどという人でも読んでみてください。

医者特にcritical careに携わる医者は低酸素をこんな観点から理解しようとしているということがわかるかもしれません。

結構高価なムックです。

多くは臨床家向けの総説になっていますので一冊買うのはちょっとと思うかもしれません。

大学に所属している場合は図書館が医学書院と契約していて雑誌がごっそり読める場合がありますし麻酔科とか集中治療に関わる医者に聞いたら「はい」って感じで読ませてもらえるかもしれません。

INTENSIVIST Vol.10 No.2 2018 (特集:酸素療法)


コンピュータのファイル名

以前にもこのブログで取り上げたことがあるのですが再度書いてみます。

コンピュータのファイル名の件です。

コンピュータのファイルの名前の付け方にもいろんなルールがあります。勝手に名前をつけるとトラブルの元になります。

wikiにも記載があるほどです。 https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E5%90%8D

Apple社も以下の様なことを以前には推奨していました。

ファイルに名前を付けるときは、次の点に注意してください。 コンピュータによっては、ファイル名に特殊文字を使うと問題が発生する場合があります。したがって、ファイル名には、アルファベットの大文字と小文字(A〜Z、a〜z)、数字(0〜9)、およびアンダースコア(_)のみを使用します。 ピリオド(.)はファイル名と拡張子との区切り文字としてのみ使用し、それ以外の場所には使用しないでください。ファイル名の先頭にピリオド(.)を使用することはできません。 ファイル名に拡張子(たとえば「letter.doc」というファイル名の「.doc」や「picture.jpg」の「.jpg」)を付けることによって、どのアプリケーションでファイルを開くかを区別しているコンピュータもあります。この場合、ファイル名に拡張子が付いていなければ、ファイルをダウンロードした人は、どのアプリケーションでファイルを開けばよいかがわかりません。 また、短いファイル名が必要なコンピュータもあります。誰もが共有ファイルを利用できるようにするには、8文字以下(拡張子を含む場合は拡張子を入れて12文字以下)のファイル名を付けてください。

”長さ”に関して言えば、ぼくとのやりとりでは8文字以下にする必要はありません。しかし拡張子は必ずつけてください。

ぼくはファイル名になるべく日本語を使わないようにはしていますが,解りやすくて便利なことがあるので厳密に守っているわけではありません。最近では使う場合が多いともいえます。

しかしファイル名に”ブランク”をつかうことはありません。またファイル名にギリシャ文字などは使いません。妙な事が起こることがあります。

つまり”西野七瀬.doc”はありです。 ”西野 七瀬.doc”は無し(”西野 七瀬.doc”はもっと無しです)で,この場合,”西野七瀬.doc.doc”とします。望ましいのは”nanasenishino.docです。 ”HIF-1α.doc”は無しで”HIF-1a.doc”です。

また以下が大切なのですが、自分の作業履歴はすくなくとも一日の単位で保存してください。

つまり”渡邉理佐.doc”というファイルで暫定的に作業を始めても作業が終われば”20180421渡邉理佐.doc”という風な名前で保存します。二日後にそれに修正を加えれば今度は”20180423渡邉理佐.doc”と名前をつけます。

こうやって投稿して論文がアクセプトされるまですべてのファイルを保存していきます。決して”上書き保存”をしてはいけません。

 

ぼくが作業をして結果を返すときは,”20180424_渡邉理佐-kh.doc”の様な名前をつけてぼく(kh)が修正を加えたことを明らかにして送り返します。

 

また”日麻.doc”のような名前のfileを送られても困ります。ぼくはある特定の一人とだけ作業をしているわけではありません。

何度も書きますが最低限日付をfile名に入れるだけでだいぶ違うのです。保存するサンプルには面倒でも日付を入れて保存するのと同じです。

日付ですが”141126″ではなく”20141116″と書くことにしています。

 

fileの名前の付け方に絶対的なルールはありませんがこれを皆さんにお願いする理由は単純です。ぼくがそうしているからです

このルールに沿っていない場合はぼくが即座に上記のルールでfile名を変更してしまいます。

もちろん皆さんが自分で独立して研究をするようになったら好きにしてください。

また 半角のカナの使用は絶対に止めてください。 また英数字を全角にするのも止めてください。


今、Natural Causes: An Epidemic of Wellness, the Certainty of Dying, and Killing Ourselves to Live Longerを読んでいます。

読み終わったら何か書いてみます。

Natural Causes: An Epidemic of Wellness, the Certainty of Dying, and Killing Ourselves to Live Longer (English Edition)


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