Dr. Bonoの生命科学データ解析-読書会 @大阪 参加者募集中です。

昨日丸一日、日当直でした。

夕ご飯食べてシャワー浴びてから働きました。


論文がアクセプト

大学院生の先生の論文がアクセプトされました。

「箸の上げ下ろし」まで指導してくれるある意味妙に親切ーそれでいで一切の追加実験を要求しないーなreviewersだったので書き換え作業をしただけなのですがそれでも二回もrevisionをさせられました。

最初に投稿した雑誌のreviewerにはこれが本当ならこの業界の常識が変わるのだからお前らの主張を簡単には受け入れられないとまでいわれた-Thus, proposing such a paradigm change or new mechanism must be accompanied by evidence demonstrating that …-のでとにかく皆が知っている雑誌に通してしまいたいという気持ちが強くて最終的にはPLOS ONEに採ってもらいました。

皆に受け入れてもらえる様にdataの出し方も工夫したしまあよかったと思います。

figureが8つでsupplementaryが9つで学位審査で全部説明していたら二時間くらいかかるかもしれません。

よかったです。


「教科書が読めない」

AI vs. 教科書が読めない子どもたち

AI, AI技術の解説書なのですが格好の例(東ロボくん)を用いているのでとても分かりやすいというか分かった気にさせられました。

医療の世界では、AIとかAI技術の導入より前に日本ではもっと規制緩和をすすめる必要はあると思います。「電子カルテ」もひどい。診療録や画像の共有だってまだまだだし。遠隔診療もいいけどここら辺をまず進めたらいいと思います。

 

第3章と第4章がこの本のキモだと思うのですがぼくの個人に戻って考えてみるとすでに手遅れですね。

 

入学試験のミスが発覚してちょっとした議論を呼んでいます。

新聞ではこんな論説も見つかります(参照1), (参照2)

そうであれば、試験実施後、できるだけ早く問題と模範となる解答例を公表すべきだろう。

というのですが、国語とか英語の論述問題では逆に大きな混乱を呼ぶような気もします。そもそもこのような問題がどのように採点されてるのかの実態を無視している議論と思います。


生駒さんが「卒業」

乃木坂46の生駒里奈さんが「卒業」だそうです。 彼女自身以下の様に語っています。(参照)

20歳になった頃から、大人として一人で生きていくためにはどうしたらいいのか、具体的に自分のこれからを考えた時に私はこのままでは足りないなと、プラスで自分を高めないといけない。 ここだけじゃ足りないと思う様になりました。

ぼくも

50歳になった頃から、ピークをすぎた老研究者として生きていくためにはどうしらいいのか、 具体的に自分のこれからを考えた時に私はこのままではやりすぎなので、 もう自分を高めようというような無駄な努力やめようと思う様になりました。

結構やったしもう多分ホームランとか三塁打-被引用回数が500回を超えるは打てないだろうという気もしているわけです。研究を止めた知り合いも何人もいるし。

とはいえ研究をしている犬も歩けば棒に当たるという具合で何かを見つけたりするのでなかなか「卒業」できません。

恩師には、研究は牛の涎みたいにキリががないからほどほどにしろといわれました。 でも、その「ほどほどが」わからないのです。 その恩師とて、定年で退職する少し前からしきりに自分が行けー院長としてですけどーと言われている病院は普通の病院だからもう研究ができなくなるのだもっと時間があればいろんなことができるはずなのに悔しいとぼくに語っていました。

時々先生の魂がまだ漂っているような気もするし。


PubMedCommonsが閉鎖

だそうです。

やっぱり匿名でないと「談論風発」しないのでしょうか。


研究室でどう集中力を持続するか

研究室ではこんなメガネを使っています。(JINS MEME)

朝出勤するとこれに着替えます。

なんか強制的に集中モードに誘われる感じがしてこのメガネをしている間は一種の戦闘モードになります。

今日は今まで

深い集中:1:45

集中:3:15

です。


PDF
Tagged with:  

Apple TVを研究室に導入しました

On 2017/7/3 月曜日, in book, books, Lifehacking, twitter, by bodyhacker

 生きています

しばらくエントリーの投稿をさぼっていましたが生きています。

最近出た論文の作業なんかをしていました。

結構集中するのでぼくの大脳のキャパシティーでは余計な事はあまりできなくなります。


いろいろと出ました

論文がでました。

これからもせっせと手持ちのデータを大学院生と共同して論文にしていきます。

雑文もでました。

医学書院のPR誌「医学界新聞」の特集 医学生・研修医に薦めたい ベッドサイド・ライブラリー 就寝前の30分間が医師人生を切り開く でぼくも三冊紹介しました。

医歯薬出版社の雑誌「医学のあゆみ」にもエッセイを載せてもらいました。

フォーラム はじめの一歩を押し出されて踏み出してみる……広田喜一(参照

島岡さんの最近の著作をネタにしたエッセイです。以前ここでも取り上げたことがありました。

こちらは現時点では,購読権がないと全文を読むことはできません。すみません。


Apple TVの話

今週研究室に55Vのテレビというかチューナー内蔵のディスプレイを導入しました。

ジャーナルクラブやプログレスレポートの時に使います。

先日訪問させていただいた某研究室(三島の方)でAppleTV経由で大画面TVを使っていたの見せていただき感動して同時にAppleTVも導入しました。

簡単にセットアップできると高をくくっていたらできませんでした。

少し調べてApple Configurator2を使ってMacからAppleTVにprofile fileを送り込んで解決。結局proxyの設定がApple TVとモニタだけではできなかったのです。

無事にmacからAirPlayの出力先として55Vのテレビを選択できるようになりました。全部で12万円くらいでこの環境なので安いです。

 

ケーブル無しで簡単につなげるのでこれは便利です。


ストロベリーナイト

先日ある映画をAmazon Primeで観ました。2013年に公開された,「ストロベリーナイト」です。

誉田哲也さんの警察小説シリーズ「姫川玲子シリーズ」の一作品『インビジブルレイン』の映画化です。

 

すごくはまってしまい,映画化の前後にテレビドラマとして放映されたものと小説として発表されているものを全て観て,読みました。 フジテレビで放送されたドラマ

・ 第1回 シンメトリー

・第2回 右では殴らない

・第3回 右では殴らない(2)

・第4回 過ぎた正義

・第5回 選ばれた殺意〜過ぎた正義

・第6回 感染遊戯

・第7回 悪しき実

・第8回 悪しき実〜嗚咽

・第9回 ソウルケイジ

・第10回 檻に閉じ込められた親子〜ソウルケイジ

・第11回 こんなにも人を愛した殺人者がいただろうか〜ソウルケイジ

です。

これに先だって,小説「ストロベリーナイト」 の内容をドラマ化した特番があります。 また「ストロベリーミッドナイト」「アフター・ザ・インビジブルレイン」という続編もあります。

小説は

「ストロベリーナイト」

「ソウルケイジ」

「シンメトリー」

「インビジブルレイン」

「感染遊戯」

「ブルーマーダー」

「インデックス」

が今まで出版されています。

ドラマは原作をほぼ忠実になぞっているのですがドラマの方が圧倒的におもしろいです。

絶対的な主人公は,姫川玲子という名前の警部補です。警部補昇進は27歳の時で,第一作の「ストロベリーナイト」では29歳。27歳で警視庁捜査一課殺人犯捜査十係の主任警部補というのは警察では異例の出世・抜擢。170cmの長身で7cmのハイヒールを何足も履き潰しているという設定です。

この姫川班は,玲子さんの他に,菊田 和男巡査部長,石倉 保巡査部長,湯田 康平巡査長,葉山 則之巡査長で構成されています。

実は大塚 真二巡査長が第一作の「ストロベリーナイト」が班員だったのですが第一作の「ストロベリーナイト」であえなく殉職してしまうのです。 ドラマ・映画ともキャストは同じで,姫川玲子は竹内結子さん,菊田 和男は西島秀俊さん,石倉 保は宇梶剛士さん,湯田 康平は丸山隆平さんで葉山 則之はなんと今をときめく小出恵介さんが演じていました。

玲子のドラマ・映画での口癖は「このヤマ,絶対とるわよ」(このセリフはドラマ・映画で頻繁に出てくるのですが小説ではほんどでてきません)でこのかけ声のもと4人の刑事は頑張ってしまうわけです。

この人たちちょっと変わっています。担当の事件が無い場合,刑事は「在庁」という一種の待機状態になるのだそうですが,在庁のまま退勤時間が近づくと「今日も何もなかった」ということになるのですが電話がかかると「キター!!」という感じで皆嬉々として現場に駆けつけるのです。 姫川班では捜査会議の後皆で飲み屋(なぜが女将さんが中村静香)で反省会を開きます。

玲子は,所轄の交通課勤務だったのを現在の上司である警視庁捜査一課殺人犯捜査十係係長である今泉 春男警部に抜擢されて捜査一課入りをした経緯があるのですが,これは彼女の天性の直感に基づくプロファイリングの能力を評価してのことだったのです。

玲子は,自分の筋を読み,点と点をいきなり結んで捜査を進めていくという手法を採る場合が多いのです。そしてその手法により実積を残してきたのです。

これと対照的なのが捜査一課殺人犯捜査十係の主任警部補である日下 守(遠藤憲一)です。彼は若いときのある失敗をきっかけに緻密で客観的な捜査手法を取り玲子さんの捜査手法を危ういと評価しています。予断を許さない操作法は捜査会議での発表でも遺憾なく発揮されて皆を辟易させるほどです。玲子の天敵ですがその理由は捜査方法の相違だけでは無いのですが… もう1人主任警部補がいるのですが彼は,捜査一課殺人犯捜査五係の所属です。勝俣 健作(あだ名はガンテツ)。ドラマ・映画では武田鉄矢さんが演じていました。ガンテツは玲子さんだけでなく日下の天敵でもあります。

 

捜査手法が研究手法と通じるとこがあるなということです。

研究手法に,玲子式日下式があるとすればぼくは断然玲子式です。

ぶらぶら道を歩いている。棒にあたる。これが意味のあることだと思って筋を読む。あたった棒に意味があるとすれば理論的に起こるはずの現象を確認でき点と点が結びつけば,論文になるという手法です。

基本的な戦略は「線でつなぐ」なので日下式のローラー作戦と比較すると弱い側面があります。

危うい場合もあり日下の玲子への批判の根拠でもあります。実際姫川は単なる思いつきを重視した捜査のせいで何度も失敗も重ねるのです。

ぼくは遺伝子改変マウスなどを用いた実験を基本的には行わないので,ぼくらの仕事が今風なprestigiousな雑誌に掲載されることは最近ではほとんどチャンスは非常に低くなっています。

つまり15年前とは状況が完全に「時代」が違うのです。

古典的な手法で思いつきで点と点を結んで発表した論文でも20年経った今でも年に20回くらい引用される論文もありますからこれ以上は求めても仕方ない,と思っています。

 

ガンテツによれば玲子は犯人の気持ちがわかるのだそうです。実際に玲子は高校生の時にある事件に遭遇してそれがきっかけで警察官になったのですがその犯人を殺したいと思っているというか心の中で何度も殺していてそれ故殺人犯の気持ちになって犯行の筋を読むことができるのです。

細胞の気持ちになって筋を読めるのであればそういう研究者になりたいと思います。ファウスト博士のように魂を売り払ってでも。

 

麻見 和史さんが作者の女性刑事シリーズがもう一つあります。如月塔子シリーズです。

塔子は,警視庁殺人分析班 警視庁捜査一課十一係の部長刑事(刑事部長でかつ刑事)です。殉職した警察官だった父親を背負って頑張るのですが玲子さんとはちがい未だ巡査部長です。身長も152.8cmといわゆるチビです。

今までドラマ化されたのは石の繭と水晶の鼓動の二作です。両方観ました。堪能できます。

小説は8冊出ています。文庫化されているのは6冊で,これは全部読みました。

 


東北大学の五十嵐先生のtweetです。

 

ぼくは淀井さんの弟子でこの文章も折りに触れて読み返しています。本人からもこれと同じ話を耳にたこができるまで聞かされました。 ぼくはATL研究は日本医学が世界に誇る一大金字塔だと思っています。

 

これも今読み返してみると予言が成就された感がありすごいと思います。


PDF

岡本先生の論文が出版されました

On 2016/10/25 火曜日, in hypoxia reseacrh, by bodyhacker

先週の水曜日に行われました。

学長にも最初から最後までお付き合いいただき基礎系の先生方も大勢きていただきぼくは大満足。

ぼくもRNA-Seqの発現解析をできるようになりたいです。

IMG_0448


よかったです。 この論文でFACSの使い方とかしっかり学んでもらったのでもっと重要なprojectで活躍していただけました。

後はぼくが頑張ればどんどん論文化できるハズ。

皆も頑張ってとっとと大学院を卒業しよう!!


PDF
Tagged with:  
madeonamac.gif Creative Commons License