随分間が空きましたが元気でやっております。

結構すべき色んな事ができて結構忙しかったのです。


「Dr. Bonoの生命科学データ解析-読書会」

この秋に坊農秀雅さんが「Dr. Bonoの生命科学データ解析#drbonobonという本を出版されました。

ぼくも読んで書評のようなものを発表しました。

この本の読書会(というか一種のreaders’ meeting、白ミサ) (Dr. Bonoの生命科学データ解析-読書会)が先日静岡で開かれてぼくも参加しました。

坊農さんを含んだ5人の読書子が一章づつを30分で読み解くという趣向で会が行われました。

 

教科書の読書会に出たのは今までなかったことで得難い体験をしました。 -ちなみに大学生の時に3年くらい読書会やっていましたけど小説を読んでその感想を話すみたいな読書会やっていました。ブロンテ姉妹やオースティンを読んでいたんですよ!!)

実は25年くらい前、週に一回、静岡に通っていたことがあります。新幹線を降りてすたすた歩き県庁の横にある某病院で麻酔を担当していました。当時常勤の麻酔の医者がいない病院で日替りでぼくらが出かけて病院内からローテしてきている先生方と一緒に麻酔をするというような勤務を一年近く続けていました。 というような思い出がある街なのですがその後25年位全く縁が途絶えていました。 新幹線を降りて病院まで歩いて見ました。

 

駅を降りであまりに綺麗になっていたのでびっくり。 すごく長い行列があるので何かと思っていたら宝くじの行列でびっくり。 女子高生がすごく多いのでびっくり。 病院もすっかり現代的な物になっていました。

その後駅前に戻り会場入りしました。

駅から至近な場所にあんなスペースがあるのですね。調べると値段も手頃です。さすが静岡です。 結局参加者は35人ほどになり盛会でした。(参照1,参照2)

基本的にはDr. Bonoの生命科学データ解析を解説する形式でした。#drbonobon を通読していたぼくでも読み落としの部位などに気づき大変ためになりました。

理系の技術書などでも読書会というか勉強会はよく開かれるのだそうですね。

面白い論文を読んだ時著者が近くにいる場合にお呼びして一時間くらいで解説をしていただくという事はしたことがあるのですが今回のような読書会(readers’ meeting)は初めての体験でした。

今回の読書会のもう一つの特徴は著者ご自身が参加していたということでした。 ぼくも「第5章」を担当したのですが本人の前で本を解説するのはとても緊張しますね。

と言う訳で日頃余りしない経験をしました。

読書会の後は、駅前のお店で有識者会議の参加して20:30頃新幹線で帰阪しました。

今度大阪でもこんな会合を開こうという計画があります。


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#drbonobon

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS: DataBase Center for Life Science)の坊農秀雅さんが本を上梓されました。

Dr. Bonoの生命科学データ解析」 メディカル・サイエンス・インターナショナル 本体価格 3,000円 ISBN 9784895929011 です。 #drbonobon

 

今日が発売日ということですが癌学会の会場では昨日から販売をはじめているようです。

 

ちょっとしたきっかけで発売前に読ませていただきました。

坊農さんとはぼくらがやっている「がんとハイポキシア研究会」の縁でもう10年以上のお付き合いがあります。 関西のご出身でいわゆる実家がぼくの家と近いということもあり,お盆・正月に会う事もありましたがぼくにdry解析の必要が無かった事もあり共同研究未満の状況でした。

「次世代シークエンサーDRY解析教本」が出版され読んでみると俺でもできるんじゃないかという気が湧いてきて挑戦を試みました。

自前の配列と公共データベースの配列を使ったRNA-Seqです。

ちょうど職場の講演会に坊農さんをお招きした次の日face-to-faceで必要なアプリのインストールから付き合っていただき解析がはじまりました。とてもよく書かれた本なのですがやっぱりこけるわけです。これはある種の基本的な知識(リテラシーともいいます)がぼくに欠けていたというとに起因するとレトロスペクティブには思えました。

今回のbono本はこの部分に主眼が置かれているとぼくには感じました。

実際どこかで聞いたことがあるなという話が満載なのですがこれは坊農さんから文字通り「聞いた」話なのです。

皆さんの中にもバイオインフォマティクス解析に興味を持っている方がいると思います。隣に「坊農さん」がいない研究者がまずはじめに読むべきなのがこの本です。

「Bono本」から「Dry解析本」でRNA-Seq解析を行い論文の図表を自分で作成しデデータマイニングすることができるようになることをぼくが保証します。

 

解析はお金があれば外注でもできると思いますが,自由度に乏しくなんちゃって「データマイング」という域にも至りません。研究に活かそうと思えば,なので自分である程度できるようになることが肝要です。

近くに専門家がいても彼らとて研究者でありこちらの都合のよい時間にやってきて問題を解決してくれるとは限りません。自分のmacで思いついたらちょっとできるというのが重要だとぼくは感じています。

 

読み進めるとちょっと躓く箇所が初心者にはあると思います。キーワードに赤線を引いてそこは読み飛ばしましょう。

この #drbonobon は辞書的な使い方をする便利本ではなくまず基本知識を得るための教科書ですのでまず一回は通読してください。 読者の理解度に合わせて得るものがあります。

 

Dr. Bonoの生命科学データ解析次世代シークエンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊)

 

 ご本人もブログで話題提供しておられます。

 

 

最後にいつぞやの分子生物学会+生化学会のシンポジウムを坊農さんとぼくで企画したときの惹句を掲げておきます。

巷間,ビッグデータの時代だといわれる。生命科学の分野での典型例は本邦のDDBJも参加する「DDBJ/EMBL/Genbank国際塩基配列データベース」であろう。その活用も重要な役割を占めるようになってきた。公共データベースを利用した遺伝子発現動向の精査に基づいた研究戦略の策定により「山中因子」の同定に至ったという逸話を持ち出すまでもなく,利用は今や研究者に取って必須である。 講習会,チュートリアルビデオなどを活用した学びの機会は数多く提供されているものの「自分」に必要なデータベースを探し出し,ツールを見つけて自家薬籠中のものとするのは容易ではない。 本ワークショップでは,キュレーション・メタ情報の付加を含んだ公共データベース構築,それを活用するためのアルゴリズム作成とプログラミングを含む活用ツール作り,また研究者とデータベースの関わりの実際を紹介して誰でも”バイオインフォマティシャン時代”を俯瞰する。


「いつかできるから今日できる」

 

映画「あさひなぐ」の主題歌がビデオで見れるようになっています。 西野さんの切ない歌い出しがたまりません。

タイトルは「いつかできるから今日できる」ってぼくにとってのDry解析みたいなものですね。


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