紙の本の"1Q84”

On 2011/11/9 水曜日, in book, hypoxia reseacrh, Kindle, by bodyhacker

ある論文の査読に4時間も費やしてしまいました。ちょっとおろそかにできない感じがしたので気合いを入れました。
眼が痛いです。

HIFネタです。ホント最近すごいですよね。特に”Cell”系の雑誌でのHIFのモテ方は異常なくらいです。
ぼくが研究を始めた頃は年間の論文の数は20−30篇くらいで全然流行っていなかったのですよ。それが今や一日3篇から4篇は出版されるのですから…

Hypoxia-inducible factor 1-mediated human GATA1 induction promotes erythroid differentiation under hypoxic conditions.

J Cell Mol Med. 2011 Nov 3. doi: 10.1111/j.1582-4934.2011.01484.x.

これって結構重要な感じがします。だってGATA1とHIF-1ですよ。

Activation of the HIF Prolyl Hydroxylase by the Iron Chaperones PCBP1 and PCBP2

Cell Metabolism, Volume 14, Issue 5, 647-657,

これには驚きました。執念とも言えるかもしれません。

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amazon.comに注文してた“1Q84”が今日到着しました。送料込みで$21.52です。
Kindle版で読んだのですがやっぱり本がほしかったんです。

装丁がいいです。

1Q84

よくある表紙の写真ですがカバーを外すと

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こうなります。

後ろの表紙は
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こうですがカバーを外すと

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です。

青豆と天吾。

背表紙は
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こうです。
表紙をめくると

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月が二つの1Q84です。

ちなみに,使われているFONTは今回は”Minion”です。ぼくのMacには入っていました。


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Nature Medicineから
Loss of JAK2 regulation via a heterodimeric VHL-SOCS1 E3 ubiquitin ligase underlies Chuvash polycythemia

Nature Medicine (2011) doi:10.1038/nm.2370

Ohhって時々思いもつかないようなホームランというか三塁打的な論文を出してきますよね。
これもぼくらの報告と相補なう良い論文ですね。

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コンピュータを通じて共同作業を行う場合にファイルのやりとりをする場合があります。
ファイルの名前の付け方にもいろんなルールがあります。勝手に名前をつけるとトラブルの元になります。
wikiにも記載があるほどです。
Apple社も以下の様なことを推奨しています。

ファイルに名前を付けるときは、次の点に注意してください。

コンピュータによっては、ファイル名に特殊文字を使うと問題が発生する場合があります。したがって、ファイル名には、アルファベットの大文字と小文字(A〜Z、a〜z)、数字(0〜9)、およびアンダースコア(_)のみを使用します。

ピリオド(.)はファイル名と拡張子との区切り文字としてのみ使用し、それ以外の場所には使用しないでください。ファイル名の先頭にピリオド(.)を使用することはできません。

ファイル名に拡張子(たとえば「letter.doc」というファイル名の「.doc」や「picture.jpg」の「.jpg」)を付けることによって、どのアプリケーションでファイルを開くかを区別しているコンピュータもあります。この場合、ファイル名に拡張子が付いていなければ、ファイルをダウンロードした人は、どのアプリケーションでファイルを開けばよいかがわかりません。

また、短いファイル名が必要なコンピュータもあります。誰もが共有ファイルを利用できるようにするには、8文字以下(拡張子を含む場合は拡張子を入れて12文字以下)のファイル名を付けてください。

ぼくはファイル名になるべく日本語を使わないようにはしていますが,他人にファイルを送る場合など便利なことがあるので厳密に守っているわけではありません。しかしファイル名に”ブランク”をつかうことはありません。またファイル名にギリシャ文字などは使わないでください。妙な事が起こることがあります。
つまり”前田敦子.doc”はあっても”前田 敦子.doc”は無しで,この場合,”前田_敦子.doc”とします。”HIF-1α.doc”は無しで”HIF-1a.doc”です。
またこれは大学院の先生方にも口を酸っぱくして話していることなのですが,自分の作業履歴はすくなくとも一日の単位で保存してください。
つまり”小島陽菜.doc”というファイルで作業を始めて作業が終われば”小島陽菜20110621.doc”という風な名前で保存します。二日後に修正を加えれば”小島陽菜20110623.doc”と名前をつけます。投稿まですべてのファイルを保存するわけです。ぼくが作業をして結果を返すときは,”小島陽菜20110622-KH.doc”の様な名前をつけてぼく(KH)が修正を加えたことを明らかにして送り返します。
自分一人で作業をする場合はこういった工夫は必要で無い場合がほとんどですが,他人と共同作業を進める場合は何らかのルールがないと収集がつかなくなります。

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Nature.comがScientific Reportsという電子ジャーナルを発行していることを恥ずかしながら今日知りました。

これってNature Communicationsとどう違うんでしょうね。
違いはともかくGuide to refreesというページに良いことが書いてありました。

To enable rapid and easy decisions we have developed a template approach. The review process will answer the following questions:

  • Is the paper technically sound?
  • Are the claims convincing? If not, what further evidence is needed?
  • Are the claims fully supported by the experimental data?
  • Are the claims appropriately discussed in the context of previous literature?
  • If the manuscript is unacceptable in its present form, does the study seem sufficiently promising that the authors should be encouraged to consider a resubmission in the future?

In addition to answering the previous questions, referees can provide further information, including comments that may answer the following:

  • Is the manuscript clearly written? If not, how could it be made more accessible?
  • Have the authors done themselves justice without overselling their claims?
  • Have they been fair in their treatment of previous literature?
  • Have they provided sufficient methodological detail that the experiments could be reproduced?
  • Is the statistical analysis of the data sound?
  • Are there any special ethical concerns arising from the use of animals or human subjects?

他人の論文を断るときも断られるときもこうありたいものです。


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FIH-1はfactor inhibiting HIF-1

On 2010/8/24 火曜日, in hypoxia reseacrh, Thus Spoke Dr. Hypoxia, by bodyhacker

今日は研究の話から。
Kidney Internationalからーどうでもいいですけどこの雑誌名ってすごいですよねー
Factor inhibiting HIF limits the expression of hypoxia-inducible genes in podocytes and distal tubular cells

Kidney International advance online publication 18 August 2010; doi: 10.1038/ki.2010.284

FIH-1が腎臓で綺麗に染まっていてなかなか興味深い論文だと思います。主張もかなり斬新です。
最近毎週の様にFIH-1の論文が出ています。ぼくも手持ちのデータを出したいと思っています。
この論文のタイトルには誤りがあります。 FIH-1はfactor inhibiting HIF-1 の略です。Factor inhibiting HIFという名前の分子は今まで記載されたことはありません。またFIH-1はFIH1ではありません。そこらへんはきちんとして欲しいです。

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日本学術会議の金澤会長がホメオパシーをほぼ全否定する談話を発表しました。
画期的なことだと思います。せっかくだからもう少し練ったものを発表されたら良かったと思います。

例えば

「幼児や動物にも効くのだからプラセボではない」という主張もありますが、効果を判定する のは人間であり、「効くはずだ」という先入観が判断を誤らせてプラセボ効果を生み出します。

という言い方はいただけません。現代医学にもプラセボ効果としか言いようのない現象はいくらでもあります。

また

ホメオパシーについて十分に理解した上で、自身のために使用することは個人の自由です

ともありますが、これって何なんでしょうか。信教の自由は犯されないということを言っているのでしょうか。

とにかくこんな物が総合医療だとか代替医療だとか称して保険適用になることだけは避けて欲しいと思います。

麻酔科学会のページに
専門医試験受験者の帝王切開経験数集計の公表についてという発表がありました。
5年間で0という人もいるのですね。というより生涯一回もしたことがないのかもしれません。まあこれはこれでいいのかな。
ぼくもこの5年間で例えば Fontan手術の麻酔は0回だし肺移植の麻酔もしたことがありません。これでも専門医というか指導医です。VSDや大動脈置換術0回という専門医もいると思います。総肺静脈還流異常とかに至っては0回の人の数が圧倒的に多くて、PDAでも0回の人の数の方が多いかもね。


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