macで使っている主なアプリ 2020年3月

On 2020/3/23 月曜日, in hypoxia reseacrh, by bodyhacker

昨日の朝から日当直をしていましたが12時間以上も麻酔をしてヘトヘトですがこのまま仕事しています。

世の中、コロナウイルス感染とは別の疾患、事故で亡くなる人の数が遥かに多いのだと言うことを再認識しました。


アプリ

以前「論文を書く-ぼくの方法 大学院生との議論のメモ」というエントリーを書いたのですがずいぶん昔の事でこの前どんなアプリを使って作業を進めるのか学生に説明しようとして見直すと当時と結構異なっていたのでバージョンアップをしようと。

使っているのはMacでごく一部を除いて最新のmacOSです。今現在version 10.15.3 (macOS Catalina)です。

キーボード:REALFORCE R2 「PFU Limited Edition」 を使っています



日本語変換システム: ATOK を継続して使っています。 普通の文章を書くときは純正の日本語変換でもまったく問題はないのですがprofessionalな文章だとやっぱり鍛えてあるATOKということで。

Tweetbot : twitterのクライアント

Alfred : launcher

PopClip:コピペ支援アプリです。

Karabiner-Elements:キーボードのキーアサインを便利に変更するためのものです。USキーボードを使う人には便利というかこれなしでは困ります。

Prism :統計ソフト 素人だし。バージョンはどうでもほとんど影響はありません。でも統計というよりきれいなグラフを描くアプリとして用いています。

Mailplane:メーラーです。全てのメールはgmailのアカウントに集めていますのでこれで処理します。OSXについている「メール」は削除していませんが使うことはほとんどありません。DOCKにも入れていません。

アウトラインプロセッサー: workflowry (webサービス)に移行しました。 タスク管理: 「リマインダー」と「Todoist」(課金なし)を組み合わせてます。

OmniGraffe Proffesional 7 : お絵かきツール ベクタ形式のちょっとしたお絵かきに重宝しています。

Adobe Illustrator:論文投稿はこれで仕上げる。

Google Chrome/Vivaldi: ブラウザーはこれら。

メモ」と「テキストエディット」: エディターとして適宜取り替えて使っています。

ワードプロセッサー:

Pages :OSX上で動くワープロです。論文はこれを使って書き進めます。

MS Word:やっぱり入れています。Pagesから.doc形式で出力して投稿サイトからupします。

Scrivener: 一種のエディターだと思いますがアウトラインプロセッサー的にも使えます。最期にまとめて.rtfを含むいろんな形式で出力できます。普通は.rtfとして出力してステップに進みます。執筆の時に中心的な役割を果たしています。

Endnote: 論文作成の文献はこれで管理しています。最近は機能が多すぎます。ぼくとしてはいろんな雑誌の形式を忠実に反映して文献をつけてくれたらそれでいいのですが… 多分他のアプリで代用できると思いますがこれで慣れてしまって今更別のものを使う気にもなれず、という感じです。

Markdown editor: 「Typora」 ブログのエントリーはこれで下書きをしますしeditorの代わりに結構多用しています。

Excel : 表計算 特に特別な使い方をしているわけではありません。論文用にTableを作るときにも使うし。

Focus(課金なし) :タイマーです。モドーロ・テクニック用のツール。

Keynote:プレゼンソフトはこれです。Powerpointも入っていますが他人からのfileを開いたりどうしてもPowerpointでないといけないという頑固な学会・研究会でしか使いません。


webサービス

Google Drive: 使っています。研究室内のfileの受け渡しなどにつかっていましたが今は使用頻度は高くありません。また使い始めると思います。おなじ事はDropboxでもできるとは思いますが気分の問題とgoogle+との関連です。

Grammary: ちょっとしたmailから論文の下書きまで英文を書くときには書かせません。課金しています。

Dropbox: 使っています。全てのmacでfileを共有しています。

Slack: いまや必須 多分皆さんも利用していると思います


macOS 関連

連絡先」 「プレビュー」:pdfだけでなくtiff fileも開けます。.aiも開けるもんね。

辞書」 「リマインダー」 「メモ」: 「リマインダー」は必須でiPhoneとかWatchと当然的に連動しています。

テキストエディット

純正は結構使っています。

Time Machine:バックアップはこれにしてます。Time Capsuleがバックアップ先です。母艦でのみ30分に一回の頻度で行っています。研究室には普段は電源を入れていないhard diskがもう一台あり思い出したようにここにもバックアップをとっています。Time Capsuleとこのhard diskにはチェーンをかけて持ち出しができないようにしてあります。iMacを持って行かれても平気ですがhard diskを持って行かれると困ります。


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論文を書いてくれるサービス

On 2016/10/13 木曜日, in hypoxia reseacrh, by bodyhacker

メディカル論文執筆RESCUEというサービスがあるのを今日業者からのdirect mailで知りました。

論文をかけるだけの研究データは溜まっているが、日々の臨床に追われ、論文を執筆する時間がない方

向けに60万円から100万円で論文を”書いてくれる”サービスのようです。

これ誰が書くのか解りませんけど普段やっていることにこの位の値段がつくのだと思いました。まああるだろうなという感じです。

すごく以前に,手術室でお昼ご飯を食べているときに奧さんが医院を開業されている先生が弁当を持参されていました。その弁当,実は吉兆のものより値段をつけたら高いのではないかという話になりました。奧さんが30分働いて稼げる金額を考慮すればその弁当は吉兆の弁当より高くなるというそういう話でした。

論文サービスもどれくらいでやるのか解らないのですが,一応5日掛かるとしてぼくが他の仕事を全くせずそれに掛かったとて金額的にはどうなるのだろうかと思いました。

一方コンスタントに仕事があるとすれば,週に100万の稼ぎになるのであれば月400万で何か結構いい商売ではないかとも思いました。

どうでしょうか? ぼくでよければ,ぼくに依頼しませんか? 初めの10人くらいは安くしておきます。

大学で研究の進め方とか論文の執筆とかを職務としてサポートしてくれる部署があるといいですね。

 

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所属研究機関では大学院講座というセミナーシリーズがあります。

大学院生はこのうち決められた回数を受講する必要があります。

明日,二回に分けて押味 貴之先生(日本大学医学部医学教育企画・推進室(医学英語))の講義があります。

一回目は 医学英語論文抄読会を魅力的にする10のステップ: 初心者からもできる医学英語論文の効果的な読み方      

二回目は 医学英語論文書き方の基本: アカデミックライティングの基本ルールを理解しよう!   

医学英語論文を執筆する際に、「コロン」や「セミコロン」の使い方で悩んだことはありませんか? また数字に関して、どんな場合にスペルアウトして、どんな場合にアラビア数字を 用いるべきか、ネイティブチェックでも意見が分かれたというような経験はありませんか? この他、単位や記号など、そもそも英語でどのように正しく読み上げていいのか わからない、そんな先生も意外と多いのでは? そこでこのセミナーでは、そんな「アカデミックライティングの基本ルール 40」を ご用意いたしました。 今まで「何となく使ってきたけど厳密なルールは知らなかった」「聞きたくても 誰にも聞けなかった」というような医学英語論文の基本ルールを基礎から楽しく学びます。 初心者の方から上級者の方まで楽しめる内容をご用意していますので、是非ご参加ください。

以上が二回目の講義の内容です。ぼくも参加してみようと思います。

 

というようなことをお昼の時間に研究室で話していたら論文の書き方の指南書はたくさんあるけど精神論とかが多くてテクニカルな内容のものが少ないなという話になりました。

ぼくと話していた先生も論文はWordを最初から使って書くのだと話していたのでちょっとびっくりしました。

ぼくは頭が弱いので初めから真っ白な紙(というか画面に)論文を起稿し始めるというような事はできません。

以前にも書いたことがあるのですが,ぼくはMacのいろんなアプリを使って作業を進めていきます。

以前と重複する内容なのですが書いてみます。

道具

Mac

始めて買ったコンピュータがSE-30で以来Macしか使っていません。現在はiMacの数年前のものとMacBookを使っています。以下に説明したアプリは両方のmacにインストールしてありますので基本的にどこで作業しても論文の執筆に関してはおなじ環境が使えます。 プロジェクトを思いついて最終的に論文になるまでの全てのファイルはDropbox内に保存しておきます。全ての実験結果や作業過程を保存しますので最終的に一つのfull paperの場合1GB程度のスペースを使うことになります

アプリ

  1. OmniOutliner
  2. OmniGraffe professional
  3. Papers
  4. Scrivener
  5. Pages
  6. MS Word
  7. Endnote
  8. Adobe Illustrator
  9. Prism

Prismは最近では統計の部分は”R”を使って,しかしグラフはPrismで描くという使い方にしています。

これらには機能的にはウェブで同等のサービスが提供されていたりしますがアプリ版を使っています。

アプリ間の連携の「型」ができあがっているので今のところこれを変えるつもりはありません。

この際「無料」だとかそいうったことは無関係です。 大学などに所属していると割引もあります。例えば,OmniOutlinerは教育機関に所属していれば$29.99で買えます(Proでも$59.99ですがぼくは普通のものを使っています)。

一つの論文で100万もらえるのならこれくらいケチるなという考えです。

 

文章を作っていく

ここではテクニカルな事だけ述べようと思います。

「前準備」でつくったOmniOutlinerの項目をさらに見直し細分化していきます。大体一つのパラグラフになるように細分化されたらそのパーツ毎にScrivenerで文章を書いていきます。 気がつけば引用文献もEndnoteから貼り付けていきます。

書き上がれば出力して一つのfileに出力して以後はPagesで推敲をおこなっていきます。

“もうよし”という段階でPagesからMS.Wordの.doc形式で出力して共著者へはこの形式で配布します。 最後に英文校正のサービスに出して投稿です。

まとめ

よほどの能力がないと真っ白な画面に論文を頭から書き込んでいくやり方では途中でいろんな「ほころび」・「破綻」が生じます。 作業を細分化してまた焦点を意識的にしぼりこんで作業を始めることで少なくとも他人が読んで納得できる論理的な文章になっていくと思っています。

学会の抄録程度の長さの日本語の文章であってもこの作業を毎回繰り返します。 論文の「でき」は,初心者の場合ほとんどが「英語」の問題ではありません。どれだけちゃんと考えたかの問題なのです。日本語の抄録でも,多くの初心者は日本語は大丈夫と思っていますが大間違いです。

最後に追加した項目-407

ライフハックで雑用上等〜忙しい研究者のための時間活用術は参考になります。


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昨日当直でした。20時前に手術が全て終了というぼくの当直史上初の出来事が起こりました。

 

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土曜日の朝からの某任務のため金曜日から東京でした。

任務を無事終えて帰宅した翌朝出かけようとしたらiPhoneで使っていたearphoneが見当たりません。

鞄の中など全て探しましたがありません。

新幹線の中で音楽を聴いたことは覚えていますから新幹線かそれ以降ということになります。

JR東海、JR西日本に電話連絡をして阪急池田駅と梅田駅、土曜の夜によったラーメン屋に尋ねましたが該当のものはありませんでした。

家内にはまた怒られ「だから出世しないのだ」とかいわれ散々な目に遭いました。仕方ないのでiPhone 5Sについていたearphoneを使って一日を過ごし「結構いい音だな」と自分を慰めていました。

いっそ新しいものをと思ったのですがほとぼりが冷めるまで我慢しようと考えていました。

夜を迎えて風呂から上がって月曜日の朝に着るものなどを用意していつもの場所におこうとするとearphoneがそこにありました。一旦、居間においてある鞄の横に移して別のことをして部屋に戻ると家内が怒りまくっていました。どうもぼくが昼間のうちに新しいものを買ったのだと思ったようなのです。説明すると納得してもらいましたが同時に「お前の様な不注意な人間はもうダメだ」と再度言われました。

そんなことならいっそ新しいのを買ったらよかったと思いました。

 


Apple Macintoshが1984年の1月24日に発売されて30年なのだそうです。

ぼくのfisrt macは1989年に買ったSE/30でした。ハードディスクと一緒に通販で買って確か80万円位しました。

HyperCardというアプリがついていて HyperTalkという言語を使って結構いくつものstackを作りました。

その後インクジェットプリンターも買ったので結構長くSE/30は使っていました。

大学院に入って当時出ていたmac cloneを使っていましたが持ち運びしたいということでJY先生のお下がりのPowerBook Duoも同時に使っていました。このころからInternetとかe-mailとかが一般的になってきて研究生活にも無くてはならないものとなっていました。

なんか昔のことを思い出してしまいました。

ところであのGLSさんのfirst macもSE/30のはずです。彼の部屋に飾ってあります。初めてのRO1 grantをそれで書いたのだそうです。

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今年最大級の発見が昨日から話題になっています。

素人のぼくでもいろんなことが思いつくopenな問いを話題を提供する大きな発見なのだと思います。

着想は相当早くからということですが、おそらくこの話を聞いて「ああそうなんだ」と思う人はいると思います。

例えばMUSE(Multilineage-differentiating stress-enduring)細胞も詳細の異同はあるとしてもコンセプト的には似たようなものかも知れません。しかしMUSE細胞について今回全然言及されていませんね。大丈夫なんでしょうか?というよりいまどうなっているんでしょうかMUSE細胞。これは突っ込むとやばそうなので止めておきます。

またこれも方向性は似てますよね。

 

アイデアに対する信念とそれを可能にする道具立てがそろうと「何かが可能になる」と云うことなのかもしれません。条件の設定とかにすごく手間が掛かったのだと思います。実験量も大量でそのわりには著者が少なく結局はほとんどの実験は彼女自身でやったのではないでしょうか。

iPS細胞で細胞のreprogrammingを起こすことができるという確固とした事実があるから意味突き進めたのかもしれません。やっぱりiPS細胞ありきだとは思います。

 

研究の推進者が30歳の女性だったという事もこの報道を大きくしている理由だと思います。

学位を取得してまだ三年くらいなのだそうです。

 

数学とか理論物理学は特権的な学問です。つまり努力では如何ともしがたい知的能力がないと一人前になれないという非情な分野だということです。

生物学はまだまだアイデアと熱意で何とか突っ走れる民主的な学問分野だということが今回の一件でもあきらかになったと思います。

ノーベル賞ランナーの向こうを張ってアイドル研究者になってもらいたいと思います。臨床応用なんて暇のある人任せにして王道を歩んでもらいたいと思います。

多くの理系女子学生の星にもうなっているしね。

 小保方さん今現在「今まで生きてきた中で、一番幸せです」状態なのでしょかそれとももっと他に幸せなことがあるのでしょうか。

学会に出かけたら多くの人が自分らが命名した分子や細胞の名前をしゃべっていたらホント痛快ですよ。ぼくも某分子でそういう経験したことあります。エレベータで握手求められたりしますから。今回はそれだけじゃ済んでいないようですけど。 

でもすごいのは理研の力です。大学院を出る前の研究者のアイデアをここまで大きく膨らませるなんて。 竹市先生ってすごいと思います。上田さんを連れてきたり小保方さんを連れてきたり。

若いマウス由来の細胞だけで無くいろんな種類の細胞でSTAPが起こるかどうかなどが一番の焦点なのでしょうがもう検討は相当進んでいるんでしょうね。 [New York Timesに出てますね。大人の猿からはOK、ヒト新生児の皮膚からもいけるけど大人のヒトからはまだだそうです。] 

 

この細胞控えめにpluripotentと言っていますがso far totipotentでいいじゃないんでしょうかというかそこが言いたいのでは。

つまりiPSじゃないよと。なのでSTAPじゃなくてiTS cellとホントは命名したかった、でもなんぼなんでもこれはヤバイか。

またこれってiPSじゃなくてiTSだからiPSの特許とは無縁なんでしょうか。人ごとながら気になります。もっとうまくいったら特許を独り占めにしてじゃんじゃん稼いじゃってください。

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たぶん今日家に帰ったら家内に「お前はもう研究止めろ」と言われると思います。彼女はまともな研究はテレビとか最低限新聞に取り上げられるからそうでないぼくの研究は意味がないと本気で思っていますから。

 


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