金曜日に続いて日当直しています。

土曜日の朝に共同研究をしているH田さんが来てくれて3時間ほどいろんなことを話せて良かったです。 午後からはtaroが来て某講演会の作戦会議でした。うまくいくことを祈っています。

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久々のエントリーです。

原発事故と科学的方法という本を読みました。

著者の牧野淳一郎さんという方は現在は東工大で理論天文学、恒星系力学、並列計算機アーキテクチャーを研究している人で原子力関連の専門研究者ではありません。

3.11の地震による原発事故について政府、東京電力から提供される「公式発表」に疑問を感じて公表されたデータと「高校の物理でならう程度」の知識でできる計算を自分で行って原発から放出されてしまった放射性物質の量が膨大であることに気付いた、その後のことを個人的な日記などの記録から淡々と記録して「科学的な方法」「科学者の態度」について考察した本です。

岩波書店の雑誌「科学」に連載していた「3.11以後の科学リテラシー」というタイトルの文章の内容を一般向けにtwitterやウェブサイトに筆者が書いたものと一緒に再構成することでまとめて出版された本で本の帯によれば原発再稼働と健康被害推定をめぐる「実践的な思考の書」ということです。

 

岩波書店は科学という名前の月刊誌を発行しています。 東北の地震と続発する原発事故つまり3.11の後にはこれに関連した放射線・エネルギー問題が特集として取り上げられることが多くなっていると思います。 一種の「科学」の「世界」化ですね。さらに 科学者と社会の関わりに力点を置いた数多くの書籍が岩波書店から出版されてもいます。

信頼の条件――原発事故をめぐることば

科学者に委ねてはいけないこと――科学から「生」をとりもどす

などはその例です。

 

「科学」の最新号は11月号ですが 特集は「“科学的”とは何か」です。

特集の論文のタイトルを列挙してみます。

  • 「想定外」にみる科学主義の虚偽──地に墜ちた日本国家の信頼と倫理……松原望

  • 医学情報の科学的条件──100mSvをめぐる言説の誤解を解く……津田敏秀

  • 「科学的」であることを市民の側から考えるために──東京電力原発事故と被曝をめぐる「科学」的言説をめぐって……影浦峡

  • シミュレーションと予測の使われ方──福島原発事故をめぐって……牧野淳一郎

[規制と科学]

  • 放射線とベンゼンを例にみる規制と科学観──社会的受忍レベルの裂け目……神里達博

  • リスク評価に“中立”はあるか──森永ヒ素粉乳中毒事件にみる文脈依存性……中島貴子

[科学と社会の諸相]

  • 論理学とサイエンス・コミュニケーションの補完……村上祐子

  • 科学という眼鏡……有田正規

  • 科学的である,という難事……岩田健太郎

  • 「原発と活断層」をめぐる「科学」の扱い……鈴木康弘

  • 福島第一原子力発電所から海洋への放射能流出の現状……神田穣太

いろんな人が俎上に上げられ批判されます。

以前紹介した医学と仮説――原因と結果の科学を考えるの著者である津田さんによって東京大学病院の中川恵一医師がばっさりと斬られます。 原子炉事故後積極的に発言されてされていましたが「医学情報の科学的条件──100mSvをめぐる言説の誤解を解く」では曰く「目覆いたくなる日本の医学者」の一人として「データを科学的に論じる能力に欠けた医者」として批判されています。 ちなみに中川医師は牧野さんにも「原発事故と科学的方法」で批判を受けています。要するに「科学的」でないというわけです。

それでは「科学的」とは何かまたはどういうことかという事が問題になるわけですがこれを明確に定義することはできないので結局は歯切れの悪い議論となりなり[科学と社会の諸相]というようなアプローチとなるわけです。

しかし「科学の科学性を担保するのが誠実にして謙虚な弁証法だ」という言説には同意はできないしそもそも何のことを言っているのかぼくには解りません。

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科学雑誌”Nature“で科学者やその業績をどのように評価するかについての議論が特集として取り上げられました。

IMPACT:THE SEARCH FOR THE SCIENCE THAT MATTERS という特集です。

“The maze of impact metrics” はこの号のeditorialで問題が要領よくまとめられています

“Research assessments: Judgement day” 研究機関の評価のあり方に力点をおいたものです

Science publishing: The golden club “ CNSとまとめられるCell, Nature, Scieceなどに論文を載せている研究者はそれだけで「すごい」と世間的には思われていろんな「得」をするのですが最近はその神通力が効きにくくなっているかもというお話です。

Publishing: Open citations”, “Referencing: The reuse factor” この2つはちょっと短めのコメントです。

“Who is the best scientist of them all?”は ちょっと面白い読みものです。

Google Scholarの統計に基づくと歴代の研究者の中でh-indexの順番は 一位:S Freud:282 二位: E Witten: 243 三位: WC Willet: 220 だということです。 生物学に限ればM Friedman: 193, SH Snyder: 176, B Vogenstein: 167 となっています。

研究領域が異なるとh indexを直接比較することが適切でないというか場合があるというか比較できないのですがそれをどう補正するとよいのかという研究も紹介されています。

その領域の研究者のh-indexの平均で個々の研究者のh-indexを割った値をhs indexとして使うとよいのだそうです。(Universality of scholarly impact metrics)

この補正を加えると歴代のhs indexの一位はあのKarl Marxとなるのだそうです。

インディアナ大学の研究チームが作った Scholarometerというツールが紹介されています。これはGoogle Scholarのデータを使って研究者の名前と研究分野を入力するとh-indexを計算してくれるアルゴリズムです。

例えばShinya Yamanaka: 64(biology)と出てきます。

Gregg Semenza:125(biology)です。 これの面白いのは共著者の順番も出てくることです。

K HirotaはGregg Semenzaの共著者のランキングの二番目で15です。ちなみに一位はH Zangの17です。ぼくはGLSの共同研究者の二番目にランクされるというわけです-あくまで論文数ですけど-。

 

それではお前はどうなんだということで、Kiichi Hirota:40(Biology)でぼくの共著者ランキングはS Takabushi:18, K Fukuda:15, T Tanaka:13となっています。

 

全国の某診療科の教授のh indexランキングも作ることが可能ですね。だれか学会で発表したらどうでしょうか? この道具を使えば簡単ですよ。 例えばKazuhiko Fukuda:38(biology)で共著者のランキングはK Hirota:29, G Shirakami:22となります。 ぼくって福田先生とこんなに共著論文があったんですね。最大の共同研究者です。まあそうだと思っていたのですが実際にそうでした。

その他も10人ほど調べましたが差し障りがあるので公表しません。自分で調べてください。

名前がありふれている人は検索結果が全てその人のものとは限りません。 またGoogle Schalorから漏れている業績は検索に掛かりません。

日本語の特に製薬会社の出しているPR誌の「論文」や出版社から出ていても査読などのない「論文」-それを論文と呼ぶのかどうかわかりませんが-は検索から漏れています。 これはもちろんぼくの責任ではありません。

 

h indexは個人の業績を出版された論文などをもとに解析したものですが最近はAltmetricsという名前で呼ばれる手法も取り入れられています。

alternative metricsから作られた造語だということです。

ソーシャルメディア等における研究成果への反応をリアルタイムで収集し、そのインパクトを論文単位で定量的に表示する新しい研究評価指標とのことです。(参照)

ちょっと調べるとこんなページあんなページも見つかります。 

PLoS Oneこんなページを作っています。

 

評価の指標が単一でないことはよいことだと思います。

 

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一方”Science”では”Communication in Science: Pressures and Predators“という特集を組んでいました。  

今大流行のOpen Journal、peer review、大勢の人間を一カ所に集めて行う「学会」の問題点などを議論しています。  

“Scientific Discourse: Buckling at the Seams”

“Improving Scientific Communication”

“The Rise of Open Access”

“The Seer of Science Publishing”

“The Power of Negative Thinking”

“Hey, You’ve Got to Hide Your Work Away”

“Cloak-and-Dagger Publishing”

“The Annual Meeting: Improving What Isn’t Broken”

“Who’s Afraid of Peer Review?”

    査読のいい加減さがあばかれています。神戸市にある某国立大学の発行している医学雑誌も相当なもののようです。

“What’s Lost When a Meeting Goes Virtual Meetings”

“That Flatter, but May Not Deliver”

“Public Science 2.0—Back to the Future”

 

“The Power of Negative Thinking”“Who’s Afraid of Peer Review?”“Public Science 2.0—Back to the Future”は一読をお勧めします。

 

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週に二往復強制的にある程度長時間列車に閉じ込められます。

以前はMacbook Airで仕事をしていたのですが,揺れるので列車酔いになってしまい効率が悪いのでキッパリと止めてしました。 代わりに紙に印刷されている文字を読むか寝るかどちらかとしました。 本を読むことが選ぶことが多くなっています。

ぼくの速度だと片道で新書一冊ですね。この分量が絶妙です。 新書は机に座って取り組むより列車中で読むと意外な発見がありよいと思います。 金銭的なコストは1時間300円という事でしょうか。新刊書を選ばなけ ればもっとコストは下がると思います。

と云うわけで最近読んだ何冊かを紹介してみます。

今回は星海社の新書から三冊紹介します。

まず

武器としての交渉思考 (星海社新書)

以前に出ていた「武器としての決断思考 (星海社新書)」-「ブキケツ」と略すのだそうです-の続編です。

ぼくの病院での現在の仕事の70%は交渉です。これをどううまくこなすかがすごく大きな課題です。

現在また将来「交渉」をする必要のある全ての人にとってすごく役に立つ新書です。瀧本先生も「そう,2人以上の人間が集まったら,必ず交渉の必要が出てくるわけです」とおっしゃっておられます。

時間のないひとは,『ガイダンス』と『「バトナ」は最強の武器』『5時限目 「非合理的な人間」とどう向き合うか?』を読めばよいと思います。

交渉について,ぼく自身念頭に置いていることがあります。

権限のない人と交渉しない,という事です。

権限のない人が「交渉相手」として出てきたときは権限を持っている人に交渉を替わってもらう必要があります。権限のない人といくら話しても合意事項が後にひっくり返る,交渉に手間取るなど良いことは一つもありません。

皆さんもこの「ブキコウ」を読んで交渉思考を身につけましょう。

二冊目は

じじいリテラシー (星海社新書)

オヤジ転がしの指南書というと本書の精神をゆがめることになるのかもしれませんが要約するとそうなります。 この程度のリテラシーは確かに若い人に身につけてもらいたいと思います。 ぼくらはあんたらとは異なる世代に属しているのですよ。どちらかが「合わせる」必要があるとすればそれへはあんたらの方なんだよ,ということです。

最後は,

20歳の自分に受けさせたい文章講義 (星海社新書)

ぼくは自分がヘタなので文章術は出版されれば眼を通すということを続けています。

本書もこの値段の価値は十分にあっておつりがくるほどだと感じました。 「書くことをやめて“翻訳”」するのだという言い方は実際に文章を書く時にはマントラのように唱える価値のある素晴らしい言葉だと思います。

自分の考えた事をそのまま吐き出すのでなく,他人に解る用に翻訳して出力するというほどの意味です。

ここで試し読みができます。「参照

星海社の「武器としての教養」シリーズの新書には外れはないです。

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雑誌Natureに”Retraction record rocs community“というタイトルのエッセーが掲載されています。

“Anasesthesiology tries to move on after fraud investigation”というサブタイトル付きです。

「麻酔科医」が行った数百という研究発表にmisconductがあったという事実(参照)が明らかになっているのですがそれを受けてのエッセイです。

Most anaesthesiologists insist that there is no evidence that their field is more prone to fraud than any other. But Carlisle says that anaesthesiology does offer many opportunities to generate large sets of clinical data very quickly. Millions of anaesthetic procedures are performed every year during surgeries, and patient outcomes are immediate and easy to measure. There are “frequent opportunities for anaesthetists to conduct clinical studies very quickly, potentially by themselves, without overview from other people”, he says. “This might contribute to greater opportunities for them to succumb to the temptation of fraud.”

Millions of anaesthetic procedures are performed every year during surgeries, and patient outcomes are immediate and easy to measure.

確かにそうなのですが,自分の患者のoutcomesを意識していない麻酔科医も結構います。麻酔をしたらそれでお終いって感じで。

frequent opportunities for anaesthetists to conduct clinical studies very quickly, potentially by themselves, without overview from other people

これも事実だと思います。こっそり患者さんから採血してデータを収集してもなかなか他のスタッフには気づかれません。

日本麻酔科学会ではとりあえず機関誌への投稿論分について以下の様な方針で臨むようです。


【事前登録義務化】

臨床研究に関して、2009年4月1日施行の厚生労働省「臨床研究に関する倫理指針」には、公開されているデータベース(国立大学附属病院長会議、財団法人日本医薬情報センター及び社団法人日本医師会が設置したものに限る)に臨床研究計画を登録しなければならないとされており、JA誌においても臨床研究の事前登録義務化を明示する事に致しました。このため、下記のように改訂致します。

  • 2013年4月以降の投稿論文から事前登録を完全義務化とします。

  • 2013年4月以降の査読に関して、2009年4月以前つまり厚生労働省の義務化以前の研究論文に関しては、倫理員会の承認番号、研究期間を記載してあるときのみ査読を開始します。ただし、査読者又はJA編集部から依頼があれば、倫理理員会の承認日、そのコピーなどの提出が求められる場合がありますのでご注意ください。

  • 過去のデータを基にした後ろ向き観察研究は事前登録の必要はありませんが、論文中に「倫理委員会の承認を得た」あるいは、「倫理委員会から、倫理委員会の審議は不要との通知を得た」との記載を必要としますので、この点もご注意ください。


これは麻酔科学会の学術集会にも適応される方針なのでしょうか? そうだとすれば本物ですね。

上記のエッセイにはeditorialがついています。

Through the gaps

Natureでeditorialがつくほどの大事件なのでしょうね。確かにそうとも思えます。

調査報告書によればFujii氏はこれらの研究成果をもって学会賞に5回応募したとのことですが受賞には至らなかったとのことです。(参照)

Fujii氏の発表した論文は引用回数などから判断すれば相当のインパクトを少なくとも麻酔科学の世界に与えたと考えられます。日本の麻酔科学教室で客観的に彼より「業績」のある教授は少ないかもしれません。にもかかわらず学会賞の受賞には至らなかったというのは審査がいい加減だったか審査員が審査員が不正に気付いていてそれ故に受賞に至らなかったかのどちらかだ思いますがホントの所はどうなんでしょうね。

またいまだにFujii氏の論文が大量にpubmedに収録されていて各雑誌のwebサイトから閲覧可能な状況となっています。


すこし前にAKB48の1830mを聞いてから「ユングやフロイトの場合」と「アボガドじゃね〜し」という曲が妙に頭の中で「鳴って」気持ちが悪いです。ちょっと困っています。

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査読の透明性

On 2010/11/6 土曜日, in Net Watch in Science, Thus Spoke Dr. Hypoxia, by bodyhacker

ここ数日完璧な天気が続いていますね。

京都は観光客でいっぱいです。

昨日の夜、夜11時頃牛丼を食べ終わって交差点で信号待ちをしていると自転車に乗った外国人が何かぼくに向かって手を振っていました。ぼくは音楽を聴いていたので言っていることが聞き取れなかったのですが、earphoneを外してみると、How can I get to Sanjo-O Hashi?とと尋ねていたのでした。河原町丸太町の交差点だったのですが…下って行くと三条にでるので左に曲がると答えるとありがとうと立ち去りました。昨日何かあったのでしょうか?

というくらい観光客があふれています。

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坂本龍一さんの北米ツアーの音源が iTunes storeで公開されています。

おもしろいのはツアーの開催都市ごとに人気の曲が違うことです。

Seattle(10/30)は merry cristmas mr.Lawrence

Boston(10/20)ではhappyend

New York(10/18)ではほとんどすべてが人気

Vancuover(11/1)は千のナイフ

Tronto(10/24)はこれまたほとんどが人気

となっています。

アルバムとして買うのなら New YorkかTorontoなんでしょうか。
たぶん日本ツアーと同じで最後に”best版”が出ると思いますがそれまで待つのか吉かな。

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Natureに

Transparency showcases strength of peer review

Nature 468 , 29–31 (04 November 2010) doi:10.1038/468029a

という”コメント”が掲載されていました。

EMBO Journalが投稿論文の査読の透明性を高めるために様々な改革を行っているようで EMBO JのChief Editorが大いに語るという形式の小文です。

まずEMBO Jでは掲載を断った論文のその後も結構丹念に追っかけています。

For example, only 1% of manuscripts rejected in 2008 ended up in journals with an impact factor two points or more above that of The EMBO Journal; and only 9% have a citation rate higher than the average paper in the journal.

なのだそうです。

これっておもしろい調査です。

また査読のプロセスを公開するようです。というかすでに一部の論文では公開されています。

これはぼくは大歓迎です。理不尽な査読は多いと思います。そもそもその査読をするほどその分野に精通していないと思われるような査読が多すぎます。

またJournalの特徴ーこれにはいわゆる”格”も含みますーを理解していない査読もあると思います。たとえばJournal of Anesthesiaに投稿された論文へのコメントとAnesthesiologyに投稿された論文へのコメントは内容が同じだとしても自ずと違ってくるべきだろうと思っています。
“発見”を重視して掲載していく雑誌があってもよいし完璧な論文を掲載することが目的の雑誌もあっていいと思います。

公開によって

Another appeal of this path was that peer review is rarely formally taught, yet so much depends on it. We hoped that the peer-review process files might serve as a teaching tool. Finally, a clear potential benefit was to fortify the peer-review process. Referees might feel compelled to take extra care when writing their report, as the report would be published, albeit anonymously.

のような効果が期待できると書いています。これはありますよね。査読ってどうすればいいのかなかなか実は解りません。公開によってこういう風にやりとりするのかと言うことを学ぶ機会ができるのはありがたいです。

In line with some other journals, we have also implemented another change: we now explicitly prompt reviewers to declare the common practice of delegating peer review to others in the lab. We request that reports are vetted by the invited referee and that co-referees are named. We regard this as an essential component of good mentorship.

これはよい制度ですね。ぼくは自分に依頼のあった論文査読を他人ー例えば院生ーに外注してもらうということははしませんが、そういうことをする研究室があることもよく知っています。

ぼくの気持ちとしては一生懸命仕上げた論文をその院生が立派な見識を持っているとしても自分が見たことも話したこともない院生に査読されるのはいやだと著者は思うのではないかということが理由です。査読の頻度が比較的に低いと言うことも理由の一つかもしれません。自分で何とかやり繰りできると言うことです。でも若い人の教育には大変役に立つと思います。それにクレジットがつけばなおさらやる気は出て来ると思います。

If peer review benefits from anonymity, why not also mask the author’s identity (‘double-blinded’ review)? We remain interested in this possibility, but fail to see how to implement it without adding delays or requesting anonymized manuscripts for initial peer review (removal of author names does not suffice to anonymize a manuscript from one’s peers).

これは実際には難しいと思います。以前日本麻酔科学会の機関誌Journal of Anesthesiaはこのやり方を採用していましたが、頭隠して尻隠さずで全く意味が無かったと思います。引用論文などで著者、少なくとも著者の研究グループがすぐに解ってしまうのです。materials and methodsなどでは自分らの過去の論文を引く事がほとんどだと思いますのでそこらが手がかりとなってすぐに解りますよね。匿名査読用のバージョンを作るのは大変です。

またぼくは研究の継続性などを評価したいと思います。そのためには著者名が明らかになっている必要があります。あの人たちの研究なのだからここら辺の解析は信用できるがこの部分はどうも怪しいのではないかというような事を考えるわけです。ポッと出の人たちの研究はやはり慎重に見ていかなければなりませんし慎重にデータを見ていきます。

とにかく査読について考えたい人は必読だと思います。 Natureがこういう文を掲載する意義は大きいです。

Wikipediaで”査読”の項を開いてみました。

びっくりしました。すごくしっかりとポイントが挙げられているからです。こっちも読んでみてください。

最後に英文誌なのに日本語でのコメントを認めるのはやめた方がいいと思います>某学会の機関誌

査読の透明性も何もあったもんじゃありません。査読のプロセスが公開されても外国人読めないよ日本語。

大体英語も書けない人はちゃんと英文読めているのかも怪しいよー少し言い過ぎかー。


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