大学院生の楠先生の論文が公刊されました

大学院生の楠先生の論文が公刊されました。

Kusunoki M, Hayashi M, Shoji T, Uba T, Tanaka H, Sumi C, Matsuo Y, Hirota K. 2019.

Propofol inhibits stromatoxin-1-sensitive voltage-dependent K+ channels in pancreatic β-cells and enhances insulin secretion.

PeerJ 7:e8157

http://doi.org/10.7717/peerj.8157

 

Figureが8つあってsupplementary figureも8つある大作です。

dataが多すぎて麻酔の専門誌では載せてくれるところがありません。


大学院生の正司先生の論文がScientific Reportsにアクセプトされました

大学院生の正司先生の論文がScientific Reportsにアクセプトされました。

polysulfideがインスリンの分泌に及ぼす影響を解析した研究結果です。

こっちもfigureが8つあってsupplementary figureも8つあります。


低酸素遺伝子応答のメタアナリシスの結果をbioRxivに発表しました

低酸素遺伝子応答のメタアナリシスの結果をbioRxivに発表しました。

DBCLSの坊農さんとの共著です。

Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases doi: https://doi.org/10.1101/267310


共著論文がアクセプトされました

共著論文がアクセプトされたのですが詳細はここでは発表しません。


本の紹介

実験医学別冊 RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ

今時RNA-Seqは誰でもすなる研究手法でweb上でも出版物でもどこでも見掛けます。

それ故無数の微妙に異なる方法が並立して初学者には一体どれを使えばいいのか迷ってしまう問題があります。

遺伝子の発現解析に限ればこの本をまず通読すると見通しがすごくよくなると思います。

“COLUMN”の内容も有用です。

Chapter7は1細胞RNA-Seqがテーマとなっている章ですが、「多数のサンプル間の類似度を比較する」という考え方はconventinalなRNA-Seqでも必要な考え方でありこれらが学べます。

一家に一冊そろえて通読すべき本だと思います。

ぼくらの論文のdataも教材として取り上げられています。

9784758122436

 

  • Chapter1 まずはこれだけ!解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に【安水良明】
  • Chapter2 データを入手する
  • (1)RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど【木本舞】
  • COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】
  • (2)公共データの利用〜AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析【坊農秀雅】
  • Chapter3 転写産物の発現を定量する
  • (1)リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie【安藤美波,粕川雄也】
  • (2)リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM【上樂明也】
  • COLUMN Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する【田中英夫】
  • (3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon,kallisto,tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】
  • (4)転写開始点を解析する方法〜CAGE【森岡勝樹】
  • COLUMN 各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】
  • Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】
  • Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】
  • Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析【仲里猛留】
  • COLUMN Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する【執筆/Stuart Tugendreich,Jean-Noel Billaud,訳/國田竜太】
  • COLUMN アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology,BioMart,Spotfire【坊農秀雅】
  • Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
  • (1)次元削減と可視化【佐藤建太,二階堂愛】
  • (2)類似度の計算とクラスタリング【佐藤建太,二階堂愛】
  • COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向【佐藤建太,二階堂愛】
  • Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP【上坂一馬】
  • Chapter9 論文投稿に必須!データを登録・公開する〜DRA,GEA【児玉悠一】
  • COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】

 

「次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 」

岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門の清水厚志さんとライフサイエンス統合データベースセンターの坊農秀雅さんが編集した「次世代シークエンサーDRY解析教本」の改定第2版「次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 」が分子生物学会で先行販売されています。

ぼくも一部担当させて頂きました。

51gYmEONRnL SX382 BO1 204 203 200 1


PDF

最近の事など

On 2018/6/15 金曜日, in book, hypoxia reseacrh, news, twitter, 関西医科大学, by bodyhacker

このところ通勤電車の中でもmacにかじりついて某仕事に掛かっていました。

今週末で締め切りなのでそれをクリアしてしまえば… という所だったのですが無事作業が終わりました。

原著論文の執筆という「通常業務」に戻ります。

今日はゆっくり寝れます。


論文が出版されました

propofolの細胞毒性はHIF-1の活性化によってレスキューされるという実験事実を培養細胞を用いた実験系で示した論文です。

稟議書が回り始めたので勤務先からのプレスリリースは月曜日には出ると思います。

 

ぼくのつもりではこの論文より早く世にでるはずだったのですがぼくの「作戦間違え」で遅れました。 Scientific Reportsに出しなおしてからは安産で前回に続き追加実験無しで悠々と凌ぎました。

とにかく無事世に出て良かったです。

共著者からも

院生さんはもう自分で結構な解析ができるようになりました。


N本師匠が西野七瀬さんが所属するアイドルグループの集会できる事になったとのマウンティグを受けました。


「どもる体」

医学書院から「看護教育」という雑誌が出ています。職場から電子版が読めるので思いつくとまとめ読みをします。 (看護研究というのもあってやはり毎号読んでいます。https://webview.isho.jp/journal/toc/00228370/51/3

マニュアル化して理論を追求することを放棄していように見える麻酔関連の雑誌に比較して理論と実践のバランスがよく結構楽しめます。

「看護教育」で2017年4月から2018年3月まで伊藤 亜紗さんの「連載 リズムとからだ」という連載がありました。

「吃り」「吃音」を題材にからだのリズムを考察した研究結果です。 この連載が本になって医学書院から出版されました。

どもる体」です。

ぼくは中学生くらいの時には「吃音」と「チック」があったのですがそのうちに克服されました。

どもる体 (シリーズ ケアをひらく)


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昨日の朝から連続35時間くらい大学というか研究室にいます。

 

大学院の先生の論文が雑誌”Scientific Reports”-ある程度皆が知っている雑誌ならぼくはどこでも構いません-にアクセプトされました。

麻酔薬propofol関連の研究の成果です。

この論文は、ぼくの頭の中では少し前に出た論文より早く世に出るはずだのですがぼくの戦略のミスで遅れました。

大学院の先生の学位ための講演会は済んでしまったのでどうでもいいといえばどうでもいいのですが論文が通ってスッキリしました。

(学位の講演会はぼくからしたらちょっとヒヤヒヤしたりする局面もあったのですが主査をしていただく先生からは「立派な講演会でした」と言っていただいたので成功だったのだと思います)

掲載料を払えというmailがきたので払おうと思って指定のurlから手続きを試みるのですがerror messageが出て前に進ませてくれません。mailで問い合わせをすると「質問が多すぎて順番に処理しますから」という自動mailが送られてくるだけで進展なし。

なんだ出版が遅れるじゃないかと気を揉んでいたのですが結局無効のシステムのトラブルで解決しました。


麻酔科学会

もう随分前の事になりましたけど横浜に行きました。

麻酔科の学会への参加が主目的。 神戸で開催される時だけに注力したいと思っているのですが今回はするべき事などができてしまいました。

神戸で開催される場合だと自分の出番の時間を目がけて会場に入って終われば会場を抜けるなどできて都合が良いのですが横浜だとそういう訳にもいかないので結局いろんなセッションに参加する事になりました。

初日の朝は、「学術委員会:2017年度開始ピッチコンテスト成果発表」に出ました。

学会が申請を受け付けて研究資金を提供(ほんの僅かですけど)してくれるという制度があるのですがその成果発表学芸会です。

研究成果が上がらない場合お金(僅かなんですけど)を返還する必要があるという結構すごい制度なのです。

というわけで、学会の会長自ら座長をお勤めになるという力の入れようで内容についての質問より「とにかくちゃんと論文にしてください」というコメントを何度もされていました。

ぼくも二つの研究の研究協力者なので参加してみました。 発表は皆さんしっかりとしていました。某優秀演題賞(過去何度も審査員として参加しました)のコンテストを遥かに凌ぐデキと言っても良いのではないでしょうか。 ぼくの30年くらいの麻酔科医人生でこんなレベルの高いセッションは麻酔科学会では初めてでした。 全部論文になるのではないでしょうか (#知らんけど)。

ぼくらはもう論文化していますからどうでも良いのです。

  • 有料参加者合計 10,022名(会員9,308,名誉会員35,非会員679)
  • 無料参加者概算 医学生・研修医(招待),受入れ留学生等:約640名

ということですから盛会だったと思います。最近はとにかくすごく沢山の人が実際に会場にいます。ぼくが参加したセッションは少なくとも麻酔科臨床に関わるものは立ち見が出ていました。

抄録集を眺めたり人にも尋ねたりしたのですが最近のこの業界のトピックスって何なのかよく分からなくなりました。

まさか「無痛分娩」と「女性医師の活用」という訳ではないのでしょうけどどうなのでしょうか。


ラーメンと味噌汁

期間中に大学院時代を一緒に過ごして今は横浜在住の内科医として働いている先生とre-unionしました。 この前会ったのは二年三ヶ月前でした。

高血圧と判ったのでラーメンと味噌汁を絶って降圧に成功したとの事。

ぼくも一年ほど前から降圧薬を服用し始めたのですが3ヶ月ほどして服薬無しに収縮期血圧が130mmHgを越えることがなくなったので服薬をやめていたのですが最近130mmHgを越えるようになり服薬を再開するかなという状況となっていたので間に受けてラーメンと味噌汁断ちをすることにしました。

最後にと思い、天下一品のラーメン大盛りを食べました。少なくとも半年はカップラーメンを含むラーメンを止めます。

一週間ラーメンと味噌汁を断つと確かに血圧は下がりますね。


「一発」とは

髭男爵の山田ルイ53世さんの一発屋芸人列伝読みました。

連載も部分的にフォローしていたのですが単行本としてまとまったという事でまとめて読んでみました。

前評判も高かったので紀伊國屋でももっと大々的に展開していると思いきや結構しょぼい感じだったのですが発売日に読むことができました。

書評も多く出ているので内容を紹介することはしませんが読んで損はありません

「一発屋」の定義ってなんなのかはこの本を読んでいただくとして研究の分野で「一発当てる」ってどんな風な事を言うのかなと考えました。

文化功労賞・文化勲章とかノーベル賞クラスだと「一発屋」という言い方はなじみません。 とは言え文化功労賞・文化勲章とかノーベル賞クラスの皆さんはどこかで最低「一発」出ているのだと思います。その「一発」ってどんなの?という素朴な問です。

出版された初年度で250回5年で500回10年で2000回の日引用回数なら十分「一発」と言えるのかもしれませんが「一発」と分かるまでに5年は掛かります。

少なくとも日引用回数が1000回以下は「一発」とは言わんだろうなとは思います。

 

以前といってもぼくが大学院生の頃、「心とコンピュータ」という本で利根川進さんが

研究者は研究人生で何か一つでも大きな仕事をすればそれで十分評価されるのだから焦るな。そういう分野を持てるまではじっと我慢すればよいのだ。ただ大学院生とかポスドクの時期の仕事はPIの仕事になる場合があるのですごいアイデアを思いついたら独立するまで温存しろ、みたいな話をしていたと記憶しています。

結構間に受けていたのですがその「何か一つでも大きな仕事」というのがどういう仕事なのかが分からず今に至るという感じです。

 

一発屋芸人列伝


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