今日の夜に,今度はじめる研究テーマについての意見交換を行いました。
結果が思うように出ればかなり大きな話になるとは思っています。たぶんあっさりうまくいくと思いますけど。

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少し前の”Science”に研究結果の再現性についての特集がありました。ここでもすこし紹介しました。

少なくとも自分の研究室でのデータの再現性こそ実験研究者が死守するべきものだと思います。
しかし実験結果が再現できないということはしばしば起こります。素粒子が研究対象であるような場合には対象に内在する問題があるのかもしれませんが,生物学では一般にそのようなことが原因という訳ではありません。
高尚な理論的な議論は置いて,量的な問題と質的な問題に分けてぼくの対処法を書いてみます。

量的な問題
1.他の研究室の実験結果と自分たちの実験結果が量的に異なる場合
例えば,ある物質がある遺伝子の発現を25倍は誘導すると他人が報告しているときに自分たちは5倍の誘導しか観察できない場合があったとします。このようなことはよくあります。RT-PCRで検討している場合でもreporterを用いる場合でも世界中で全く同一の実験系を用いているわけではありませんからこのような量的な差は容易に生じます。一般にこのような差を大きな問題として取り上げることはないと思います。
ただiPS cellみたいに効率が問題となる場合やニュートリノの速度のように量自体が問題となっている場合はあると思います。
いくら樹立細胞株でもepigeneticな変化が起きている可能性はあります。HeLa細胞,HEK293細胞と云ってもぼくらの研究室にあるものと隣の研究室のものとはある側面に置いては違いはあるかもしれません。

2. ある実験者のデータが量的にばらつく場合
一方自分で同一の実験系を用いていて例えばある時には25倍,またあるときには5倍となっているとすれば実験条件などを検討して改善を目指します。細胞の培養日数などをチキンとそろえる,温度をしっかりと管理するなどなど自分でしっかり実験をコントロールする必要はあります。こうした工夫の末,ばらつきがある範囲に収まればめでたしめでたしですがそうで無い場合はデータの扱いに悩むことになります。同じ研究室の別の人の”手”を借りることになるかもしれません。

質的な問題
これはすこし厄介です。

1.他の研究室の実験結果と自分たちの実験結果が質的に異なる場合
この場合気にする人は気にするかもしれませんがぼくはあまり気にしません。自分の研究室内で明確にで再現が取れるのであればそれを信じます。他人がやった事などどれくらいの精度で行われたのか解らないから問題にしない場合がぼくの場合ほとんどです。
2. 自分の研究室の過去のデータと現在のデータが質的に異なる場合
これは「1」に比べればよりシリアスな問題です。原因を探ります。PCRのprimerやplasmidに原因が見つかることもあります。細胞の培養方法に違いがありそれが原因のこともあります。とにかくこれは結構しつこく追究します(してもらいます)。解決しない場合もありますしあっさり解決がつく場合もあります。
いくら樹立細胞株でもepigeneticな変化が起きている可能性はあります。HeLa細胞,HEK293細胞と云っても数年間のHeLa細胞,HEK293細胞とはおなじ出ない可能性はあります。
3. ある実験者のデータがその実験者で質的にばらつく場合
実験をはじめたばかりの実験者であれば「手」が安定するのを待つことになります。研究の方針を立てるためにまず上級者に実験を代行してもらうときもあります。それでも解決できなければ「筋が悪い」のでその実験はストップということもあります。

いろんな観点から再現性は挑戦を受けます。だから研究っていかがわしいと思う人もいると思います。
でも自分の研究結果が何百回も引用されていく過程を見るのはとても爽快です。

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土曜日の夜に皆既月食があり自宅で見物できました。
基本晴れの夜空に雲が漂い月食が重なり幻想的な天体ショーを堪能できました。いくら思い出そうとしても土曜日ほど見事な月食を過去に観た記憶はありません。
現代の天文学の水準では,この月食が何日の何時から何時まで起こるのかを正確に予想できるわけですが(まさに天地明察です),少なくとも江戸時代にはこのような事は不可能でした。このような暦とか天体の動きを支配するのは「神」でありこれが正確に予想できると言うことは神の意志を代弁者と思われるのも無理は無いと思います。だからこそ暦を支配するということが重要視されていたのだろうと思います。

今日出勤の時に撮った写真です。

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古今和歌集に

春の夜の夢の浮橋とだえして峰にわかるる横雲の空

という歌があります。季節は違います-もちろん春にも似たような雲が観察できます-がおなじ光景を定家も見ていたのだと思います。

柴谷篤弘さんをテーマにしたシンポジウムが開かれるようです(参照)。


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3月31日です。

職場でも研究室でも異動があります。

「生物学の革命」を探し出して読み返してみましたー1970年に改訂されたものを大学院生の時にどこかの古本屋で見つけたものを持っていますー。

  • 第一部
  • 生物学はどう進むか
  • 第二部
  • 生物学者はどうすればよいか

という構成で第二部は以下の内容となっています

  1. 日本の生物学の不振ー学生制批判
  2. 討論会でー学会の現状
  3. 生物学の教育
  4. 科学者の価値
  5. 科学と民主主義
  6. 生物学者の社会的責任

読み返して,気付いたことがあります。
いわゆるMD. vs PhD.問題などに対するぼくの考えは要するにこの「生物学の革命」を読んで頭にinprintされたものを,さも自分で考えて到達した結論の様に思い込んでいただけなのだと云うことにです。
50年間に書かれたとはとうてい思えない今日的な問題ーポスドク問題などもーが議論されていて,この50年間日本の科学者は何をしていたのだろうという気持ちにもなります。
この本は,今日的な注釈をつけて再編集して出版すれば大きな反響を呼ぶと思います。

例えばいわゆる”お医者さんの研究”を評して

会場での講演の内容をきいていてもそうである。医学部の系の人の研究は,いったい何を目的としてやっているのだが,焦点がはっきりしない。ただ何となくデータを出したという感じがする。そうでなくて,ねらいがはっきりしているばあいでも,データがすこし雑なかんじがする。それには問題がないとしても,ぎりぎりさいごのところ,なんとなく態度があまい,なんとも結論の仕方が強引である,論理性がとぼしい,といったような,なんか割り切れないところがある。

こんな事を言われると気分を害する人はいると思いますが,まさに指摘の通りでぼくなど自分を振り返って恥ずかしくなってきます。本来わかっていないものを”さも”わかったように聴衆の耳に優しく話しかけて聴衆をわかったようにさせるプレゼンテーションがさもよいプレゼンテーションの見本の様にもてはやされます。
関西で開催されるのに地震の影響で中止になるような学会ははじめから開かなくともよいような気もします。

”何々であると断じて大過ないと信じます”というような主観的な結論が堂々と通用する世界は,われわれにとってはおそろしく異質なものである。

さらに

こういう人たちに日本の生物学をあずけるわけにはゆくまい。

とまで書いています。

それでも,医学は進歩する。病人はなおるし,わたしもなおしてもらった。日本人の平均年齢も増した。日本の医学者はみごとな実践能力を発揮したではないか。それはひとつには,日本の医学が孤立してるのではなくて,世界の医学につながっているからなのだろう。そこではたえず誤りが正され,あたらしい達成はすぐにひろまるからである。

大学院に入学するときにかつての師に言われたことがあります。
臨床に役立つなどという理由で研究のテーマを選びなさるなと言うことです。
まず研究として立派な研究をすること,そのような研究は,臨床医学の発展に寄与する場合もあるし無い場合もあるがはじめから臨床に役立つことを狙った基礎研究は碌なものにはならないからそんなことは考えるなという戒めです。また医学・医療はそんな思惑とは無関係に日々進歩しているので安心しろとも言われました。
これは今でもぼくの中では非常に重い言葉として生きています。
臨床は少々頭が足りなくとも地道に真剣に取り組めば必ず結果がついてくる分野です。
たとえばぼくたちのデイサージャリー診療部でも手術後に悪心・嘔吐をおこす患者さんの比率は5年前と比較しても格段に(1/2以下に)減っているのです。これを一つの”達成”と言わずして何というのでしょうか。

医師の博士号についても

だから医学博士の問題を解決するには,医師の資格のある人を全部社会的に博士とよぶことにすればよいのではなかろうか。医学士誰それ博士ということにするならば,それ以上苦労して医学博士の肩書きをとる必要はなく,社会的にももんものの医学博士や理学博士と同等に扱えばよいわけである。

と今から50年前に主張されていたわけです。

実はぼくも
以下のブログエントリーを書いていました。何度も同じ事を書いていたのですね。恥ずかしくなります。これもinprintingの一例だと思います。

ぼくは専門医制度もかなり怪しいと考えています。
分離肺換気も満足に出来ないものが麻酔科医と名乗ってさまざまの学会の専門医資格を取得して,学会の評議員とかしているのは詐欺だろうと思います。


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柴谷篤弘逝く

On 2011/3/28 月曜日, in book, books, news, Thus Spoke Dr. Hypoxia, by bodyhacker

柴谷篤弘さんが亡くなったそうである。

生物学の革命の著者として名高い分子生物学者で日本での構造主義生物学ー構造生物学ではありませんーの草分けをした人だと思っています。

【追記】
「進化論」を書き換えるは構造主義生物学の本です,ある意味。

朝日新聞の訃報には本庶佑先生のコメントがついていました。本庶先生はいろんな場所,機会でご自分が生物学の革命から受けた決定的な影響を語っておられます。

例えば先生の最終講義
「ゲノムの壁-混沌・仮説・挑戦-」
では

私は、1960年に京都大学に入学しました。医学部2回生のときに読んだ、柴谷篤弘先生の『生物学の革命』という本に強い感銘を受けました。この本には、DNAの塩基配列を決定すれば病気の原因がわかり、分子外科手術によって悪い遺伝子を治療すればよいということが書いてあり、今から考えても非常な卓見でありました。当時、私の父親が山口大学の医学部にいたのですが、柴谷先生はそこの教養部の教授をしておられたので、早速訪ねてきいろいろお話を伺いました。先生が説明されたことは、難解で全く理解できませんでしたが、唯一理解できたことが、「京都大学には早石さんが帰るから、そこに行って勉強したらよろしい」、ということでした。そこで、さっそく早石修先生が主宰されている「医化学教室」に出入りするようになりました。早石先生は、一週間に一度お会いできるかどうかでしたので、実際には、助教授の西塚泰美先生に手取り足取り教えていただきました。

と語っておられます。

ぼくも学生時代に生物学の革命を読みましたがその当時はすでに「DNAの塩基配列を決定すれば病気の原因がわかり、分子外科手術によって悪い遺伝子を治療すればよいと」というような考えは実現可能だとは多くの人たちには考えられていましたので本庶先生が受けたほどの影響は多分ぼくは受けなかったと思います。

われわれにとって革命とは何か―ある分子生物学者の回想は多分大学院を出て麻酔科で助手をしてたときに読んだ本ですが,何度も読み返しました。
今回の訃報に接して研究室の本棚からすぐに探し出して読んでみました。
たぶん「赤の女王」の言葉

ここでは、よいな、同じところにとどまっていたければ、力のかぎり走らねばならぬ。どこかにゆきつこうと思えば、その二倍の速さで走らねばならぬ

を初めて知ったのはこの本です。
このアフォリズムはぼくの行動原理の一つになっています。

これは一回は読んでおいた方が良い本ですーこれは心の底から本当ですー。なんと今ならアマゾンでは100円からこの本が買えるのです。良い時代です。

反科学論―ひとつの知識・ひとつの学問をめざして (ちくま学芸文庫)
われらが内なる隠蔽
なども当時は十分問題作だったと思います。

走ると言えば昨日NHKで見た「ハイビジョン特集 ヒトはなぜ走るのか 〜メキシコの走る民・ララムリ〜 」は,すごい番組でした。

ララムリの生活に密着し、その歴史と暮らし、走りの奥義、そして精神から彼らの強さの秘密を探り、“走る”ことの根源的な意味を見つめる。

という予告に違わないよい番組でした。
しかし,ララムリってすごいね。

右目から涙があふれて止まらなくなったので今日はこれで帰ります。
某報告明日中には送り返しますよ。


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