大学院生の楠先生の論文が公刊されました
大学院生の楠先生の論文が公刊されました｡
Kusunoki M, Hayashi M, Shoji T, Uba T, Tanaka H, Sumi C, Matsuo Y, Hirota K. 2019.
PeerJ 7:e8157
http://doi.org/10.7717/peerj.8157
Figureが8つあってsupplementary figureも8つある大作です｡
dataが多すぎて麻酔の専門誌では載せてくれるところがありません｡
大学院生の正司先生の論文がScientific Reportsにアクセプトされました
大学院生の正司先生の論文がScientific Reportsにアクセプトされました｡
polysulfideがインスリンの分泌に及ぼす影響を解析した研究結果です｡
こっちもfigureが8つあってsupplementary figureも8つあります｡
低酸素遺伝子応答のメタアナリシスの結果をbioRxivに発表しました
低酸素遺伝子応答のメタアナリシスの結果をbioRxivに発表しました｡
DBCLSの坊農さんとの共著です｡
Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases doi: https://doi.org/10.1101/267310
The version 2 of our manuscript entitled “Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases” has been archived in #bioRxiv . The manuscript has been revised to include meta-analysis of ChIP-seq.
https://t.co/ITiQ812hdn— ぼうのう ひでまさ (@bonohu)
共著論文がアクセプトされました
共著論文がアクセプトされたのですが詳細はここでは発表しません｡
本の紹介
実験医学別冊 RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ
今時RNA-Seqは誰でもすなる研究手法でweb上でも出版物でもどこでも見掛けます。
それ故無数の微妙に異なる方法が並立して初学者には一体どれを使えばいいのか迷ってしまう問題があります。
遺伝子の発現解析に限ればこの本をまず通読すると見通しがすごくよくなると思います｡
“COLUMN”の内容も有用です｡
Chapter7は1細胞RNA-Seqがテーマとなっている章ですが､｢多数のサンプル間の類似度を比較する｣という考え方はconventinalなRNA-Seqでも必要な考え方でありこれらが学べます｡
一家に一冊そろえて通読すべき本だと思います｡
ぼくらの論文のdataも教材として取り上げられています｡
- Chapter1 まずはこれだけ！解析環境を整える〜Mac＋Biocondaを中心に【安水良明】
- Chapter2 データを入手する
- （1）RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど【木本舞】
- COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】
- （2）公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析【坊農秀雅】
- Chapter3 転写産物の発現を定量する
- （1）リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie【安藤美波，粕川雄也】
- （2）リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM【上樂明也】
- COLUMN Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する【田中英夫】
- （3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】
- （4）転写開始点を解析する方法〜CAGE【森岡勝樹】
- COLUMN 各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】
- Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】
- Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】
- Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析【仲里猛留】
- COLUMN Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する【執筆／Stuart Tugendreich，Jean-Noel Billaud，訳／國田竜太】
- COLUMN アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire【坊農秀雅】
- Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
- （1）次元削減と可視化【佐藤建太，二階堂愛】
- （2）類似度の計算とクラスタリング【佐藤建太，二階堂愛】
- COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向【佐藤建太，二階堂愛】
- Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP【上坂一馬】
- Chapter9 論文投稿に必須！データを登録・公開する〜DRA，GEA【児玉悠一】
- COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】
｢次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 ｣
岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門の清水厚志さんとライフサイエンス統合データベースセンターの坊農秀雅さんが編集した｢次世代シークエンサーDRY解析教本｣の改定第2版｢次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 ｣が分子生物学会で先行販売されています｡
ぼくも一部担当させて頂きました｡
