先日すこしキチンと働いたら風邪を引いてしまい肺もすこしやられました｡風邪に抗生剤は効かないというキャンペーンもあるのですが多分今回のぼくの場合はある時点から服用していればもう少し早くに症状が寛解したのではないかとは思っています｡
大学院講講座第792講
職場の大学院講座として、京大メディカルイノベーションセンターの中村英二郎先生のセミナーが予定されています｡ 英二郎先生は昨年末にノーベル賞を受賞されたWilliam G Kaelin Jr先生のラボに留され、現在は京大で創薬研究に挑んでおられます。
日時：1月17日(金) 17:30より
場所：関西医科大学 (京阪枚方市駅徒歩5分) 4階カンファレンスD
タイトル：Oxygen sensing mechanismの解明と新規治療薬開発
講師：京都大学大学院医学研究科メディカルイノベーションセンター DSKプロジェクト 特定准教授 中村英二郎先生
要旨） 2019 年のノーベル生理学・医学賞は「Oxygen sensing mechanism」を明らかにした3人の研究者、Dr. William G. Kaelin Jr., Dr. Peter J. Ratcliffe, Dr. Gregg L. Semenzaに贈られた。1990年代初頭のHIF-1同定から始まった低酸素応答機構解明に対して日本人を含めた多くの研究者の叡智が注ぎ込まれた結果として腎性貧血、腎細胞癌治療薬が開発された。本講演にて同機構解明の臨床的意義に関して解説を行う。
英二郎先生はKaelin氏のlabに二回も留学した筋金入りです｡ Kaelin氏の研究室ではHIF-2 specificの阻害薬などの開発に成功しています｡興味深いセミナーになると思います｡
大学院生向けの講義ですが学外の皆さんも含めてどなたにでも参加していただけます｡ 4階エリアへのアクセスに困難のある場合は守衛さんにご相談ください｡ 今回は薬理学の中邨智之先生がホストです｡ 事前に連絡頂ければ対策を講じることもできます｡
この大学院講座ですけど秋にはSemenza氏もこの枠組みでセミナーしてもらいました｡
仕事の遅れを取り戻そうと研究室にやって来ました｡ 某案件に3時間はかかるだろう､それが終われば今日は撤収と思っていたら30分で仕事が終わってしまいました｡
低酸素トランスクリプトームメタ解析論文が査読論文誌にaccept
DBCLSの坊農秀雅さんと一緒に(といってもぼくは最期になって始めただけ)が査読論文として日の目を見ることになりました｡
坊農さんのブログエントリーはここからどうぞ｡
bioRxivに Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases として寄託してた論文です｡
accepted manuscriptと同等のものを今でもお読みいただけます｡
坊農さんもいっているように公共DBのデータのメタ解析が査読論文誌に掲載されるという事もぼくらの狙いでした｡
まともな論文ならRNA-Seqなどのdataは公共DBのにdepositされていて単独での再解析と今回のようなメタアナリシスが可能となるのです｡
Westernや染色の画像をいじって論文を通したという次元とはまったく異なる訳です｡全部｢透明｣ですから｡
例えばPeerJとかも解析の準一次dataは論文投稿時にdepositすることが求められますしこういった流れはぼくにとってはまったく問題はありません｡ 論文で提示できるdata量に制限がある論文よりいくらでもdataをつぎ込める論文の方が望ましいのは明白だと思います｡
ありがとうございます。ついに公共DBのデータのメタ解析を査読論文誌に通すことができました。時代は変わりました。
kekk— ぼうのう ひでまさ (@bonohu)
近年bioRxivなどにdepositされた論文がそのまま流通するするようになってきていてならば｢査読誌に発表する意味ってあるのか問題｣がでてきている訳です｡
将来的にどう流れていくか解らないしどうせbioRxivに投稿する所まで完成しているのなら査読誌に通しておこうということでいいのではとは思っています｡ どんな雑誌でもいい訳ですがやはり皆が名前は知っている雑誌とかを中心に選択することいなるのですが近年創刊される雑誌も増えているので選択に少しは迷いますよね｡ ぼくの場合はいわゆるimpact factorはそんなに気にせずにとにかく読んでもらって引用してもらいたいという視点で雑誌を選んでいます｡論文通すのにかかる諸々の負担のコスパ()ってありますよね｡ 結果としてここ数年は500回/年の被引用回数で落ち着いているのでまあそれでいいかと｡
恒例ですので今年も「ハイポキシア生物学の2019年を振り返って」を書こうと思ったのですがネタ切れなので自分の研究室の2019年の総括もいれて水増しします。
でも短いです。すみません。
今年の成果を報告する必要がありまとめてみたら論文は英文/邦文、原著/総説/雑文/書籍を合わせて16報出せました、と思っていたら一つアクセプトされたんので17報でした。
預かっていた院生二人の論文もpublishされてこれで期限内に学位を取得して卒業()できる見込みとなりました。
二人とも本文のfigure 8, supplemental dataは9まである結構大きな論文ですから恥ずかしくない博士号になると思います。
ぼくらは教員は二人しかいないのでこれで十分だと自分では思っていますが他の人がどう思うかはわかりません。
2019年の総括
pubmedで”HIF[TIAB] and 2019[DP]” (2019 12/31)と検索窓に入力すると1804報の論文があると返ってきます。
”HIF[TIAB] and 2018[DP]”では1717篇で,”HIF[TIAB] and 2017[DP]”1773報でした。
“hypoxia[TIAB] and 2018[DP]” では6924報だったのが”hypoxia[TIAB] and 2019[DP] “(2019 12/31)では7147報です。
HIF/低酸素の研究にとって今年はよい年だったのだと思います｡ Semenza氏､Ratcliffe氏､Kaelin氏がノーベル生理学･医学賞を受賞しました｡ 1990年代からこの分子の研究をしてきた者からみるとこの3人でよかったのかという気もしますが3人ならこの面子だろうなとは思いました｡ 2人なら誰と誰､1人だとすると誰といろんな事を考えました｡
ノーベル賞に増してぼくにとってよかったことは､受賞決定に先駆けてSemenza氏が来日した折りに職場でセミナーをしてもらいその後日本から彼のlabに参加していた日本人研究者の何人かと同窓会を開くことができたことです｡
今までこの面子で集まった事はなかったのですごくよかったです｡
癌学会での講演と関西医科大学での講演のダブルヘッダーで疲れるかもと思いましたがこんな機会は今後無いのだからと話すと本人も観念して枚方にやってきてくれました。
皆さん聞いたらびっくりするような小額な講演料しか出せませんでした｡
これで終わるのも味気ないのでepisode hehind a reportを一つ。
「多血症」という病態があります。
いろんな原因で多血症になるのですが家族性赤血球増多症（familial erythrocytosis）という分類があってこれまでに4つの型が報告されています。つまり遺伝子の異常で発症する多血症です。
川端先生(ぼくの医学部時代の同級生です)の総説を読んでいただくと懇切丁寧に解説されています。
4つのうちの3型はHIFの経路の異常で説明されます。
VHL, PHD2, EPAS1の異常なのですがこのうちVHLの異常はぼくらが2002年に報告しました。
論文は、Disruption of oxygen homeostasis underlies congenital Chuvash polycythemia Nature Geneticsに掲載されました。
Prchal氏というSemenza氏の古くからの共同研究者らが追究してた家系から同定された遺伝子変異が原因で発症するというコンセンサスが得られています。
先に紹介した川端くんの総説から引用します
ロシアのボルガ川流域のトルコ系民族が住むChuvash地域に多くみられる．VHL遺伝子の変異が原因である．変異VHL蛋白はE3ユビキチンリガーゼやHIF-1 と結合できないため，HIFαの分 解 が 抑 制 さ れ て，HIFの 標 的 遺 伝 子 で あ るEPO，グルコース輸送体，トランスフェリン，トランスフェリン受容体1（transferrin receptor 1：TfR1），VEGF などの発現が増加している14）．Hb値は 20 g/dlを超え，血圧が低めで，心筋梗塞や血栓症，脊髄の血管腫の頻度が高い15）．1型とは異なり，血清EPO濃度は増加している．
解説しますがHIF-1aと結合できないという記述は正確さに欠けます。
ぼくは当然的にこんな病気は知りませんでした。
positinal cloningが行われてVHLのmutationが原因として同定(VHL-Arg200Trp)されました。
この変異が確実にHIFのシステムの活性化につながりEPOの発現亢進につながるのかが論文として報告するために必要でSemenza研との共同研究となりぼくが実験を担当しました。
この論文のHIFに関する実験はぼくが担当しました。この論文figureは5つでそのうちの3っつはぼくの実験結果だったのです。(Figure3のaのWesternはぼくの実験結果ではありませんけど)
Chuvash Polythythemiaは常染色体劣性遺伝でVHL-Arg200TrpはVLH-wildと比較して何らかの機能が失われているとの仮定の下に検討を進めることにしました。
そしてこれは簡単に結論がでると直感しました。
VHL-Arg200Trpはelongin B/Cとの結合が阻害されてその結果HIF-1が活性化されるのだという筋読みです。
しかし実験をするとこの仮説が誤りだということが一週間もしないうちにすぐに解りました。結合に差がみられないのです。-これは論文には図としては提示されていません- 次にVHLとHIF-1aとの結合実験を試みました。しかしここでも「差」がみられないという結果で困り果てました。
それならと思いユビキチン化をin vitroの実験系で検討してみました。ここでも差が無く万策尽きたのですがここで一計を案じました。つまり十分に長い反応時間をとらずに比較的に短い時間を試すことで差が検出できるかどうかを検討したのです。 これが大当たりで突破口が開かれました。 この変異体は野生型に比較してHIF-aとの結合能とそれに続発するユビキチン化能が低下しているのですがこの差は酸素分圧が比較的に高い条件化で顕在化するのであって例えば1％O2というような条件下では差が失われてしまうが故に(+/-)を検出するような雑()な条件では差()が検出しにくかったのです。
この論文査読コメントは単純で統計法をちゃんと記載してねだけでした。 追加実験無しでアクセプトされました。ぼくは3rd authorでしたがGreggは不満で Prchal氏に掛け合ってくれましたがぼくは全然なんとも思っていません。どう考えてもVHL-Arg200Trpを見つけた人が偉くてぼくはもっとも標準的な実験を行っただけでしたから。
因みにこの研究はGreggのNobel賞講演でも紹介されていました。
その後PHD2,EPAS1の遺伝子異常が報告されて役者が揃いました。このpathwayの全てに変異が見つかるという奇跡的な展開です。
HIFというのはもともとEPOの発現誘導を説明する細胞内因子として単離されたのですがその後EPOの発現は直接的にはHIF-2がになっているいることが示されてでもerythrocytosisの遺伝子異常はHIF-1の文脈でその機序がまず明らかになるなどの面白い運命をたどりました。
このprojectはNature Geneticsに出たので特に誰も文句はなかったのですがぼくにはどうしても理解できないというか引っかかる事がありました。
VHLの200番目のアミノ残基はC端に近く当時の皆の理解ではelongin B/Cと相互作用をするドメイン(α domain)に含まれると思っていたし最初の作業仮説もそれに沿っていた訳です。しかし結果としてはHIF-1aとVHLの相互作用に影響があるという事になったのでここに不燃焼感が残ったのです。
しかしこの疑問はこの論文によって一応解決しました。
Structure of an HIF-1alpha -pVHL complex: hydroxyproline recognition in signaling.
これをみるとVHLのC端はβ domainを構成するような立体構造をとっているというのです。
坂道グループの一つに「最前列へ」という曲があります。
以前書いたことがありました。
一番好きだとみんなに言っていた小説のタイトルを思い出せない
一番好きだとみんなに言っていた小説のタイトルを思い出せないという曲があります。
坂道グループの一つのの上村ひなの(キャッチフレーズは「いつでもどこでも変化球、ひなのなの」因みに15歳)さんがうたいます。
まず聞いてみてください。
歌詞はここから。
じっくり聴くとなかなか身につまされる曲ですね。
研究が好きだけど時間がないとか言われてもぼくは困ります。
だぶんそんなに好きじゃなかったのだろうとしか思いません。
だったら本当に好きなことしたらどうなかと思うだけです。
