セミナー無事終了

ホストした二つのセミナーが無事終了しました。 もう年明けまで投稿以外大した仕事はありません。

Google翻訳の効用

で紹介されているブログエントリーを読みました。

最近google翻訳を使った経験をすこし書いてみようと思います。

まずぼくとgoogle翻訳の関わりなのですが、今まで英語を読むまたは英文を書くという局面でgoogle翻訳を使った事はありませんでした。 google翻訳がprofessional useに耐えうると思っていなかったからです。

ある時、思いついて自分が今まで日本語で発表した論文の文章の中からA4 1ページ分くらいの分量を入力して英語に変換していました。 返ってきた英文を読むと結構どころかかなりイケていると思いました。 すこし自分なりに修正して研究室のスタッフに読んでもらったところ「まったく問題ない英文だ」というので事情を説明したらびっくりしていました。

いろいろと試すと上手に英語に変換できるものとそうでないものがある事が解ってきました。 既存の日本語の文章を手直しすると見違える様にきれい英語なる場合もあってどう直すときれいになるのかも大体解ってきました。

今度google翻訳を強いて使って何か一報書いてみようと思っています。

という訳でgoogle翻訳侮り難しです。

NYTの科学記事

New York Timesの科学コーナー(section about health and science)は1978年に総説されたのだそうです。

On Nov. 14, 1978, The New York Times began publishing a new weekly section about health and science. For forty years now, Science Times has offered reporting on everything from climate change to genetics to gravitational waves.

2003年には25周年を記念した特集を組んで今回そこから15年後40年を記念したシリーズの掲載を始めてそれが完結したということでまとめのページ (11 Things We’d Really Like to Know And a few we’d rather not discuss)を公開しています。

In 2003, on the 25th anniversary of the section, reporters offered up their thoughts on the most pressing questions in science. Fifteen years later, the questions have changed. But we’re still curious.

ラインナップは以下の通りです

  1. Does the Universe Still Need Einstein?
  2. When Will We Solve Mental Illness?
  3. How Did We Get to Be Human?
  4. Will We Survive Climate Change?
  5. How Long Can People Live?
  6. Where’s Our Warp Drive to the Stars? 7. Will We Ever Cure Alzheimer’s?
  7. Why Are We Still So Fat? 9. How Will We Outsmart A.I. Liars?
  8. Why Don’t We Have Vaccines Against Everything?
  9. How Can We Unleash the Immune System?

Bonus: Honestly, Some Questions Are Better Left Unanswered

これに加えていくつかの記事が公開されています。

Some Good News, and a Hard Truth, About Science

Enough Is Enough’: Science, Too, Has a Problem With Harassment

The Key to Stopping the Illegal Wildlife Trade: China

Steven Pinker Thinks the Future Is Looking Bright

 

どれも面白いです。 どうぞ。

日本の新聞社とはまったく違いますね。


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*生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる! 研究がはかどる定番18選 *がメディカルサイエンスインターナショナル 社から出版されます (amazonでは現在絶賛予約受付中です)。

一足先に入手して読んでこれはと思ったので推薦文を書いてみます。

生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる! 研究がはかどる定番18選

1500を越える統合TVの「番組」から18番組を厳選して紹介している本です。

つまり

章の数は18を数えた。武士が習得すべき武技の総称として「武芸十八般」という言葉もあるが,本書で紹介するさまざまなデータベースやウェブツールの使い方に習熟し,研究者にとっての「十八般」を会得してほしい。また,それらを自分の「十八番(おはこ)」と自負できるほど究めることができれば,研究サイクルの加速化・効率化は間違いないだろう。生命科学研究に携わる多くの人にとって,本書がその一助となれば,監修者として望外の喜びである。

18番組が4つのパートに分かれています。

  • Part 1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツール
  • Part 2 「 仮説・実験・解析・出版」の研究サイクルを加速させる便利なツール
  • Part 3 生命科学系データ解析の現場で,押さえておきたい「鉄板」ツール
  • Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース
 

18番組は以下の通りです。

  • 1章 PubMed で論文を効率的に検索する
  • 2章 PowerPoint で欲しいイラストを描く
  • 3章 Google のサービスを活用する
  • 4章 BLAST で遺伝子の配列類似性検索をする
  • 5章 PCR プライマーを設計する- Primer3Plus とPrimer-BLAST
  • 6 章 ImageJ で画像ファイルを操作する
  • 7 章 ゲノムブラウザを使って遺伝子を知る─ UCSC Genome Browser など
  • 8 章 英語表現や略語をすばやく検索する─ inMeXes とAllie
  • 9 章 最新知見を日本語で知る・読む・学ぶ─新着論文レビューと領域融合レビュー
  • 10 章 MEGAで系統樹を作成する
  • 11 章 RefEx とChip-Atlas で公共の遺伝子発現データを快適に検索する
  • 12 章 Metascapeでエンリッチメント解析をして自分の持つ遺伝子リストを解釈する
  • 13 章 TCGAで各がん種の公開データのダウンロードや解析を行う
  • 14 章 COSMIC でがん遺伝子の体細胞変異を調べる
  • 15 章 GWAS Catalog で形質とバリアントの関連について検索する
  • 16 章 ClinVar で疾患に関連するバリアントを検索する
  • 17 章 gnomAD でヒトのエキソームやゲノムのデータから変異を探す
  • 18 章 GTEx Portal でヒトの各組織での遺伝子発現量や影響するeQTL を調べる

第一章から第12章までのツールは日頃使っています。

特に、DBCLS謹製のRefEx 、Chip-Atlasとmetascapseはぼくにとっては研究になくてはならないtoolとなっています。

Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース の第14章以降はぼくにとっては今現在「普段使い」とは言えないtoolなのですが「「十八番(おはこ)」と自負できるほど究め」てみようと思います。

 

もっと分厚い本を想像していました。記述は結構あっさりしています。

考えたらこれはTV番組の解説なのだということに気づきました。

この本を開きながら-スクリーンショットが載っています-番組を視て本に残したメモを見ながら実際に手を動かすような使い方が考えられます。

大学院の学生さんにもとにかくこの18のツールは使い込んで自家薬籠中の物としてもらいたいですね。本を提示して番組を時間のあるときに視聴してもらうことで大学院の講義を聴くより大きな効果が期待できると思います。

 

付録とコラムも面白いです。

統合TVといえばぼくにとっては統合牧場を思い出します。「牧場」構想をお聞きしたときはこれは一種の発明だなと思いました。 統合TVもこの牧場の収穫物として「放送」がはじまったという風に記憶しています。

出版にまつわるエピソードや監修者のお一人である坊農さんの考えは以下からお読み頂けます。

現在横浜で開催中の分子生物学会で先行販売(10%引き)中だそうです。


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麻酔科登山会山行 #6

On 2018/11/19 月曜日, in Thus Spoke Dr. Hypoxia, by bodyhacker

昨日(2018 11/18)に麻酔科登山会の第六回山行を行いました。

参加者はオリジナルメンバー4名です。

オガちゃんの立てた計画で高取山、明日香を巡る山歩きです。

行程は以下の通りでした。

こっちも参照してください。

  • 近鉄 大阪阿倍野橋駅 集合 9:00
  • 近鉄 壺阪山駅 10:05
  • 奈良交通バス 壺阪寺口 10:15
  • 高取山 12:00 昼食
  • 猿岩分岐 12:30
  • 栢森 13:10
  • 女綱 (栢森) 13:15
  • 男綱 (稲淵) 13:40
  • 石舞台 14:00
  • 明日香観光会館 15:00
  • 橿原神宮駅 15:00
  • だんご庄 15:50
  • 近鉄八木駅 解散

快晴でしかも空気は澄み切って爽快な1日でした。 バスを駆使して楽チンでもありました。

阿倍野橋に向かう御堂筋線で隣に座っているおじさんに何処の山を登るのだと話しかけられ話に応じたら結局阿倍野橋に着くまでづっとしゃべり続ける羽目に。

リュックはいくらくらいするのかとか服は何処で買うのかなどなど。 なんだったんだろうかな。 競馬新聞は持っていませんでした。

 

壺阪寺に到着してさて登ろうかというときトイレに行きたくなったのですが寺に入らないとつまり600円払わないとトイレが使えない事がわかり寺を拝観()。

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2時間は行動したはずなのですがあっと言う間に城址公園に到着です。

 

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昼食を取って下山です。

猿岩を過ぎて程なく右手にを発見。オガちゃんが何を思ったのか沼に向かって歩き始め「アッ」とか叫ぶのでハマったのかと思ったらハマった気がしただけでした。

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結構急な坂(400mくらい)を一気に下り栢森 に到着。

 

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ここら一帯を奥明日香と言うのだそうです。 飛鳥川沿に石舞台を目指して歩き始めました。

途中、女綱 ・男綱 を横目に見ながらどんどん進んで石舞台に到着です。

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ぐるっと廻ると売店があり、O平とN島さんが17 ice cleam食べる間休憩。

石舞台でも250円

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関西歴36年のぼくも初めてで感動()しました。

小林秀雄に「蘇我馬子の墓」と言う作品があります。(文庫本 「モオツァルト・無常という事」に入っています)

小林秀雄は石の上で弁当を食べながら、本作の着想を得たと書いてあるのですが現在は当然それは禁止されています。

作品の一部を引用します。

私は、バスを求めて、田舎道を歩いて行く。大和三山が美しい。それは、どの様な歴史の設計図をもってしても、要約の出来ぬ美しさの様に見える。「萬葉」の歌人等は、あの山の線や色合いや質量に従って、自分達の感覚や思想を調整したであろう。取り止めもない空想の危険を、僅かに抽象的論理によって支えている私達現代人にとって、それは大きな教訓に思われる。

この描写がぴったりするくらいの風景で今回このコースを選んでくれたオガちゃんに感謝ですね。

バスで樫原神宮駅に向かい八木で降りて団子を食べて解散しました。

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