麻酔科山行 #4
前回(2017/04/17)の第三回山行に続いて，暑くなるという天気予報にもかかわらず第四回山行無事完了しました。
参加者は,前回参加の麻酔科の4年目修練医3名(すでに枚方病院にはいません)に加えてぼくの同級生で第三回にも参加してくれたI先生に加えて大学院生のKのき先生の六人でした。
今回は，三輪山。
9時に桜井駅に集合。(ぼくが8:30位に到着すると皆集まっていました｝ M村さんのお母さんもいらしていてしばし歓談して出発です。
大和川をこえて山辺の道に入って大神神社に到着です。
小林秀雄の揮毫です。
登拝口の狭井神社に移動して，手続きをして説明を受けタスキを受け取り登拝開始です(9:23)。
これより移行は写真撮影はできません。
奥津磐座まで一時間ほどで到着します。同じ道を引き返し12：05に狭井神社に戻り登拝完了です。
途中「三光の滝」という小さな滝があります。
この滝は三島由紀夫の小説「奔馬 （豊穣の海の第二巻）」にでてくる滝です。
本多繁邦が松枝清顕の生まれ変わりである飯沼勲を生まれ変わりとして認める重要なシーンに登場する滝です。
松枝清顕は死の間際に本多繁邦に「又、会ふぜ。きつと会ふ。滝の下で」と言い残してこの世を去ったのです。
今回訪問できて良かったです。
「鎮女池」のほとりでM村さんのお母さんに頂いたサラダラップ を食べて桜井駅に引き返しました。
駅前の寿司屋さんで打ち上げです。
近鉄電車に乗ってそれぞれの帰途につきました。
ノーベル文学賞
ノーベル文学賞ですがことしぼく予想が当たりました。
Kazuo Ishiguroだったら…
— Hirota, K. (@bodyhacker)
#drbonobon
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS: DataBase Center for Life Science)の坊農秀雅さんが本を上梓されました。
「Dr. Bonoの生命科学データ解析」 メディカル・サイエンス・インターナショナル 本体価格 3,000円 ISBN 9784895929011 です。 #drbonobon
今日が発売日ということですが癌学会の会場では昨日から販売をはじめているようです。
Now on sale! #drbonobon pic.twitter.com/rRXklEF21M
— 教科書を書いたポスドク (@bonohu)
ちょっとしたきっかけで発売前に読ませていただきました。
坊農さんとはぼくらがやっている「がんとハイポキシア研究会」の縁でもう10年以上のお付き合いがあります。 関西のご出身でいわゆる実家がぼくの家と近いということもあり，お盆・正月に会う事もありましたがぼくにdry解析の必要が無かった事もあり共同研究未満の状況でした。
「次世代シークエンサーDRY解析教本」が出版され読んでみると俺でもできるんじゃないかという気が湧いてきて挑戦を試みました。
自前の配列と公共データベースの配列を使ったRNA-Seqです。
ちょうど職場の講演会に坊農さんをお招きした次の日face-to-faceで必要なアプリのインストールから付き合っていただき解析がはじまりました。とてもよく書かれた本なのですがやっぱりこけるわけです。これはある種の基本的な知識（リテラシーともいいます）がぼくに欠けていたというとに起因するとレトロスペクティブには思えました。
今回のbono本はこの部分に主眼が置かれているとぼくには感じました。
実際どこかで聞いたことがあるなという話が満載なのですがこれは坊農さんから文字通り「聞いた」話なのです。
皆さんの中にもバイオインフォマティクス解析に興味を持っている方がいると思います。隣に「坊農さん」がいない研究者がまずはじめに読むべきなのがこの本です。
「Bono本」から「Dry解析本」でRNA-Seq解析を行い論文の図表を自分で作成しデデータマイニングすることができるようになることをぼくが保証します。
解析はお金があれば外注でもできると思いますが，自由度に乏しくなんちゃって「データマイング」という域にも至りません。研究に活かそうと思えば，なので自分である程度できるようになることが肝要です。
近くに専門家がいても彼らとて研究者でありこちらの都合のよい時間にやってきて問題を解決してくれるとは限りません。自分のmacで思いついたらちょっとできるというのが重要だとぼくは感じています。
読み進めるとちょっと躓く箇所が初心者にはあると思います。キーワードに赤線を引いてそこは読み飛ばしましょう。
この #drbonobon は辞書的な使い方をする便利本ではなくまず基本知識を得るための教科書ですのでまず一回は通読してください。 読者の理解度に合わせて得るものがあります。
ご本人もブログで話題提供しておられます。
“簡単に言えば、ぼうのブログを生命科学データ解析の教科書としてまとめたものが、「Dr. Bono の生命科学データ解析」 こと、Bono本である” #drbonobon / “Bono本とは | ぼうのブログ” https://t.co/KZsi2YG2mA
— 長ぐつをはいたポスドク (@bonohu)
“データサイエンティスト養成読本の生命科学版があったらいいのに” #drbonobon / “なぜBono本を書いたのか? | ぼうのブログ” https://t.co/Zmj9JeSOr3
— 長ぐつをはいたポスドク (@bonohu)
“編集者とのやり取りの即時性、バージョニングの問題を鑑み、DRY解析教本のときのやり方を踏襲してクラウドを活用した原稿のグループ共有を実践” #drbonobon / “どうやってBono本を書いたか? | ぼうのブログ” https://t.co/iKHMzdW7Te
— 長ぐつをはいたポスドク (@bonohu)
“基本的には生命科学分野の大学院生やポスドク / 生命科学系のデータ解析に興味があるが、生命科学以外のバックグラウンドの方も” #drbonobon / “Bono本の想定読者とは? | ぼうのブログ” https://t.co/0A3FCUGtXV
— 長ぐつをはいたポスドク (@bonohu)
“寝る前の時間に書いていたこともあるが、多くは土日祝にまとめて” #drbonobon / “いつBono本を書いていたか? | ぼうのブログ” https://t.co/vDrHPsCSrY
— 長ぐつをはいたポスドク (@bonohu)
“本を書くことは仕事ではない。本務専念義務がある特任研究員だから” #drbonobon / “Bono本はどこで書いていたか? | ぼうのブログ” https://t.co/JEq0PcxqaO
— 長ぐつをはいたポスドク (@bonohu)
最後にいつぞやの分子生物学会＋生化学会のシンポジウムを坊農さんとぼくで企画したときの惹句を掲げておきます。
巷間，ビッグデータの時代だといわれる。生命科学の分野での典型例は本邦のDDBJも参加する「DDBJ/EMBL/Genbank国際塩基配列データベース」であろう。その活用も重要な役割を占めるようになってきた。公共データベースを利用した遺伝子発現動向の精査に基づいた研究戦略の策定により「山中因子」の同定に至ったという逸話を持ち出すまでもなく，利用は今や研究者に取って必須である。 講習会，チュートリアルビデオなどを活用した学びの機会は数多く提供されているものの「自分」に必要なデータベースを探し出し，ツールを見つけて自家薬籠中のものとするのは容易ではない。 本ワークショップでは，キュレーション・メタ情報の付加を含んだ公共データベース構築，それを活用するためのアルゴリズム作成とプログラミングを含む活用ツール作り，また研究者とデータベースの関わりの実際を紹介して誰でも”バイオインフォマティシャン時代”を俯瞰する。
「いつかできるから今日できる」
映画「あさひなぐ」の主題歌がビデオで見れるようになっています。 西野さんの切ない歌い出しがたまりません。
タイトルは「いつかできるから今日できる」ってぼくにとってのDry解析みたいなものですね。
今日は朝から日当直です。
大学に来て論文を投稿してお昼前に手術室で働きました。
台風で朝から大雨のハズが17時現在強風なものの雨は一滴も降ってきていません。
とはいえ救急外来を訪れる患者さんは大分少なそうです。
NX-521236号
NASAの無人土星探索機 Cassini (カッシーニ）が20年の任務の最後のミッションである「グランドフィナーレ」を2017/9/14の午前5時前（カルフォルニア時間）に終えたそうです。”Cassini is now part of the planet it studied”つまり土星の大気圏に突入して燃え尽きたのだそうです。
「グランドフィナーレ」の最後の最後までCassiniはdataを送り続けたいたそうで最後の写真がこれです。
This is the final photo Cassini took, in black and white and in natural color, via @CassiniSaturn https://t.co/9M0EjIKjS6 pic.twitter.com/1jzzH901oy
— NYT Science (@NYTScience)
Earth received @CassiniSaturn’s final signal at 7:55am ET. Cassini is now part of the planet it studied. Thanks for the science #GrandFinale pic.twitter.com/YfSTeeqbz1
— NASA (@NASA)
Every time we see Saturn in the night sky, we’ll remember. We’ll smile. And we’ll want to go back. #GrandFinale #GoodbyeCassini #Cassini pic.twitter.com/6tzJ4N9Jif
— CassiniSaturn (@CassiniSaturn)
この話を見聞きしてちょっとセンチメンタルになって，連載漫画のエピソードを思い出しました。
山下和美さんの連載に「不思議な少年」というシリーズがあります。
時間と空間を自由に行ききできる「不思議な少年」が登場するそれぞれ独立なエピソード集で単行本は現在9巻まで出版されています。
その第6巻の冒頭のエピソードは「NX-521236号」です。
時はAD2100年です。
人類は太陽系外惑星のテラフォーミングというプロジェクトに着手します。1000年もかかる長期プロジェクトです。 地球から1000光年離れた第二七惑星系の三つの惑星を人類が居住できる環境に作り変えるというのがテラフォーミングプロジェクトです。 その担い手は100万体の人型NX型ロボットです。 その中の一体がNX-521236号です。ロボット開発担当のサンドラはNX-521236号だけを特別な仕様としたという設定になっています。つまりNX-521236号だけは仲間と交信をして，解析して地球に結果を送り届ける任務のため壊れない仕様にしたというのです。NX-521236号はその証としてサンドラから宇宙船の乗り込み前に毛糸の帽子を出発に前に被せされたのです。 そして1000年経ってAD3100年テラフォーミングというプロジェクトは完成します。NX型ロボットはそれまでに自らの任務を完遂するタメに自爆したり壊れたりしてとうとうNX-521236号一体だけが残りました。NX-521236号の任務は完了という訳です。この時点でNX-521236号は自爆する仕様となっています。
ここでNX-521236号に声が聞こえます。 1000年前にサンドラが彼に向けた言葉が今聞こえているのです。
「NX-521236号 521236 聞こえる？ 私よサンドラよ 聞こえる？」
「サンドラ サンドラ僕だよ。 聞こえるよサンドラ！！」
「今地球はあなたたちが旅立った直後の西暦2100年。
このメッセージが1000光年の先のあなたの元に届くのは西暦3100年 ちょうどテラフォーミングが完成した頃ね
よく頑張りましたNX-521236 ご褒美をあげたいけど このメッセージが届く頃には私はとうに「壊れている」わ…
でも私は満足よ 人類の未来に貢献できたんですもの
私はあなたを誇りにおもうわ じゃあね」
その後「不思議な少年」の介入である出来事が起こります。 御自分で読んでください。
とても感動的なエピソードで「不思議な少年」でベスト5には入るエピソードです。
よく頑張りました ご褒美をあげたい といってくれる人がいたらいいなと思いますが言ってほしい人はもう死んじゃったし。
ぼくはコミックス版とKindle版の両方を持っています。
