大学院生の楠先生の論文が公刊されました
大学院生の楠先生の論文が公刊されました｡
Kusunoki M, Hayashi M, Shoji T, Uba T, Tanaka H, Sumi C, Matsuo Y, Hirota K. 2019.
PeerJ 7:e8157
http://doi.org/10.7717/peerj.8157
Figureが8つあってsupplementary figureも8つある大作です｡
dataが多すぎて麻酔の専門誌では載せてくれるところがありません｡
大学院生の正司先生の論文がScientific Reportsにアクセプトされました
大学院生の正司先生の論文がScientific Reportsにアクセプトされました｡
polysulfideがインスリンの分泌に及ぼす影響を解析した研究結果です｡
こっちもfigureが8つあってsupplementary figureも8つあります｡
低酸素遺伝子応答のメタアナリシスの結果をbioRxivに発表しました
低酸素遺伝子応答のメタアナリシスの結果をbioRxivに発表しました｡
DBCLSの坊農さんとの共著です｡
Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases doi: https://doi.org/10.1101/267310
The version 2 of our manuscript entitled “Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases” has been archived in #bioRxiv . The manuscript has been revised to include meta-analysis of ChIP-seq.
https://t.co/ITiQ812hdn— ぼうのう ひでまさ (@bonohu)
共著論文がアクセプトされました
共著論文がアクセプトされたのですが詳細はここでは発表しません｡
本の紹介
実験医学別冊 RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ
今時RNA-Seqは誰でもすなる研究手法でweb上でも出版物でもどこでも見掛けます。
それ故無数の微妙に異なる方法が並立して初学者には一体どれを使えばいいのか迷ってしまう問題があります。
遺伝子の発現解析に限ればこの本をまず通読すると見通しがすごくよくなると思います｡
“COLUMN”の内容も有用です｡
Chapter7は1細胞RNA-Seqがテーマとなっている章ですが､｢多数のサンプル間の類似度を比較する｣という考え方はconventinalなRNA-Seqでも必要な考え方でありこれらが学べます｡
一家に一冊そろえて通読すべき本だと思います｡
ぼくらの論文のdataも教材として取り上げられています｡
- Chapter1 まずはこれだけ！解析環境を整える〜Mac＋Biocondaを中心に【安水良明】
- Chapter2 データを入手する
- （1）RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数，小分子・長分子での違いなど【木本舞】
- COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】
- （2）公共データの利用〜AOEとRefEx，SRAデータ取得，メタ解析【坊農秀雅】
- Chapter3 転写産物の発現を定量する
- （1）リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie【安藤美波，粕川雄也】
- （2）リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM【上樂明也】
- COLUMN Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する【田中英夫】
- （3）リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon，kallisto，tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】
- （4）転写開始点を解析する方法〜CAGE【森岡勝樹】
- COLUMN 各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】
- Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】
- Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】
- Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析【仲里猛留】
- COLUMN Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する【執筆／Stuart Tugendreich，Jean-Noel Billaud，訳／國田竜太】
- COLUMN アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology，BioMart，Spotfire【坊農秀雅】
- Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
- （1）次元削減と可視化【佐藤建太，二階堂愛】
- （2）類似度の計算とクラスタリング【佐藤建太，二階堂愛】
- COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向【佐藤建太，二階堂愛】
- Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP【上坂一馬】
- Chapter9 論文投稿に必須！データを登録・公開する〜DRA，GEA【児玉悠一】
- COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】
｢次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 ｣
岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門の清水厚志さんとライフサイエンス統合データベースセンターの坊農秀雅さんが編集した｢次世代シークエンサーDRY解析教本｣の改定第2版｢次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版 ｣が分子生物学会で先行販売されています｡
ぼくも一部担当させて頂きました｡
東海大学での講演会
熊本で講演会を開いてもらいます
東海大学 九州キャンパス主催 公開学術講演会
｢低酸素応答の過去・現在・未来｣
日時:12/06(金曜日) 午後5時20分~午後7時
こんな長い時間にわたって座を持たせることができるのか不安ですがなんとかがんばります｡
ちなみにタイトルはぼくの友人(東海大学の教授しています)が決めました。
講演にはどなたでも参加頂けるそうです。
また今回の講演は熊本で行われるのですが伊勢原キャンパスに中継されるという案が浮上しています｡
東海大学ならそれが技術的には｢簡単に｣できるのだそうです｡
さすが日本を代表する総合大学です｡
医学界新聞のエッセー
医学書院が毎週発行している「医学界新聞」というメディアにぼくのエッセーが掲載されました。
HIF；Highly Involved Factor――ノーベル医学・生理学賞「低酸素応答」の医学的意義と今後の展開
どなたにでもweb上でお読み頂けます。
はじめはもっと短かったのですが長くなりました｡
「ノーベル医学・生理学賞」となっていますね。細かいことは気にしないでください。
第17回がんとハイポキシア研究会
先々週の土曜日・日曜日(11/09-11/10)に大阪市立大学で第17回がんとハイポキシア研究会が開催されました。
70人近い参加者を得て盛会だったと思います。交通至便でコンパクトな会場でよかったです。
運営に直接たずさわって頂いた大阪市立大学の薬理学講座の皆さんに感謝します。
ちょっとびっくりするような研究結果に出会うこともできて満足でした。
おやつに、岩おこしとか551の肉まんとかも出て皆さんに大好評でした。
来年18回は2020年11/06-11/07の(金・土）の日程で行われる予定です。
第18回がんとハイポキシア研究会は以下の予定で開催される予定となりました。
日程: 2020/11/06 (金)-2019/11/07(土）
テーマ:イメージングから攻める低酸素生物学
世話人:群馬大学 飛田成史 教授 / 南嶋 洋司 教授
場所:桐生市市民文化会館 https://t.co/08gbtdt7qc#cancer_hypoxia2019— がんとハイポキシア研究会 (@cancer_hypoxia)
広島大学 原医研セミナー
先週の木曜日(11/21)に広島大学原爆放射線医科学研究所の「原医研セミナー」の第230回を担当させていただきました。
集まらないと思っていたのですが結果として大勢の聴衆に集まっていただきました。ありがとうございました。
放射線災害医療開発研究分野 の廣橋先生と谷本先生にお世話になりました。
原医研のミッションに
得られた研究成果を大学院教育に反映させることにより、放射線影響学・医科学分野における次世代の研究者及び医師の育成や放射線災害医療などの緊急の社会的な要請に応えられる人材の養成を行う機関として機能させる。
というものがあり基礎研究だけでない多角的な活動を行っているようです。
大阪市にある北野病院に勤務していた事があります。
北野病院は正式には公益財団法人田附興風会医学研究所北野病院という名称で研究所なのです。
現実に稼働している研究所があり現在は武藤誠先生が所長をされています。
ぼくもかつて麻酔の臨床をするかたわらに大学院生４人と北野病院で基礎研究をしていました。
麻酔科の足立部長の支援があったからなのですが、インフラがキチンと整っていたという事も大きかったのです。
そのインフラは、当時研究室を主に使っていた呼吸器外科の三宅先生と呼吸器内科の服部登先生方が研究費を取得して整備していてくれていたのです。
これらのインフラ(培養システム、X線フィルムの現像機などなど）が無ければ研究があんなにスムーズに進行することは無かったと思います。
服部先生はその後、広島大学に転出して現在は呼吸器内科を主宰しておられます。 セミナーにも来ていただき旧交を温めることができました。ありがとうございました。
という訳で市中病院でも条件が整えば基礎研究を継続する事は十分可能です、という事が言いたかったことです。
### サイエンスZERO
NHKのEテレにサイエンスZEROという番組があります。 12/08は「特別編！科学のノーベル賞、全部やります！」です。
MCは小島瑠璃子さんと森田洋平)アナウンサーが担当され今回はNHK解説委員の土屋敏之さんも加わります。
ノーベル賞特集！日本人の受賞で沸いた化学分野はもちろん、物理学、医学・生理学分野も歴史的な偉業。サイエンスZEROは全部たっぷり、お伝えします！人類の宇宙観を大転換させた物理学賞の成果、そして、生命維持に欠かせない「低酸素応答」の仕組みを徹底解説。さらに、今回の吉野彰さん受賞の背景に、2人の日本人ノーベル賞科学者からの知られざるバトンリレーがあったという裏話も登場。ひと味違う深掘り、ご覧ください！
ということで科学三賞をサイエンスZEROの視点で紹介するプログラムとなっています。
「低酸素応答」のパートでは、ぼくも参加します。東大の南学さんもビデオ出演するはず。
プロデューサーさん、ディレクターさん、森田さん、土屋さんの勉強量、小島さんの瞬発力に圧倒されました。
一応一回は「いい質問ですね」とは発言したのですがどうなるか…
「宮沢賢治 デクノボーの叡知」
大学生の時、見田宗介氏の「宮沢賢治―存在の祭りの中へ」を読んで宮沢賢治に目覚めて今まで結構読んできたけど、「宮沢賢治 デクノボーの叡知」は特別に感銘を受けました。
