大学院生の論文を1/18に某雑誌にsubmitしたですが査読に時間がかかって結局先週3ヶ月くらいかかってやっとdecisionをもらいました。

嫌な予感がしていたのですが実際は別になんて事のないコメントばかりでrevisionも済ませてしまいました。

連休の谷間で送り返してしまいます。

 

すっかりエントリーの更新が途絶えていましたが元気です。


「トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文」

羊土社から最近出版されたトップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文〜言語学的Move分析が明かした執筆の武器になるパターンと頻出表現を紹介します。

トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文〜言語学的Move分析が明かした執筆の武器になるパターンと頻出表現

英語に限らないのですが論文や科学的な総説をうまく書きたいという希望を持っています。

様々な論文執筆の指南書を出版される度に立ち読みしたり買ったりして読んで少しでも参考になればと努力を重ねている、つもりですがなかなか満足のいくデキにはなりません。

先日梅田の紀伊国屋書店でトップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文を見かけて買って読みました。

論文を執筆する際には,過去の類似論文を参考にすることが一番のコツで ある

論文には基本的な構成というものがある.決められたセクション分け (Introduction,Methods,Results,Discussion)もその1つだが,決 められていない部分にも一定のパターンがある.それが本書で示す12のMove である.もちろん論文をどのように書くのかは著者の裁量であるが,実際に は論文の型というものに配慮しなければならない.

という思想で論文の型を強調して執筆をしていくという方法が紹介されています。

 

本書に示す分析に用いたコーパスデータは著者の一人である石井先生が作成したもので 、特徴としては2つあるとのこと。

まず本コーパスデータは医学論文に特化し た特殊コーパスである点である.

また作成するにあたっては,医学論文15編 を分析し12のMoveに 基づいて395編の論文(総語数約140万語)を集めたという二点が売りです。

 

つまり「データ」に基づいているのです。

ぼくはNature, Cell, Scienceに論文を載っけるという方向で研究をしているわけでなく皆が名前は知っているようなopen journalに自分らの仕事が出れば良いという報告で論文を作成しています。その場合、英語がうまいとかそういったことはそう大きな問題でなくきちんとdataを揃えて論理的に並べればよほどひどい査読者に当たらない限りなんとなるものだと思っています。

なのでコーパスに適った文章が淡々と書くことができれば良いということになります。

型があってそれにははめると形になるという方法は大歓迎です。

 

通読しましたがぼくでも得るところは多いといえます。

 

妙な本を読む前にまずこれを読みましょう。

 

羊土社からは、ライフサイエンス英語表現使い分け辞典第2版が出版されています。

 

基本的な発想は一緒です。 ぼくが机の上に常においている唯一の辞典です。

オンライン版のライフサイエンス辞書を使う場面も多いです。

さらに河本先生はライフサイエンス辞書コーパス活用法というweb pageを運営されています。

ライフサイエンス英語表現使い分け辞典第2版 (ライフサイエンス英語シリーズ)

目次です。

Part1 論文を書く前に学びたい執筆のテクニック

1医学英語論文の流れとMove分析

1 論文のセクションとMoveとの関係

2 Move の特徴と役割

2 パラグラフ・ライティングの原則と流れのつくり方

1 原則1:パラグラフの基本パターンを構成する3つの要素

2 原則2:one paragraph, one idea の原則と流れのつくり方

3 パラグラフ間につながりを持たせるフックの活用

4 パラグラフの分け方と分量の関係

3 signpostの活用と論理展開の原則

1 signpostとは

2 パラグラフ構成における論理展開の原則

3 signpostとなるつなぎ表現のパターン

4 その他のsignpostとなる表現

4 論文における時制の意味とその重要性

時制の使い分けのポイント

* 5 引用のルール*

復習問題 Part2 医学英語論文の構成パターンと特徴的英語表現

Introduction

構成と書き方

Move構成と英語表現

* Methods*

構成と書き方

Move構成と英語表現

Results

構成と書き方

Move構成と英語表現

Discussion

構成と書き方

Move構成と英語表現


総説でました

意識の高い医者が読むと思われているIntensivistという雑誌があるのですが最新号に寄稿しました。

この雑誌毎回特集が組まれているようで今回は「酸素療法」。

酸素って難しいですというかまともなエビデンスってあるのかな。みんな苦労していると思います。

ぼくの担当した部分は、

低酸素の生物学 : 低酸素誘導性因子の果たす役割 Intensivist Vol10, No2 p259-269 (2018)

今回はこんな感じでまとめました

酸素は生命に必須な分子である。それ故、基礎医学の範疇にとどまらず基礎生物学の重要研究課題であり論文が刊行され続けている。臨床医学の分野でも「酸素」にまつわる様々な研究結果が存在し、読者諸氏もよくご存じの通り、心肺蘇生時の酸素投与ではその有用性を越えて有害性の有無を検討する臨床研究さえ存在する1。集中治療をふくむいわゆるクリティカルケアでは事情はさらに複雑でこのような現状を背景に酸素にまつわる知見の整理をする必要がありこの観点からIntensivistの特集「酸素療法」が企画されたのであろう。 この稿では、基礎生物学的な観点から低酸素応答・酸素代謝に関わる研究の現状を解説して、臨床現場での判断に還元できる応用可能な生体と酸素についてのコンセプトを提示したい。

興味があれば自分は医者でないけどという人でも読んでみてください。

医者特にcritical careに携わる医者は低酸素をこんな観点から理解しようとしているということがわかるかもしれません。

結構高価なムックです。

多くは臨床家向けの総説になっていますので一冊買うのはちょっとと思うかもしれません。

大学に所属している場合は図書館が医学書院と契約していて雑誌がごっそり読める場合がありますし麻酔科とか集中治療に関わる医者に聞いたら「はい」って感じで読ませてもらえるかもしれません。

INTENSIVIST Vol.10 No.2 2018 (特集:酸素療法)


コンピュータのファイル名

以前にもこのブログで取り上げたことがあるのですが再度書いてみます。

コンピュータのファイル名の件です。

コンピュータのファイルの名前の付け方にもいろんなルールがあります。勝手に名前をつけるとトラブルの元になります。

wikiにも記載があるほどです。 https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E5%90%8D

Apple社も以下の様なことを以前には推奨していました。

ファイルに名前を付けるときは、次の点に注意してください。 コンピュータによっては、ファイル名に特殊文字を使うと問題が発生する場合があります。したがって、ファイル名には、アルファベットの大文字と小文字(A〜Z、a〜z)、数字(0〜9)、およびアンダースコア(_)のみを使用します。 ピリオド(.)はファイル名と拡張子との区切り文字としてのみ使用し、それ以外の場所には使用しないでください。ファイル名の先頭にピリオド(.)を使用することはできません。 ファイル名に拡張子(たとえば「letter.doc」というファイル名の「.doc」や「picture.jpg」の「.jpg」)を付けることによって、どのアプリケーションでファイルを開くかを区別しているコンピュータもあります。この場合、ファイル名に拡張子が付いていなければ、ファイルをダウンロードした人は、どのアプリケーションでファイルを開けばよいかがわかりません。 また、短いファイル名が必要なコンピュータもあります。誰もが共有ファイルを利用できるようにするには、8文字以下(拡張子を含む場合は拡張子を入れて12文字以下)のファイル名を付けてください。

”長さ”に関して言えば、ぼくとのやりとりでは8文字以下にする必要はありません。しかし拡張子は必ずつけてください。

ぼくはファイル名になるべく日本語を使わないようにはしていますが,解りやすくて便利なことがあるので厳密に守っているわけではありません。最近では使う場合が多いともいえます。

しかしファイル名に”ブランク”をつかうことはありません。またファイル名にギリシャ文字などは使いません。妙な事が起こることがあります。

つまり”西野七瀬.doc”はありです。 ”西野 七瀬.doc”は無し(”西野 七瀬.doc”はもっと無しです)で,この場合,”西野七瀬.doc.doc”とします。望ましいのは”nanasenishino.docです。 ”HIF-1α.doc”は無しで”HIF-1a.doc”です。

また以下が大切なのですが、自分の作業履歴はすくなくとも一日の単位で保存してください。

つまり”渡邉理佐.doc”というファイルで暫定的に作業を始めても作業が終われば”20180421渡邉理佐.doc”という風な名前で保存します。二日後にそれに修正を加えれば今度は”20180423渡邉理佐.doc”と名前をつけます。

こうやって投稿して論文がアクセプトされるまですべてのファイルを保存していきます。決して”上書き保存”をしてはいけません。

 

ぼくが作業をして結果を返すときは,”20180424_渡邉理佐-kh.doc”の様な名前をつけてぼく(kh)が修正を加えたことを明らかにして送り返します。

 

また”日麻.doc”のような名前のfileを送られても困ります。ぼくはある特定の一人とだけ作業をしているわけではありません。

何度も書きますが最低限日付をfile名に入れるだけでだいぶ違うのです。保存するサンプルには面倒でも日付を入れて保存するのと同じです。

日付ですが”141126″ではなく”20141116″と書くことにしています。

 

fileの名前の付け方に絶対的なルールはありませんがこれを皆さんにお願いする理由は単純です。ぼくがそうしているからです

このルールに沿っていない場合はぼくが即座に上記のルールでfile名を変更してしまいます。

もちろん皆さんが自分で独立して研究をするようになったら好きにしてください。

また 半角のカナの使用は絶対に止めてください。 また英数字を全角にするのも止めてください。


今、Natural Causes: An Epidemic of Wellness, the Certainty of Dying, and Killing Ourselves to Live Longerを読んでいます。

読み終わったら何か書いてみます。

Natural Causes: An Epidemic of Wellness, the Certainty of Dying, and Killing Ourselves to Live Longer (English Edition)


PDF

勤務先では研究医養成コースを開設して多くの学生が参加してくれています。

研究医養成コースは3学年から始まるのですが1学年と2学年の学生には研究マインド養成のためのカリキュラムが用意されているのですが金曜日に今年入学した学生への説明会が開かれる事になっていてぼくも少し話します。

その折に何冊かの本を紹介します。

いわゆる教科書は除きました。大学から指定があると思います。

参考になると良いと思います。


若い研究者へ遺すメッセージ 小さな小さなクローディン発見物語

若い研究者へ遺すメッセージ 小さな小さなクローディン発見物語

感動します。


青いバラ

青いバラ (岩波現代文庫)

もう一冊同じ著者の本を

東工大講義 生涯を賭けるテーマをいかに選ぶか

東工大講義 生涯を賭けるテーマをいかに選ぶか


次はちょっと古い本なのですが図書館にはあると思います。 ぼくも持っています。

ノーベル賞の決闘

ノーベル賞の決闘 (同時代ライブラリー)

研究者ってエグいんです。


遺伝子‐親密なる人類史 (上) 遺伝子‐親密なる人類史 (下)

遺伝子‐親密なる人類史‐ 上 遺伝子‐親密なる人類史‐ 下

ぼくは英語版しか読んでいないのですが訳も素晴らしいということです。

同じ著者のものをもう一冊。

不確かな医学

不確かな医学 (TEDブックス)


トクロンティヌス氏の次の二作もどうぞ。 実際は研究生活ってこんなのです。

「魔法大学院第三呪術研究室には研究費がない」

「コーヒーショップライフテクノロジーズ」


ちなみにこんな文章を以前書きました

最後にぼくの研究結果のリストです。興味があればどうぞ。


PDF

昨日から花粉症なのか黄砂症なのかわからないのですが猛烈に症状が出てきて死にかけています。

もしかしたらストレスかもしれませんけど…

 

ある原稿の締め切りが今月末に設定されていたのですが一週間ほど前にmailが来て2.5ヶ月後ろにずれて気が抜けてしまいました。

文字はほとんど並べ終わっていたのですがそれでは6合目くらいにしか過ぎないわけで今頃は泣きながら「寄せ」にかかっていたと考えると…

 


「小保方晴子日記」を読んで

証人喚問のex国税庁長官さんもなんか大変な時期に結構な事に巻き込まれちゃったなと自分の不運を嘆いてるのではないでしょうか。もう2年くらい早くても遅くてもこんな問題には巻き込まれなかったのですか。

あんなに頑張ってだれかが今後の保証とかしてくれることちゃんとなっているのでしょうか。ちょっと気の毒です。

「決裁文書書き換えー捏造ー問題」というのは書き換えられたことは確実でも「犯罪」として罪に問うことには結構大きなハードルがあると知って法律というのはそういう風にできているのだなと妙な感慨にふけっていました。

研究の不正も本人が不正事実を認めても刑法上の罪に問うのはやはりそれなりに難しいのと似ているのかもしれません。

しかし、政治と研究不正は一方で「倫理」の側面が強調されその段階となると何かよく分からん成り行きとなってしまいます。

 

最近「小保方晴子日記」を読みました。

精神科入院、博士号剥奪、手記の執筆…… STAP騒動を経て、壮絶な日々をどう生き延びたのか。 理研退職からの650日間を綴る。 〈『婦人公論』好評連載をもとに、その後の日々を大幅加筆〉 という触れ込みだったのですが特に有益な情報が得られたという感想はありませんでした。どうもいろんな温泉巡りをしていたようです。 しかし、この日記を読んでわかったことがあります。 

 

以前書いたことがあります

この本ー注「あの日」ーを読んで「STAP事件(と敢えて言います)」がよく解らなくなりました。 またはじめに書いておきますがぼくは小保方さんを擁護している訳ではありません。 内容は何人かの人が書いているとおりです。しかし、実際に読むとまったく印象が異なります。 これは妄想にとらわれた元研究者が小遣い稼ぎに書いた「手記」ではないと思いました。 あり得ないほど完成している部分と素人が書いたのだろうと一読して解るくらいの拙い部分が渾然としていてよほど実力のある編集者が伴走した結果だと思いました。 実に読みにくい箇所もありました。 しかし、第一章から第三章までは本当に読ませられました。第六章もリアルです。 関係者であればはっとするような内容を含んでいると思います。 取りざたされている人達はこの手記を黙殺するしか対抗手段はないのではないでしょうか。 これを読んで本気で「実際は」どうだったのかを単なる好奇心で知りたいと思いました。野次馬根性だと言われるかも知れませんが正直な感想です。 この本を購入して読むということに抵抗のある人もいると思います。

「あり得ないほど完成している部分と素人が書いたのだろうと一読して解るくらいの拙い部分が渾然としていてよほど実力のある編集者が伴走した結果だと思いました」 という感想は部分的には正しかったようです。 ライターさんとか編集者がかなり関与していたのですね。

しかし、今回の「小保方晴子日記」は既述は千々時乱れて最後まで読むとちょっと切なくなります。読まなくてもいいかもしれません。ほんと暗いです。温泉巡りをしていたのですが具体的な場所についての記述が無いのでなんか臨場感に乏しい感じはあります。

また寂聴さんに触発されて小説も書いていたようです。どこかに掲載されるかもしれませんね。

 

研究不正でいつも思うことは、論文に不正が「認定」されて最終的にretractされたとしてその論文の主張というは科学者間ではどう扱われるのかということです。

論文の不正が発覚するのが出版からかなりの時間を経てからという場合もあります。 可能性としては

  • 「あれは怪しいよ。だって誰も再現できないんだから」という場合
  • 皆が素晴らしい研究だと考えていわゆる追試的な論文も何報も出版されてからの場合 

二つはあってこれで感じ方も変わってくるだろとは思います。

これ不正事件があるたびにいろんな人に質問というか意見をお聞きするのですが当然のごとく明確な「答え」はありません。

また不正も結局再現性があれば最終的には許されるのか論文作成の手続きじょうどこかに瑕疵があればアウトなのか「倫理」の観点から考えると難問です。

小保方さんの場合は、とにかく彼女の主張を支持するdataが存在しなかったということだったのである意味単純だったのですが、再現実験を他人が行うなどの妙な儀式が行われました。これも結局は研究不正に対する対処法として妙な先例を作ったことになりました。


喉頭鏡の持ち方から

ぼくは麻酔もするのですが前日手術室で研修医君に喉頭鏡ー知っている人は知っているのですが知らない人は何って思うと思います。実はこんな物を口に突っ込んで喉の奥をのぞいて管を人間に突っ込みますーを持ってもらいました。

彼はこう持つのですがぼくは30年くらい前から自分では

こう持つ習慣が付いているのでちょっと違和感を覚えました。

興味があってtwitterで簡単なアンケートをしてみました。

32人の参加者があって

  • 1の持ち方が22%
  • 2の持ち方が78%

という結果でした。

バイアスもありまくるだろうし、どっちが正しいとか正統だとかいうつもりはありません。

しかし少なくともぼくは少数派ではなかったという事がわかりました。

 

医療がエビデンスに基づいて行われる時代になってもこういうベタな事についても意見が一致しない場合があります。管がちゃんと入れば持ち方などどうでも良いともいえます。

でも他人はどうしているのだろうという事には興味があります。東と西では麻酔のやり方が結構異なるよという話もあります。

 

他人がどんな麻酔をしているのかということを知る手段として麻酔記録を閲覧するということがあります。現在では電子的に記録されてPCから見ることができますが通常は自分の所属する病院の記録しか閲覧できません

例えばぼくが東京のある病院の麻酔記録を大阪にいるまま閲覧することは非常に難しいのです。

しかし多分これは技術的には可能なのだと思います。

 

例えば帝王切開の麻酔を脊髄くも膜下麻酔ー腰椎麻酔とも言いますーで行うとしてくも膜下腔に注入する薬剤の選択またdoseの選択をどうするのかについては最終的にはその場にいる医者が決める事になります。

日本全国でリアルタイムに帝王切開について薬剤とそのdose情報が得られるシステムがあれば日本の「今」が分かるのですが残念ながら今現在そのようなシステムは存在しません。腰椎麻酔の効果が弱くなった時にどう対処するのかなどの情報も得ることができます。通常このような事はいわゆる教科書には書いてありません。

今まで経験したこ事のない症候群を持つ患者の麻酔を担当する場合検索を行いどのような麻酔管理が行われたかについて学ぶことができたらこれはすごく有益です。

でも一方日本では、エアウェイスコープを使って挿管して、デスフルレンデ寝かせて、ロクロニウムとレミフェンタニルで維持して最後はスガマデクスを何でもかんでも200mg使って一丁上がり的な麻酔法が主流でこれって多分誰でもできるんじゃない?とかが明らかになったり、ある術式の病院ごとの手術時間とか出血量が瞬時に分かってこれは問題だという事にもなり兼ねないですね。#知らんけど

 

かつて師匠に「お前の研究で臨床を変えようなどと努努考えるな。臨床は日々自立的に新婦するのだから」と言われた事があります。

日本全国の全麻酔チャートにタグがついて自分のパソコンとかiPhoneから検索して日々の臨床に活かせるなら学会で誰かのありがたい()お話を聞かなくとも自分の医療は進歩していくと思います。


「雪の階」を読みました

奥泉 光 さんの「雪の階」を読みました。読み始めたら止まらなくなって5時間くらいで読みきりました。

東京自叙伝」もすごかった。

でもこっちもすごい。

各紙で書評がちらほら出てきています。


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