*生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる! 研究がはかどる定番18選 *がメディカルサイエンスインターナショナル 社から出版されます (amazonでは現在絶賛予約受付中です)。

一足先に入手して読んでこれはと思ったので推薦文を書いてみます。

生命科学データベース・ウェブツール 図解と動画で使い方がわかる! 研究がはかどる定番18選

1500を越える統合TVの「番組」から18番組を厳選して紹介している本です。

つまり

章の数は18を数えた。武士が習得すべき武技の総称として「武芸十八般」という言葉もあるが,本書で紹介するさまざまなデータベースやウェブツールの使い方に習熟し,研究者にとっての「十八般」を会得してほしい。また,それらを自分の「十八番(おはこ)」と自負できるほど究めることができれば,研究サイクルの加速化・効率化は間違いないだろう。生命科学研究に携わる多くの人にとって,本書がその一助となれば,監修者として望外の喜びである。

18番組が4つのパートに分かれています。

  • Part 1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツール
  • Part 2 「 仮説・実験・解析・出版」の研究サイクルを加速させる便利なツール
  • Part 3 生命科学系データ解析の現場で,押さえておきたい「鉄板」ツール
  • Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース
 

18番組は以下の通りです。

  • 1章 PubMed で論文を効率的に検索する
  • 2章 PowerPoint で欲しいイラストを描く
  • 3章 Google のサービスを活用する
  • 4章 BLAST で遺伝子の配列類似性検索をする
  • 5章 PCR プライマーを設計する- Primer3Plus とPrimer-BLAST
  • 6 章 ImageJ で画像ファイルを操作する
  • 7 章 ゲノムブラウザを使って遺伝子を知る─ UCSC Genome Browser など
  • 8 章 英語表現や略語をすばやく検索する─ inMeXes とAllie
  • 9 章 最新知見を日本語で知る・読む・学ぶ─新着論文レビューと領域融合レビュー
  • 10 章 MEGAで系統樹を作成する
  • 11 章 RefEx とChip-Atlas で公共の遺伝子発現データを快適に検索する
  • 12 章 Metascapeでエンリッチメント解析をして自分の持つ遺伝子リストを解釈する
  • 13 章 TCGAで各がん種の公開データのダウンロードや解析を行う
  • 14 章 COSMIC でがん遺伝子の体細胞変異を調べる
  • 15 章 GWAS Catalog で形質とバリアントの関連について検索する
  • 16 章 ClinVar で疾患に関連するバリアントを検索する
  • 17 章 gnomAD でヒトのエキソームやゲノムのデータから変異を探す
  • 18 章 GTEx Portal でヒトの各組織での遺伝子発現量や影響するeQTL を調べる

第一章から第12章までのツールは日頃使っています。

特に、DBCLS謹製のRefEx 、Chip-Atlasとmetascapseはぼくにとっては研究になくてはならないtoolとなっています。

Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース の第14章以降はぼくにとっては今現在「普段使い」とは言えないtoolなのですが「「十八番(おはこ)」と自負できるほど究め」てみようと思います。

 

もっと分厚い本を想像していました。記述は結構あっさりしています。

考えたらこれはTV番組の解説なのだということに気づきました。

この本を開きながら-スクリーンショットが載っています-番組を視て本に残したメモを見ながら実際に手を動かすような使い方が考えられます。

大学院の学生さんにもとにかくこの18のツールは使い込んで自家薬籠中の物としてもらいたいですね。本を提示して番組を時間のあるときに視聴してもらうことで大学院の講義を聴くより大きな効果が期待できると思います。

 

付録とコラムも面白いです。

統合TVといえばぼくにとっては統合牧場を思い出します。「牧場」構想をお聞きしたときはこれは一種の発明だなと思いました。 統合TVもこの牧場の収穫物として「放送」がはじまったという風に記憶しています。

出版にまつわるエピソードや監修者のお一人である坊農さんの考えは以下からお読み頂けます。

現在横浜で開催中の分子生物学会で先行販売(10%引き)中だそうです。


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秋だぁ〜

お久しぶりになりました!

広田です

いきなりですが 皆さんに伝えたい事がありまして、、、

 

昨日の午後、研究室の大学院生角千里先生が博士号を授与されました。

こんな変な季節に学位授与してもらった理由は、角さんは4年で学位を取得できなかった訳でなく3年半で学位を取得したので半年早く大学院を卒業したからなのです。

三年半で第一著者の論文が二報あって現在投稿準備中の論文が一つあって日本語の総説を一つ書いているという状況です。

ちなみに、ぼくは4年では学位を取得できなかった劣等生でした。


上野 千鶴子さんが「情報生産者になる」という新書を出版したという事で怖いもの見たさで読んでみました。

これはオススメです。

皆んな読みましょう。

 

以上でした。 今回は西野七瀬さん風-単にパクッた-に書いてみました 。


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大学院生の論文を1/18に某雑誌にsubmitしたですが査読に時間がかかって結局先週3ヶ月くらいかかってやっとdecisionをもらいました。

嫌な予感がしていたのですが実際は別になんて事のないコメントばかりでrevisionも済ませてしまいました。

連休の谷間で送り返してしまいます。

 

すっかりエントリーの更新が途絶えていましたが元気です。


「トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文」

羊土社から最近出版されたトップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文〜言語学的Move分析が明かした執筆の武器になるパターンと頻出表現を紹介します。

トップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文〜言語学的Move分析が明かした執筆の武器になるパターンと頻出表現

英語に限らないのですが論文や科学的な総説をうまく書きたいという希望を持っています。

様々な論文執筆の指南書を出版される度に立ち読みしたり買ったりして読んで少しでも参考になればと努力を重ねている、つもりですがなかなか満足のいくデキにはなりません。

先日梅田の紀伊国屋書店でトップジャーナル395編の「型」で書く医学英語論文を見かけて買って読みました。

論文を執筆する際には,過去の類似論文を参考にすることが一番のコツで ある

論文には基本的な構成というものがある.決められたセクション分け (Introduction,Methods,Results,Discussion)もその1つだが,決 められていない部分にも一定のパターンがある.それが本書で示す12のMove である.もちろん論文をどのように書くのかは著者の裁量であるが,実際に は論文の型というものに配慮しなければならない.

という思想で論文の型を強調して執筆をしていくという方法が紹介されています。

 

本書に示す分析に用いたコーパスデータは著者の一人である石井先生が作成したもので 、特徴としては2つあるとのこと。

まず本コーパスデータは医学論文に特化し た特殊コーパスである点である.

また作成するにあたっては,医学論文15編 を分析し12のMoveに 基づいて395編の論文(総語数約140万語)を集めたという二点が売りです。

 

つまり「データ」に基づいているのです。

ぼくはNature, Cell, Scienceに論文を載っけるという方向で研究をしているわけでなく皆が名前は知っているようなopen journalに自分らの仕事が出れば良いという報告で論文を作成しています。その場合、英語がうまいとかそういったことはそう大きな問題でなくきちんとdataを揃えて論理的に並べればよほどひどい査読者に当たらない限りなんとなるものだと思っています。

なのでコーパスに適った文章が淡々と書くことができれば良いということになります。

型があってそれにははめると形になるという方法は大歓迎です。

 

通読しましたがぼくでも得るところは多いといえます。

 

妙な本を読む前にまずこれを読みましょう。

 

羊土社からは、ライフサイエンス英語表現使い分け辞典第2版が出版されています。

 

基本的な発想は一緒です。 ぼくが机の上に常においている唯一の辞典です。

オンライン版のライフサイエンス辞書を使う場面も多いです。

さらに河本先生はライフサイエンス辞書コーパス活用法というweb pageを運営されています。

ライフサイエンス英語表現使い分け辞典第2版 (ライフサイエンス英語シリーズ)

目次です。

Part1 論文を書く前に学びたい執筆のテクニック

1医学英語論文の流れとMove分析

1 論文のセクションとMoveとの関係

2 Move の特徴と役割

2 パラグラフ・ライティングの原則と流れのつくり方

1 原則1:パラグラフの基本パターンを構成する3つの要素

2 原則2:one paragraph, one idea の原則と流れのつくり方

3 パラグラフ間につながりを持たせるフックの活用

4 パラグラフの分け方と分量の関係

3 signpostの活用と論理展開の原則

1 signpostとは

2 パラグラフ構成における論理展開の原則

3 signpostとなるつなぎ表現のパターン

4 その他のsignpostとなる表現

4 論文における時制の意味とその重要性

時制の使い分けのポイント

* 5 引用のルール*

復習問題 Part2 医学英語論文の構成パターンと特徴的英語表現

Introduction

構成と書き方

Move構成と英語表現

* Methods*

構成と書き方

Move構成と英語表現

Results

構成と書き方

Move構成と英語表現

Discussion

構成と書き方

Move構成と英語表現


総説でました

意識の高い医者が読むと思われているIntensivistという雑誌があるのですが最新号に寄稿しました。

この雑誌毎回特集が組まれているようで今回は「酸素療法」。

酸素って難しいですというかまともなエビデンスってあるのかな。みんな苦労していると思います。

ぼくの担当した部分は、

低酸素の生物学 : 低酸素誘導性因子の果たす役割 Intensivist Vol10, No2 p259-269 (2018)

今回はこんな感じでまとめました

酸素は生命に必須な分子である。それ故、基礎医学の範疇にとどまらず基礎生物学の重要研究課題であり論文が刊行され続けている。臨床医学の分野でも「酸素」にまつわる様々な研究結果が存在し、読者諸氏もよくご存じの通り、心肺蘇生時の酸素投与ではその有用性を越えて有害性の有無を検討する臨床研究さえ存在する1。集中治療をふくむいわゆるクリティカルケアでは事情はさらに複雑でこのような現状を背景に酸素にまつわる知見の整理をする必要がありこの観点からIntensivistの特集「酸素療法」が企画されたのであろう。 この稿では、基礎生物学的な観点から低酸素応答・酸素代謝に関わる研究の現状を解説して、臨床現場での判断に還元できる応用可能な生体と酸素についてのコンセプトを提示したい。

興味があれば自分は医者でないけどという人でも読んでみてください。

医者特にcritical careに携わる医者は低酸素をこんな観点から理解しようとしているということがわかるかもしれません。

結構高価なムックです。

多くは臨床家向けの総説になっていますので一冊買うのはちょっとと思うかもしれません。

大学に所属している場合は図書館が医学書院と契約していて雑誌がごっそり読める場合がありますし麻酔科とか集中治療に関わる医者に聞いたら「はい」って感じで読ませてもらえるかもしれません。

INTENSIVIST Vol.10 No.2 2018 (特集:酸素療法)


コンピュータのファイル名

以前にもこのブログで取り上げたことがあるのですが再度書いてみます。

コンピュータのファイル名の件です。

コンピュータのファイルの名前の付け方にもいろんなルールがあります。勝手に名前をつけるとトラブルの元になります。

wikiにも記載があるほどです。 https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E5%90%8D

Apple社も以下の様なことを以前には推奨していました。

ファイルに名前を付けるときは、次の点に注意してください。 コンピュータによっては、ファイル名に特殊文字を使うと問題が発生する場合があります。したがって、ファイル名には、アルファベットの大文字と小文字(A〜Z、a〜z)、数字(0〜9)、およびアンダースコア(_)のみを使用します。 ピリオド(.)はファイル名と拡張子との区切り文字としてのみ使用し、それ以外の場所には使用しないでください。ファイル名の先頭にピリオド(.)を使用することはできません。 ファイル名に拡張子(たとえば「letter.doc」というファイル名の「.doc」や「picture.jpg」の「.jpg」)を付けることによって、どのアプリケーションでファイルを開くかを区別しているコンピュータもあります。この場合、ファイル名に拡張子が付いていなければ、ファイルをダウンロードした人は、どのアプリケーションでファイルを開けばよいかがわかりません。 また、短いファイル名が必要なコンピュータもあります。誰もが共有ファイルを利用できるようにするには、8文字以下(拡張子を含む場合は拡張子を入れて12文字以下)のファイル名を付けてください。

”長さ”に関して言えば、ぼくとのやりとりでは8文字以下にする必要はありません。しかし拡張子は必ずつけてください。

ぼくはファイル名になるべく日本語を使わないようにはしていますが,解りやすくて便利なことがあるので厳密に守っているわけではありません。最近では使う場合が多いともいえます。

しかしファイル名に”ブランク”をつかうことはありません。またファイル名にギリシャ文字などは使いません。妙な事が起こることがあります。

つまり”西野七瀬.doc”はありです。 ”西野 七瀬.doc”は無し(”西野 七瀬.doc”はもっと無しです)で,この場合,”西野七瀬.doc.doc”とします。望ましいのは”nanasenishino.docです。 ”HIF-1α.doc”は無しで”HIF-1a.doc”です。

また以下が大切なのですが、自分の作業履歴はすくなくとも一日の単位で保存してください。

つまり”渡邉理佐.doc”というファイルで暫定的に作業を始めても作業が終われば”20180421渡邉理佐.doc”という風な名前で保存します。二日後にそれに修正を加えれば今度は”20180423渡邉理佐.doc”と名前をつけます。

こうやって投稿して論文がアクセプトされるまですべてのファイルを保存していきます。決して”上書き保存”をしてはいけません。

 

ぼくが作業をして結果を返すときは,”20180424_渡邉理佐-kh.doc”の様な名前をつけてぼく(kh)が修正を加えたことを明らかにして送り返します。

 

また”日麻.doc”のような名前のfileを送られても困ります。ぼくはある特定の一人とだけ作業をしているわけではありません。

何度も書きますが最低限日付をfile名に入れるだけでだいぶ違うのです。保存するサンプルには面倒でも日付を入れて保存するのと同じです。

日付ですが”141126″ではなく”20141116″と書くことにしています。

 

fileの名前の付け方に絶対的なルールはありませんがこれを皆さんにお願いする理由は単純です。ぼくがそうしているからです

このルールに沿っていない場合はぼくが即座に上記のルールでfile名を変更してしまいます。

もちろん皆さんが自分で独立して研究をするようになったら好きにしてください。

また 半角のカナの使用は絶対に止めてください。 また英数字を全角にするのも止めてください。


今、Natural Causes: An Epidemic of Wellness, the Certainty of Dying, and Killing Ourselves to Live Longerを読んでいます。

読み終わったら何か書いてみます。

Natural Causes: An Epidemic of Wellness, the Certainty of Dying, and Killing Ourselves to Live Longer (English Edition)


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